转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 49 / 149 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003595 Chr02 NC_080388.1:57155500-57155514promoter 内 2057-2071 bp - 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57149153-57153570(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTGTTATCCAATTC
SmilChr04G002777 Chr04 NC_080390.1:43578975-43578989promoter 内 1951-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 43575176-43576939(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTAGGGATAAGGCT
SmilChr03G004344 Chr03 NC_080389.1:61725929-61725943promoter 内 1941-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61727989-61734910(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCCTTATCTAAAAA
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53891167-53891181promoter 内 1846-1860 bp + 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53893322-53895242(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTTATCCAATTG
SmilChr01G002802 Chr01 NC_080387.1:46549848-46549862promoter 内 1814-1828 bp + 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 46552035-46552168(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTCATTATCCATAAT
SmilChr04G000464 Chr04 NC_080390.1:4951135-4951149promoter 内 1717-1731 bp + 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 4953419-4958842(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATTATCCAAATT
SmilChr03G004327 Chr03 NC_080389.1:61632418-61632432promoter 内 1644-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 61619444-61630075(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACTTTATCCATTAT
SmilChr04G004108 Chr04 NC_080390.1:56034056-56034070promoter 内 1602-1616 bp + 2385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 56029042-56031671(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAAATGGATAATATA
SmilChr03G001383 Chr03 NC_080389.1:16351647-16351661promoter 内 1569-1583 bp - 2418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16354079-16356884(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAAAGAA
SmilChr04G000831 Chr04 NC_080390.1:10453386-10453400promoter 内 1481-1495 bp - 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 10455906-10456436(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CCTTTGGATAAGAAT
SmilChr01G002661 Chr01 NC_080387.1:44860790-44860804promoter 内 1439-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 44863352-44866943(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TCTTTGGATAAAGTT
SmilChr02G002464 Chr02 NC_080388.1:42979715-42979729promoter 内 1397-1411 bp - 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42976423-42977125(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTATTATCCATAAA
SmilChr03G001360 Chr03 NC_080389.1:15964087-15964101promoter 内 1311-1325 bp - 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 15966777-15968542(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTGGATAATATA
SmilChr03G001381 Chr03 NC_080389.1:16330997-16331011promoter 内 1253-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 16333745-16336551(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAAAGAA
SmilChr01G004220 Chr01 NC_080387.1:60575946-60575960promoter 内 1195-1209 bp + 2792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 60578752-60580941(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAACTTATCCATATT
SmilChr03G003149 Chr03 NC_080389.1:48815831-48815845promoter 内 1124-1138 bp + 2863 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 48818708-48824247(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCCTTATCCTGATC
SmilChr02G003596 Chr02 NC_080388.1:57155500-57155514promoter 内 868-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 57151576-57152381(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTGTTATCCAATTC
SmilChr01G000781 Chr01 NC_080387.1:17021937-17021951promoter 内 748-762 bp - 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 17015675-17018698(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATTATCCAAATT
SmilChr03G000856 Chr03 NC_080389.1:9792713-9792727promoter 内 448-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9788275-9789174(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGATTGGATAATGAT
SmilChr01G001026 Chr01 NC_080387.1:21416033-21416047promoter 内 443-457 bp - 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21412190-21412489(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATACTTATCCAATAA
SmilChr01G002918 Chr01 NC_080387.1:47908370-47908384promoter 内 341-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 47901901-47904724(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCTGTTA
SmilChr04G002078 Chr04 NC_080390.1:33534013-33534027promoter 内 246-260 bp + 3741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 33537768-33538851(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTCATTATCCATTCC
SmilChr03G002264 Chr03 NC_080389.1:35648598-35648612promoter 内 231-245 bp + 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 35641720-35644842(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATATGGATAAAACT
SmilChr01G004597 Chr01 NC_080387.1:63951510-63951524promoter 内 196-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 63944759-63947719(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTCGGATAAGACA
SmilChr03G001128 Chr03 NC_080389.1:13031524-13031538promoter 内 175-189 bp - 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 13035350-13046051(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTATTGGATAAAATT
SmilChr01G002553 Chr01 NC_080387.1:43645942-43645956promoter 内 3949-3963 bp - 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 43644592-43645904(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATTTTATCCATTTC
SmilChr04G002793 Chr04 NC_080390.1:43806880-43806894promoter 内 3510-3524 bp - 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 43804021-43806403(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTATTATCCAAAAA
SmilChr01G000911 Chr01 NC_080387.1:19231908-19231922promoter 内 2997-3011 bp + 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 19229491-19230918(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTGAGGATAAGCTA
SmilChr01G005350 Chr01 NC_080387.1:70754789-70754803promoter 内 2324-2338 bp - 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 70748580-70753126(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCTTTATA
SmilChr02G004832 Chr02 NC_080388.1:70437505-70437519promoter 内 1679-1693 bp - 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 70431909-70435197(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CTCATTATCCACATC
SmilChr02G004397 Chr02 NC_080388.1:66323626-66323640promoter 内 1439-1453 bp - 2548 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 66326188-66327944(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGATTGGATAATGTG
SmilChr01G001902 Chr01 NC_080387.1:34125927-34125941promoter 内 642-656 bp - 3345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 34129286-34130890(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAATCTT
SmilChr04G002795 Chr04 NC_080390.1:43806880-43806894promoter 内 520-534 bp - 3467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 43810361-43814888(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAATACT
SmilChr01G001860 Chr01 NC_080387.1:33554075-33554089promoter 内 172-186 bp - 3815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 33557904-33559029(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATGGATAATCTT
SmilChr04G003811 Chr04 NC_080390.1:54261794-54261808promoter 内 3597-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 54262198-54262269(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATAACGAG
SmilChr04G002791 Chr04 NC_080390.1:43795485-43795499promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 43793632-43794917(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAAAGGATAAGAAA
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SmilChr04G003705 Chr04 NC_080390.1:53384388-53384402promoter 内 1209-1223 bp - 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 53376171-53381610(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGCATTATCCACTAA