转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 52 / 143 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001548 Chr05 NC_080391.1:14177900-14177919promoter 内 853-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 14181048-14188279(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAGAGACAAAAAGTCA
SmilChr07G001938 Chr07 NC_080393.1:16789455-16789474promoter 内 848-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 16785645-16786321(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TACAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr02G002082 Chr02 NC_080388.1:37407575-37407594promoter 内 823-842 bp + 3159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37393825-37404416(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGCAAACAGACAAAATCCAA
SmilChr02G000921 Chr02 NC_080388.1:15998465-15998484promoter 内 765-784 bp + 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 16001701-16011013(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGCCATTTTGTCGTCATCCT
SmilChr07G004055 Chr07 NC_080393.1:51863207-51863226promoter 内 717-736 bp - 3265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 51857466-51859942(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTGTTTTGTCCTTTTGGC
SmilChr02G001122 Chr02 NC_080388.1:20266212-20266231promoter 内 686-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 20269527-20272752(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATTGTTTTGTCCTTTTGGC
SmilChr02G000738 Chr02 NC_080388.1:11959004-11959023promoter 内 677-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11952330-11955699(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCTAGAGGACAAAAAAAAA
SmilChr08G003326 Chr08 NC_080394.1:34540180-34540199promoter 内 609-628 bp + 3373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 34531807-34536807(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATTAAAGGACAAAAATCAG
SmilChr04G000209 Chr04 NC_080390.1:1859105-1859124promoter 内 583-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 1862523-1862596(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTTTTTTTGTA
SmilChr04G003266 Chr04 NC_080390.1:49382224-49382243promoter 内 555-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 49377857-49378797(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACATAACGACAAAGTTGGG
SmilChr03G003382 Chr03 NC_080389.1:52189431-52189450promoter 内 468-487 bp - 3514 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 52175671-52185917(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TACAATTTCGTCGTTTTGCT
SmilChr07G004561 Chr07 NC_080393.1:58436900-58436919promoter 内 453-472 bp + 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58432868-58433371(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GCCAAAAGGACAAAACAATC
SmilChr07G004536 Chr07 NC_080393.1:58019595-58019614promoter 内 444-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 58013145-58016057(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATATATTTTGTCTTCTTCAT
SmilChr04G003373 Chr04 NC_080390.1:50290895-50290914promoter 内 440-459 bp - 3542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 50294456-50296241(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAGAATAAGACAAAATATGT
SmilChr05G000877 Chr05 NC_080391.1:6960166-6960185promoter 内 370-389 bp - 3612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 6963797-6969234(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAAAATAAGACAAAAATAAA
SmilChr02G004289 Chr02 NC_080388.1:65219529-65219548promoter 内 198-217 bp + 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 65215359-65215745(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAACACGACAACAAAGCG
SmilChr07G004691 Chr07 NC_080393.1:59838784-59838803promoter 内 196-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 59830771-59834998(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTTTTTTTGTA
SmilChr07G001834 Chr07 NC_080393.1:15810418-15810437promoter 内 192-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 15814227-15815452(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTCTTTTGTCGCATTGCT
SmilChr06G000095 Chr06 NC_080392.1:679224-679243promoter 内 171-190 bp + 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 673955-675413(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ACCAAAATGACAAAAATGGA
SmilChr04G001539 Chr04 NC_080390.1:25353053-25353072promoter 内 154-173 bp + 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 25346518-25349225(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AGGAAATCGACAAAAATAGC
SmilChr04G000877 Chr04 NC_080390.1:11120489-11120508promoter 内 148-167 bp - 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 11124342-11128127(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAAGTAAA
SmilChr01G002164 Chr01 NC_080387.1:37679403-37679422promoter 内 126-145 bp - 3856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 37683278-37684804(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACTTGAAGACAAAATAGTA
SmilChr04G000082 Chr04 NC_080390.1:735176-735195promoter 内 107-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 728768-731301(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGCACTTTTGTCTTTTTATC
SmilChr05G001053 Chr05 NC_080391.1:8724207-8724226promoter 内 58-77 bp - 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 8718649-8720283(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTTTGGTTTGTCGTGTTTTG
SmilChr01G005005 Chr01 NC_080387.1:68101297-68101316promoter 内 52-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 68105246-68107456(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TCCATTTTTGTCATTTTGGT
SmilChr05G004133 Chr05 NC_080391.1:55328180-55328199promoter 内 26-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.0/ 100 1 55309027-55324224(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATAGTTTTGTCTTCTTCGT
SmilChr01G002880 Chr01 NC_080387.1:47425377-47425396promoter 内 2349-2368 bp + 1633 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 5 47423642-47423744(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATAAAAAGGACAAAAAAAAC
SmilChr04G003643 Chr04 NC_080390.1:52928466-52928485promoter 内 3844-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 52928623-52931310(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAAAAACAAAAATAAA
SmilChr03G002519 Chr03 NC_080389.1:40153026-40153045promoter 内 3092-3111 bp - 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 40137796-40152136(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATTCCTTTGTCGTTTATCG
SmilChr05G000583 Chr05 NC_080391.1:4396994-4397013promoter 内 1496-1515 bp - 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 3 4399499-4401407(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CCCAAATCGACAAAAATCAA
SmilChr01G002837 Chr01 NC_080387.1:46960563-46960582promoter 内 3646-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 46958115-46960227(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGTTTTTTTGTCATTTTCGT
SmilChr08G001434 Chr08 NC_080394.1:11484457-11484476promoter 内 3398-3417 bp + 584 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 11482896-11483873(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGCTAGAAGACAAAACATGT
SmilChr08G004113 Chr08 NC_080394.1:49925136-49925155promoter 内 2937-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 49923973-49924091(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TGTGTTTTTGTCTTGTTTTT
SmilChr01G002814 Chr01 NC_080387.1:46695483-46695502promoter 内 2881-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 46696603-46697667(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GTTATAGTTGTCGTTTTCTT
SmilChr05G002170 Chr05 NC_080391.1:23049624-23049643promoter 内 2596-2615 bp - 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 2 23051029-23054239(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GGCAAAACAACAAAAAATGG
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