转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 51 / 121 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001200 Chr02 NC_080388.1:22144150-22144164promoter 内 1281-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 22140193-22141444(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGGTCGT
SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69515319-69515333promoter 内 1123-1137 bp + 2864 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 69518197-69522787(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTTCAGATCTGCA
SmilChr03G000448 Chr03 NC_080389.1:4792912-4792926promoter 内 213-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 4 4796700-4797674(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGACAA
SmilChr01G001038 Chr01 NC_080387.1:21605800-21605814promoter 内 2470-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 21607331-21608758(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGCAGATCTGTA
SmilChr03G003821 Chr03 NC_080389.1:57259217-57259231promoter 内 2315-2329 bp + 1672 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 3 57260903-57261198(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATACAGATCTGCA
SmilChr03G000374 Chr03 NC_080389.1:4183846-4183860promoter 内 3861-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 4181939-4183720(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGATTGGATCTGAT
SmilChr05G001154 Chr05 NC_080391.1:9685195-9685209promoter 内 3282-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 9685914-9685998(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTTCAGATCTGTA
SmilChr05G001244 Chr05 NC_080391.1:10559987-10560001promoter 内 2992-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 10555588-10558992(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGATTGGATCTGAT
SmilChr03G000665 Chr03 NC_080389.1:7446305-7446319promoter 内 2933-2947 bp - 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 7444379-7445251(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGATTGGATCTGAT
SmilChr03G003428 Chr03 NC_080389.1:52630077-52630091promoter 内 2856-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 52626154-52628946(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCTCCAGATCTGGC
SmilChr03G000760 Chr03 NC_080389.1:8687487-8687501promoter 内 2680-2694 bp - 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 8688808-8713050(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGTGTTT
SmilChr05G000520 Chr05 NC_080391.1:4009021-4009035promoter 内 2580-2594 bp - 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3998101-4007614(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTCTAGATCTGTC
SmilChr05G000584 Chr05 NC_080391.1:4417024-4417038promoter 内 2479-2493 bp - 1508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 4413414-4415516(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAATTAGATCTAGG
SmilChr02G001296 Chr02 NC_080388.1:23974808-23974822promoter 内 2471-2485 bp - 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 23972360-23973292(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATGCAGATCTGTA
SmilChr01G002814 Chr01 NC_080387.1:46694971-46694985promoter 内 2369-2383 bp + 1618 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 46696603-46697667(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTGAGATCTGAA
SmilChr01G005300 Chr01 NC_080387.1:70297758-70297772promoter 内 2178-2192 bp - 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 70295068-70295949(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTATGTAGATCTGGC
SmilChr04G001492 Chr04 NC_080390.1:24378209-24378223promoter 内 2033-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 24375866-24376255(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTAAA
SmilChr03G002136 Chr03 NC_080389.1:33249020-33249034promoter 内 1919-1933 bp + 2068 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 33240495-33246952(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAGCTT
SmilChr05G000618 Chr05 NC_080391.1:4666024-4666038promoter 内 1570-1584 bp - 2417 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 4668455-4671248(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCTAGATCTAAACTC
SmilChr03G004429 Chr03 NC_080389.1:62432409-62432423promoter 内 1567-1581 bp + 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 62425990-62429989(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTGCTTCA
SmilChr02G002420 Chr02 NC_080388.1:42183512-42183526promoter 内 1453-1467 bp - 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 42180906-42180978(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATGCAGATCTGCC
SmilChr02G003007 Chr02 NC_080388.1:50701176-50701190promoter 内 993-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 50704184-50705021(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGGGATCTAGACCC
SmilChr02G000472 Chr02 NC_080388.1:6455149-6455163promoter 内 806-820 bp - 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 6458344-6465931(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTAATA
SmilChr04G001111 Chr04 NC_080390.1:15948422-15948436promoter 内 784-798 bp - 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 15944272-15945219(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTATCCAGATCTGCC
SmilChr05G001417 Chr05 NC_080391.1:12807180-12807194promoter 内 701-715 bp + 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 12801274-12803894(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAGCATC
SmilChr01G003150 Chr01 NC_080387.1:50299906-50299920promoter 内 625-639 bp - 3362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 50303282-50306067(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACTAGATCTAGTGCT
SmilChr04G001069 Chr04 NC_080390.1:15360639-15360653promoter 内 390-404 bp + 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 15354434-15357042(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCTCAT
SmilChr05G000633 Chr05 NC_080391.1:4768205-4768219promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 4772001-4773993(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAACCTAGATCTAAA
SmilChr04G000333 Chr04 NC_080390.1:3071444-3071458promoter 内 60-74 bp + 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 2 3066259-3067517(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTGATAGT
SmilChr01G002746 Chr01 NC_080387.1:45769638-45769652promoter 内 3884-3898 bp - 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 45769755-45771498(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTAGATCTAAATAT
SmilChr04G000064 Chr04 NC_080390.1:576313-576327promoter 内 3843-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 576471-586022(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGCGAGATCTGAT
SmilChr03G000464 Chr03 NC_080389.1:4967938-4967952promoter 内 3800-3814 bp - 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4966111-4967751(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTGATTGGATCTGAT
SmilChr01G005276 Chr01 NC_080387.1:70180008-70180022promoter 内 3731-3745 bp + 256 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 70180278-70183704(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGCCTAGATCCGAT
SmilChr01G005260 Chr01 NC_080387.1:70084111-70084125promoter 内 3727-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 70084385-70087913(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGCCTAGATCCGAT
SmilChr04G000063 Chr04 NC_080390.1:576313-576327promoter 内 3671-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 571834-575997(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCGCTTT
SmilChr05G001048 Chr05 NC_080391.1:8642665-8642679promoter 内 3555-3569 bp - 432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8643111-8648334(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCCGAATT
SmilChr03G002229 Chr03 NC_080389.1:35188146-35188160promoter 内 3530-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 35186619-35187689(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAAACAGATCTGTG
SmilChr03G001065 Chr03 NC_080389.1:12368611-12368625promoter 内 3418-3432 bp + 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 12365522-12368042(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAACCAT
SmilChr01G005301 Chr01 NC_080387.1:70297758-70297772promoter 内 3393-3407 bp - 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 70298366-70299252(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTACATAC
SmilChr04G000718 Chr04 NC_080390.1:8406867-8406881promoter 内 3385-3399 bp - 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 8403916-8406265(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGTAGATCTCAC
SmilChr04G003615 Chr04 NC_080390.1:52645036-52645050promoter 内 3190-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 52635040-52644239(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAATGTT
SmilChr01G002677 Chr01 NC_080387.1:44983781-44983795promoter 内 3174-3188 bp - 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44979716-44982968(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCTAGATCCGTG
SmilChr01G002328 Chr01 NC_080387.1:40439922-40439936promoter 内 3167-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 40440756-40444375(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGAATCT
SmilChr02G002771 Chr02 NC_080388.1:47766248-47766262promoter 内 3152-3166 bp + 835 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 47763997-47765413(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGAATCT
SmilChr05G000848 Chr05 NC_080391.1:6689167-6689181promoter 内 3034-3048 bp - 953 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6690134-6693033(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAGGGAT
SmilChr03G004191 Chr03 NC_080389.1:60583209-60583223promoter 内 3005-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60584205-60587429(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTGCACTT
SmilChr04G000105 Chr04 NC_080390.1:931447-931461promoter 内 2917-2931 bp - 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 932531-938147(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAAGCCG
SmilChr02G005096 Chr02 NC_080388.1:72534118-72534132promoter 内 2911-2925 bp - 1076 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72524507-72533042(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCACGAGATCTGAA
SmilChr02G004513 Chr02 NC_080388.1:67665814-67665828promoter 内 2904-2918 bp + 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 67664369-67664731(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGACAA
SmilChr01G005064 Chr01 NC_080387.1:68543007-68543021promoter 内 2898-2912 bp - 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 68537871-68541918(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGTTAGATCTGTA