转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 54 / 147 下载 TSV

上一页 54 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004733 Chr02 NC_080388.1:69567646-69567659promoter 内 1554-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 69561938-69565212(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAGAAGTCAAAGC
SmilChr03G000601 Chr03 NC_080389.1:6674371-6674384promoter 内 1542-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 6676830-6678523(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTCTTT
SmilChr03G000386 Chr03 NC_080389.1:4288956-4288969promoter 内 1492-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4291465-4292439(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTCTTT
SmilChr01G004762 Chr01 NC_080387.1:65801577-65801590promoter 内 1181-1194 bp - 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 65797080-65798770(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTGTTGACTGTTGG
SmilChr02G003444 Chr02 NC_080388.1:55708710-55708723promoter 内 1158-1171 bp - 2830 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 55711553-55713525(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATCTGGTCAACGG
SmilChr04G001947 Chr04 NC_080390.1:31609541-31609554promoter 内 1127-1140 bp + 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 31598935-31606680(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CACAAAGTCAACTT
SmilChr01G003271 Chr01 NC_080387.1:51420303-51420316promoter 内 1081-1094 bp - 2907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 51423223-51427377(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAATAAGTCAAAGA
SmilChr02G004670 Chr02 NC_080388.1:69058922-69058935promoter 内 1078-1091 bp + 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 69053031-69056012(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGCAAGTCAACCC
SmilChr03G001147 Chr03 NC_080389.1:13227494-13227507promoter 内 1060-1073 bp + 2928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 13222908-13224566(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CACAAAGTCAACTT
SmilChr04G000565 Chr04 NC_080390.1:6304693-6304706promoter 内 1045-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 6300158-6301750(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCACCGG
SmilChr03G000956 Chr03 NC_080389.1:10806036-10806049promoter 内 850-863 bp + 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 10809187-10810392(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTCTTT
SmilChr03G002204 Chr03 NC_080389.1:34685925-34685938promoter 内 820-833 bp - 3168 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 34689106-34692549(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTCAAAGTCAACAT
SmilChr03G000387 Chr03 NC_080389.1:4288956-4288969promoter 内 631-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 4292326-4293199(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTCTTT
SmilChr04G002112 Chr04 NC_080390.1:34102979-34102992promoter 内 590-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 34094599-34099581(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTGCCCG
SmilChr02G004284 Chr02 NC_080388.1:65093829-65093842promoter 内 467-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 65097363-65099823(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTACGCC
SmilChr03G002972 Chr03 NC_080389.1:46515979-46515992promoter 内 448-461 bp + 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 46519532-46525194(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCCCTTA
SmilChr02G005074 Chr02 NC_080388.1:72381225-72381238promoter 内 382-395 bp - 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 72384844-72390199(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCACCGGTCAACGC
SmilChr04G000939 Chr04 NC_080390.1:12374630-12374643promoter 内 269-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 12378362-12380127(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTGAGCT
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51980051-51980064promoter 内 251-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 51983801-52028202(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCACCGG
SmilChr04G000589 Chr04 NC_080390.1:6555829-6555842promoter 内 244-257 bp + 3744 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 2 6559586-6578686(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTCCTG
SmilChr03G000402 Chr03 NC_080389.1:4386455-4386468promoter 内 3964-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4385403-4386431(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTATTC
SmilChr01G003266 Chr01 NC_080387.1:51340811-51340824promoter 内 3942-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51339521-51340765(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACCATAAG
SmilChr03G000915 Chr03 NC_080389.1:10470909-10470922promoter 内 3927-3940 bp - 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 10469068-10470848(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTTAGGG
SmilChr01G004076 Chr01 NC_080387.1:59204412-59204425promoter 内 3903-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59201299-59204327(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGGTTGACTTGTTT
SmilChr01G005403 Chr01 NC_080387.1:71295664-71295677promoter 内 3817-3830 bp - 171 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 71295848-71297322(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTAAAGTCAAAGC
SmilChr03G000367 Chr03 NC_080389.1:4102468-4102481promoter 内 3693-3706 bp - 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4102776-4104254(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGATAGTCAACAC
SmilChr01G004077 Chr01 NC_080387.1:59204412-59204425promoter 内 3679-3692 bp - 309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 59204734-59207177(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAACAAGTCAACCT
SmilChr03G000401 Chr03 NC_080389.1:4386455-4386468promoter 内 3601-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4377832-4386068(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTATTC
SmilChr02G005338 Chr02 NC_080388.1:74227259-74227272promoter 内 3165-3178 bp + 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74228095-74239539(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCATTGACTTTTTA
SmilChr01G001919 Chr01 NC_080387.1:34328447-34328460promoter 内 3149-3162 bp - 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34324330-34327608(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTTTGAC
SmilChr03G001461 Chr03 NC_080389.1:17461104-17461117promoter 内 3069-3082 bp - 919 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 17462036-17467359(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGTTAAGTCAACCC
SmilChr01G000307 Chr01 NC_080387.1:6000740-6000753promoter 内 3003-3016 bp - 985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5996885-5999755(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACCACCGG
SmilChr03G001502 Chr03 NC_080389.1:18365412-18365425promoter 内 2981-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 18366432-18367359(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGGTGGTCAACGG
SmilChr02G005410 Chr02 NC_080388.1:74596779-74596792promoter 内 2856-2869 bp - 1132 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 74597924-74598825(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGTATAGTCAACAC
SmilChr01G000966 Chr01 NC_080387.1:20502131-20502144promoter 内 2849-2862 bp + 1139 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20503283-20504971(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGGTTGACTTGGCC
SmilChr04G000042 Chr04 NC_080390.1:408715-408728promoter 内 2747-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 409969-412055(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACCATAGTCAACAA
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