转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 52 / 128 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000537 Chr05 NC_080391.1:4128889-4128903promoter 内 1872-1886 bp - 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4119603-4126774(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAACCGCCACCGCCT
SmilChr06G001806 Chr06 NC_080392.1:21230709-21230723promoter 内 1681-1695 bp + 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 21233029-21236015(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTACCGCCACCGCCT
SmilChr03G002533 Chr03 NC_080389.1:40395565-40395579promoter 内 1588-1602 bp - 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40387035-40393166(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCCCCACCGCCA
SmilChr04G000633 Chr04 NC_080390.1:7204562-7204576promoter 内 1548-1562 bp + 2439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7200782-7202123(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGTGGAGGTGG
SmilChr08G003531 Chr08 NC_080394.1:37911232-37911246promoter 内 1527-1541 bp - 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 37903082-37908772(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCTTCCACCGTCG
SmilChr01G006012 Chr01 NC_080387.1:75695796-75695810promoter 内 1496-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75698301-75699155(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCGCGCCACCGCCG
SmilChr04G003232 Chr04 NC_080390.1:49150974-49150988promoter 内 1482-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49146843-49148469(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGATGA
SmilChr08G003920 Chr08 NC_080394.1:46680378-46680392promoter 内 1474-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46671623-46677865(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATCCGCCACCGCCG
SmilChr04G003327 Chr04 NC_080390.1:50001004-50001018promoter 内 1462-1476 bp + 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 49996884-49998479(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGATGA
SmilChr01G003193 Chr01 NC_080387.1:50681473-50681487promoter 内 1292-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50684182-50687485(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCCCCACCGCCA
SmilChr08G002832 Chr08 NC_080394.1:28191598-28191612promoter 内 1117-1131 bp - 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 28194482-28206040(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGCAGTGG
SmilChr07G003740 Chr07 NC_080393.1:45559133-45559147promoter 内 1029-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45562105-45570492(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCA
SmilChr04G000510 Chr04 NC_080390.1:5601644-5601658promoter 内 1012-1026 bp + 2975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5595143-5598669(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGACGGTGGAGGCAG
SmilChr06G001696 Chr06 NC_080392.1:19393281-19393295promoter 内 927-941 bp + 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 19383692-19390221(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGGGA
SmilChr03G003535 Chr03 NC_080389.1:53964807-53964821promoter 内 815-829 bp + 3172 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53951902-53961635(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGCGGGAG
SmilChr01G003954 Chr01 NC_080387.1:57917789-57917803promoter 内 765-779 bp - 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 57921025-57976435(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGACGT
SmilChr03G002518 Chr03 NC_080389.1:40116826-40116840promoter 内 742-756 bp - 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40120085-40122266(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGATC
SmilChr04G001661 Chr04 NC_080390.1:27585051-27585065promoter 内 645-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27588407-27589223(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATCTCCACCGCCG
SmilChr01G001406 Chr01 NC_080387.1:27669093-27669107promoter 内 509-523 bp + 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27664472-27665615(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGATC
SmilChr02G000513 Chr02 NC_080388.1:7073585-7073599promoter 内 344-358 bp + 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 7077242-7081611(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCA
SmilChr01G002333 Chr01 NC_080387.1:40480966-40480980promoter 内 274-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 40471842-40477253(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCCCCACCGCCA
SmilChr01G004690 Chr01 NC_080387.1:64957540-64957554promoter 内 239-253 bp + 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64934331-64953792(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCATGG
SmilChr05G004228 Chr05 NC_080391.1:56103905-56103919promoter 内 161-175 bp - 3826 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 56107745-56108543(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGATC
SmilChr06G003236 Chr06 NC_080392.1:45079849-45079863promoter 内 160-174 bp - 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45073365-45076022(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGTGCCACCGCCG
SmilChr08G003921 Chr08 NC_080394.1:46696879-46696893promoter 内 126-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 46700754-46701695(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGATC
SmilChr07G002901 Chr07 NC_080393.1:29402414-29402428promoter 内 104-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 29396447-29398531(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGTCCCCACCGCCA
SmilChr02G003693 Chr02 NC_080388.1:58381555-58381569promoter 内 20-34 bp + 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58373232-58377588(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCATGG
SmilChr04G003465 Chr04 NC_080390.1:51135946-51135960promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 51136920-51144915(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCTGCCACCGCCG
SmilChr07G000754 Chr07 NC_080393.1:5307760-5307774promoter 内 694-708 bp + 3293 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 5311067-5314307(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCATCACCGCCG
SmilChr03G000814 Chr03 NC_080389.1:9316255-9316269promoter 内 3970-3984 bp - 17 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 9309624-9316238(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATCTCCACCGCCA
SmilChr02G002328 Chr02 NC_080388.1:40966358-40966372promoter 内 3098-3112 bp - 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 40967261-40967923(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCTGCTG
SmilChr01G006040 Chr01 NC_080387.1:75890096-75890110promoter 内 2867-2881 bp + 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 75891230-75893857(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCTGCCACCGCCG
SmilChr02G001335 Chr02 NC_080388.1:24817893-24817907promoter 内 2837-2851 bp - 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 24813733-24816743(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTAGCGCCACCGCCT
SmilChr04G000656 Chr04 NC_080390.1:7427482-7427496promoter 内 2739-2753 bp + 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 7428744-7431916(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTGCACCGCCT
SmilChr08G001458 Chr08 NC_080394.1:11747236-11747250promoter 内 2494-2508 bp + 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 11748743-11749744(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTCTGCCACCGCCG
SmilChr01G006045 Chr01 NC_080387.1:75958702-75958716promoter 内 2089-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 75960614-75962698(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCTGCCACCGCCG
SmilChr03G004597 Chr03 NC_080389.1:63782973-63782987promoter 内 2004-2018 bp - 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 63779217-63780990(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCGCCACCGCGA
SmilChr07G001110 Chr07 NC_080393.1:8191320-8191334promoter 内 1672-1686 bp + 2315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 8193649-8196702(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTGCCACCGCCC
SmilChr07G003322 Chr07 NC_080393.1:35471271-35471285promoter 内 1658-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 35473614-35476158(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTGCACCGCCT
SmilChr05G003890 Chr05 NC_080391.1:52632179-52632193promoter 内 933-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 52635247-52637292(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCGCCACCGCGT
SmilChr06G001841 Chr06 NC_080392.1:21604006-21604020promoter 内 849-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 21598542-21600868(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCCGCCACCGCCG
SmilChr01G002990 Chr01 NC_080387.1:48829941-48829955promoter 内 690-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 48823379-48826644(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGAAG
SmilChr08G001311 Chr08 NC_080394.1:10453166-10453180promoter 内 596-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 10444744-10449775(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGTGA
SmilChr06G002320 Chr06 NC_080392.1:33470404-33470418promoter 内 110-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 33465748-33466527(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACAGCCACCGCCG
SmilChr06G000244 Chr06 NC_080392.1:1632540-1632554promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1632640-1636392(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCATCCACCGCCG
SmilChr02G002747 Chr02 NC_080388.1:47461811-47461825promoter 内 3589-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47462223-47464468(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCCGCCACCGCCG
SmilChr06G002967 Chr06 NC_080392.1:42483771-42483785promoter 内 3554-3568 bp + 433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42482459-42483338(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGAAG
SmilChr05G001190 Chr05 NC_080391.1:9973763-9973777promoter 内 3526-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 9974238-9975004(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATGCGC
SmilChr07G002146 Chr07 NC_080393.1:19629150-19629164promoter 内 3445-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 19629706-19638300(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCCTGG
SmilChr01G001245 Chr01 NC_080387.1:24964774-24964788promoter 内 3398-3412 bp + 589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 24963532-24964185(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGAAG