转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 45 / 121 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001932 Chr04 NC_080390.1:31418481-31418495promoter 内 3091-3105 bp + 896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 31419391-31438355(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATTGTAGATCTGAG
SmilChr02G004134 Chr02 NC_080388.1:63595371-63595385promoter 内 3053-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63596319-63597118(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTAGAGTA
SmilChr05G001476 Chr05 NC_080391.1:13532739-13532753promoter 内 3047-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13521324-13531799(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGACCCG
SmilChr01G003434 Chr01 NC_080387.1:52969958-52969972promoter 内 3003-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52965291-52968974(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTGTAGATCTGAT
SmilChr01G004549 Chr01 NC_080387.1:63611780-63611794promoter 内 2989-3003 bp + 998 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63608236-63610782(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCGATTT
SmilChr03G003937 Chr03 NC_080389.1:58435978-58435992promoter 内 2972-2986 bp - 1015 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 58433387-58434963(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTTCTAGATCTCAA
SmilChr04G003215 Chr04 NC_080390.1:48985870-48985884promoter 内 2958-2972 bp + 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48970628-48984841(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATAATT
SmilChr02G004306 Chr02 NC_080388.1:65442547-65442561promoter 内 2935-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 65443613-65445499(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATATAGATCTCCG
SmilChr02G005157 Chr02 NC_080388.1:72930456-72930470promoter 内 2920-2934 bp - 1067 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72924622-72929389(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAATAGATCTAGG
SmilChr04G003001 Chr04 NC_080390.1:46407309-46407323promoter 内 2861-2875 bp - 1126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 46408449-46422261(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATAATT
SmilChr05G001105 Chr05 NC_080391.1:9179543-9179557promoter 内 2804-2818 bp + 1183 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9177029-9178360(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G000603 Chr04 NC_080390.1:6826036-6826050promoter 内 2801-2815 bp - 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6827236-6830037(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCAATGT
SmilChr02G001879 Chr02 NC_080388.1:34101863-34101877promoter 内 2797-2811 bp + 1190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 34103067-34110484(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGACGAGATCTGAG
SmilChr03G003557 Chr03 NC_080389.1:54220970-54220984promoter 内 2782-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54218619-54219765(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAGAGGC
SmilChr03G003558 Chr03 NC_080389.1:54237275-54237289promoter 内 2782-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54234924-54236070(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAGAGGC
SmilChr01G004226 Chr01 NC_080387.1:60635248-60635262promoter 内 2742-2756 bp + 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60631906-60634003(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCGGATCTAGTTCT
SmilChr04G002900 Chr04 NC_080390.1:45272074-45272088promoter 内 2697-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45273378-45273800(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGCGCC
SmilChr02G001915 Chr02 NC_080388.1:34482324-34482338promoter 内 2591-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 34473512-34480928(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACGACGAGATCTGAG
SmilChr03G000497 Chr03 NC_080389.1:5315143-5315157promoter 内 2515-2529 bp - 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5316629-5320251(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTAAAATG
SmilChr01G003057 Chr01 NC_080387.1:49480039-49480053promoter 内 2466-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49477247-49478518(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGGATGGATCTGAA
SmilChr05G001026 Chr05 NC_080391.1:8416239-8416253promoter 内 2458-2472 bp + 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8413681-8414710(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAAGATCTAGTTCT
SmilChr04G004149 Chr04 NC_080390.1:56214913-56214927promoter 内 2430-2444 bp + 1557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56211535-56213356(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTCGAGCC
SmilChr04G002184 Chr04 NC_080390.1:35278382-35278396promoter 内 2386-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35279997-35286523(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGGCTAGATCTGCG
SmilChr03G004474 Chr03 NC_080389.1:62867523-62867537promoter 内 2361-2375 bp - 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 62846032-62865897(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTGTAGATCTGAT
SmilChr04G000271 Chr04 NC_080390.1:2509590-2509604promoter 内 2330-2344 bp + 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2511261-2513123(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACTCTAGATCTCAG
SmilChr03G000793 Chr03 NC_080389.1:9014529-9014543promoter 内 2265-2279 bp + 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9016265-9021580(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATTTTAGATCTGAT
SmilChr02G000030 Chr02 NC_080388.1:367783-367797promoter 内 2225-2239 bp + 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 369559-370816(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTCGAGATCTGCA
SmilChr01G004016 Chr01 NC_080387.1:58561629-58561643promoter 内 2084-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 58558436-58559726(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGTATC
SmilChr01G000631 Chr01 NC_080387.1:14188828-14188842promoter 内 2078-2092 bp + 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14190751-14204563(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCTCTAGATCTGAC
SmilChr03G004399 Chr03 NC_080389.1:62184714-62184728promoter 内 2053-2067 bp + 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 62186662-62190383(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTGTAGATCTGAT
SmilChr02G002867 Chr02 NC_080388.1:48846189-48846203promoter 内 1914-1928 bp + 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48826093-48844116(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGCGCC
SmilChr01G005826 Chr01 NC_080387.1:74260563-74260577promoter 内 1770-1784 bp - 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74262794-74267868(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTCGAACA
SmilChr03G004499 Chr03 NC_080389.1:63113483-63113497promoter 内 1720-1734 bp - 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63110408-63111216(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTGTAGATCTGAT
SmilChr01G005384 Chr01 NC_080387.1:71125624-71125638promoter 内 1685-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71121235-71123322(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCGGGATTT
SmilChr01G001359 Chr01 NC_080387.1:26926527-26926541promoter 内 1607-1621 bp - 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26928921-26930121(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCGGGATTT
SmilChr04G004175 Chr04 NC_080390.1:56365248-56365262promoter 内 1514-1528 bp + 2473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56360741-56362775(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCAATGC
SmilChr04G000915 Chr04 NC_080390.1:11908290-11908304promoter 内 1424-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 11903946-11905727(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATATAGATCTGCA
SmilChr01G002552 Chr01 NC_080387.1:43614305-43614319promoter 内 1399-1413 bp + 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43616907-43618214(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCTCTAGATCTGGT
SmilChr04G003258 Chr04 NC_080390.1:49304402-49304416promoter 内 1375-1389 bp + 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49301026-49301790(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGCTGC
SmilChr01G000118 Chr01 NC_080387.1:2035803-2035817promoter 内 1365-1379 bp + 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2032181-2033181(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGCTGC
SmilChr03G003728 Chr03 NC_080389.1:56306576-56306590promoter 内 1260-1274 bp + 2727 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56300804-56303849(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCGAGTCA
SmilChr02G004706 Chr02 NC_080388.1:69355928-69355942promoter 内 1201-1215 bp + 2786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69351219-69353142(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTAGAGTA
SmilChr03G001245 Chr03 NC_080389.1:14355389-14355403promoter 内 1168-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14350085-14352570(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTTTAGATCTGAC
SmilChr04G002047 Chr04 NC_080390.1:33205084-33205098promoter 内 1144-1158 bp - 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33207941-33210377(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGTTAT
SmilChr03G000496 Chr03 NC_080389.1:5315143-5315157promoter 内 1134-1148 bp - 2853 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5308165-5312290(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATTTTAGATCTGAT
SmilChr05G000224 Chr05 NC_080391.1:1758103-1758117promoter 内 1025-1039 bp - 2962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1752819-1755141(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTACCAGATCTGTC
SmilChr02G002446 Chr02 NC_080388.1:42692297-42692311promoter 内 1020-1034 bp - 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42688073-42689330(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCGAGATCTGGG
SmilChr01G003579 Chr01 NC_080387.1:54366548-54366562promoter 内 978-992 bp + 3009 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54369571-54371350(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGTGGATCTGAG
SmilChr03G003360 Chr03 NC_080389.1:51947519-51947533promoter 内 954-968 bp + 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51950566-51955510(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTCTCGATCTGAG
SmilChr01G001308 Chr01 NC_080387.1:26030502-26030516promoter 内 912-926 bp - 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 26033591-26035663(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTACAACA