转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 5 / 133 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003911 Chr01 NC_080387.1:57377233-57377247promoter 内 266-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 57380968-57383344(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAACCTTATCCCTT
SmilChr01G003791 Chr01 NC_080387.1:56297912-56297926promoter 内 3363-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 5 56291429-56297288(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGGATAAGATATG
SmilChr03G000090 Chr03 NC_080389.1:1033619-1033633promoter 内 2224-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 1018269-1031856(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATCTTATCCAAT
SmilChr03G000092 Chr03 NC_080389.1:1033619-1033633promoter 内 2093-2107 bp + 1894 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 1029068-1031725(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATCTTATCCAAT
SmilChr01G001982 Chr01 NC_080387.1:35212572-35212586promoter 内 3915-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 35210483-35212500(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATTCTTATCCACA
SmilChr02G005262 Chr02 NC_080388.1:73714583-73714597promoter 内 3042-3056 bp + 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 73711521-73713638(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGACCTTATCCATT
SmilChr03G000236 Chr03 NC_080389.1:2821923-2821937promoter 内 2696-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 2819595-2820632(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATCTTATCCAAT
SmilChr01G003887 Chr01 NC_080387.1:57190825-57190839promoter 内 2657-2671 bp - 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 57188378-57189495(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGGATAAGGAGTG
SmilChr01G003929 Chr01 NC_080387.1:57565170-57565184promoter 内 2523-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 57556138-57563706(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTGGATAAGGTCAG
SmilChr03G001104 Chr03 NC_080389.1:12719712-12719726promoter 内 2398-2412 bp + 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 12721315-12723204(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AATGGATAAGGTGTT
SmilChr03G000340 Chr03 NC_080389.1:3870098-3870112promoter 内 1169-1183 bp + 2818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 3859136-3867280(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATCTTATCCAAT
SmilChr03G000162 Chr03 NC_080389.1:1781815-1781829promoter 内 829-843 bp - 3158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 1784987-1786606(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATCTTATCCAAT
SmilChr01G005674 Chr01 NC_080387.1:73018197-73018211promoter 内 3934-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 73018264-73019041(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAAAGATAAGGTTAT
SmilChr01G000798 Chr01 NC_080387.1:17239847-17239861promoter 内 3846-3860 bp + 141 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 17237048-17239706(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAATCTTATCCTAT
SmilChr03G001074 Chr03 NC_080389.1:12437479-12437493promoter 内 3316-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 12438164-12443107(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATCTTATCCAAT
SmilChr01G001455 Chr01 NC_080387.1:28237395-28237409promoter 内 2359-2373 bp - 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 28239037-28242801(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCCATT
SmilChr01G000797 Chr01 NC_080387.1:17239847-17239861promoter 内 1172-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 17235549-17237032(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAATCTTATCCTAT
SmilChr03G001334 Chr03 NC_080389.1:15583249-15583263promoter 内 13-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 15576933-15579275(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAGGATAAGATTAA
SmilChr01G001504 Chr01 NC_080387.1:28879676-28879690promoter 内 3929-3943 bp + 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 28876833-28879618(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CATATCTTATCCTCA
SmilChr01G004066 Chr01 NC_080387.1:59072551-59072565promoter 内 3375-3389 bp - 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 59070817-59071939(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCTGGATAAGGATGA
SmilChr01G003518 Chr01 NC_080387.1:53815882-53815896promoter 内 3029-3043 bp + 958 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 53807204-53814924(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCCATT
SmilChr01G003460 Chr01 NC_080387.1:53180014-53180028promoter 内 3005-3019 bp + 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 53171301-53179032(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AACACCTTATCCATT
SmilChr01G000591 Chr01 NC_080387.1:12876852-12876866promoter 内 2910-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 12877943-12878883(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGTGGATAAGGAAAA
SmilChr03G000902 Chr03 NC_080389.1:10326069-10326083promoter 内 2862-2876 bp - 1125 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 10327208-10331622(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTCTCCTTATCCACA
SmilChr01G003976 Chr01 NC_080387.1:58201740-58201754promoter 内 2137-2151 bp + 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 58197199-58199890(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTATTCTTATCCACA
SmilChr02G003527 Chr02 NC_080388.1:56420186-56420200promoter 内 1938-1952 bp + 2049 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56422249-56426658(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGAGGATAAGGTTGG
SmilChr02G003579 Chr02 NC_080388.1:56959939-56959953promoter 内 1727-1741 bp + 2260 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 56962213-56966574(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GGAGGATAAGGTTGG
SmilChr01G004455 Chr01 NC_080387.1:62674545-62674559promoter 内 1298-1312 bp - 2689 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 62668522-62671856(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAGGATAAGATTAA
SmilChr01G001505 Chr01 NC_080387.1:28879676-28879690promoter 内 1268-1282 bp + 2719 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 28882409-28888793(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TGAGGATAAGATATG
SmilChr01G002489 Chr01 NC_080387.1:42614944-42614958promoter 内 1267-1281 bp + 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 42609779-42612224(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACAATCTTATCCTTT
SmilChr01G000037 Chr01 NC_080387.1:601291-601305promoter 内 991-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 604301-606337(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCACCCTTATCCTCA
SmilChr03G000086 Chr03 NC_080389.1:994226-994240promoter 内 432-446 bp + 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 989522-990671(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATCTTATCCAAT
SmilChr02G002524 Chr02 NC_080388.1:43918143-43918157promoter 内 294-308 bp - 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 43921850-43925405(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAATCTTATCCAAT
SmilChr01G001227 Chr01 NC_080387.1:24554235-24554249promoter 内 2211-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 4 24556025-24558788(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAACCTTATCCCCT
SmilChr01G002436 Chr01 NC_080387.1:41948358-41948372promoter 内 134-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 4 41952225-41956509(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGAGGATAAGGGTGT
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72897640-72897654promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 72893237-72895904(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCAACCTTATCTATT
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