转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 56 / 152 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000121 Chr03 NC_080389.1:1307147-1307165promoter 内 2502-2520 bp - 1481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 1308646-1313469(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAATATGTGGTTGAGAACT
SmilChr03G000321 Chr03 NC_080389.1:3659974-3659992promoter 内 2480-2498 bp - 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3655196-3658471(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTTCTCAACCACATATTC
SmilChr04G002107 Chr04 NC_080390.1:34015750-34015768promoter 内 2471-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34013504-34014238(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTTGTGTGGTTGAGGAGG
SmilChr03G004138 Chr03 NC_080389.1:60222474-60222492promoter 内 2468-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60224007-60233480(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAACGACAACCACTACCCC
SmilChr05G002093 Chr05 NC_080391.1:21895112-21895130promoter 内 2404-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 21896709-21898902(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CATCATCAACCACTCTTTC
SmilChr03G000278 Chr03 NC_080389.1:3164702-3164720promoter 内 2312-2330 bp - 1671 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3160443-3163031(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTTCTCAACCACATATTC
SmilChr01G004431 Chr01 NC_080387.1:62419165-62419183promoter 内 2117-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62415542-62417299(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGAGGAGTGGTTGATGAGG
SmilChr01G001651 Chr01 NC_080387.1:30575924-30575942promoter 内 2032-2050 bp - 1951 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30577893-30583645(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAAATGTGGTTGTGGATG
SmilChr02G000881 Chr02 NC_080388.1:15178430-15178448promoter 内 1973-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15173289-15176420(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTGGCCAACCACTTCAAA
SmilChr01G002303 Chr01 NC_080387.1:39902903-39902921promoter 内 1965-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 39892365-39900885(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTCACAACCACTTTATT
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15462034-15462052promoter 内 1702-1720 bp - 2281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15458438-15459753(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTCCAACCATTTTCTC
SmilChr03G002384 Chr03 NC_080389.1:37654848-37654866promoter 内 1659-1677 bp + 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37652021-37652524(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATCAAGTGGTTGTGGTGG
SmilChr02G005364 Chr02 NC_080388.1:74352914-74352932promoter 内 1647-1665 bp + 2336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74348519-74350578(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGGTTGTGGTTGCGGCTG
SmilChr04G002863 Chr04 NC_080390.1:44717085-44717103promoter 内 1498-1516 bp + 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44719588-44721933(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGTTTCAACCACTTTTCA
SmilChr02G000604 Chr02 NC_080388.1:8806998-8807016promoter 内 1473-1491 bp - 2510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8809526-8811807(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGATGGTGGTTGAATTGA
SmilChr02G003169 Chr02 NC_080388.1:52706066-52706084promoter 内 1454-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52708613-52716242(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATATCAACCACATCCAC
SmilChr05G001682 Chr05 NC_080391.1:15968081-15968099promoter 内 1325-1343 bp - 2658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15960996-15965423(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGCACAACCACCACCCT
SmilChr04G003661 Chr04 NC_080390.1:53077516-53077534promoter 内 1298-1316 bp - 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53080219-53085777(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTGAAGTGGTTGTGGAAA
SmilChr01G005956 Chr01 NC_080387.1:75248976-75248994promoter 内 1260-1278 bp - 2723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75251717-75253499(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTAGAGGTGGTTGATCTGG
SmilChr03G003123 Chr03 NC_080389.1:48414719-48414737promoter 内 1217-1235 bp - 2766 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 48410416-48411953(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACTGTCAACCACAACCTC
SmilChr01G002664 Chr01 NC_080387.1:44878844-44878862promoter 内 1205-1223 bp + 2778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44872611-44876066(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATTAGTGGTTGAGGGAC
SmilChr03G001317 Chr03 NC_080389.1:15453647-15453665promoter 内 1152-1170 bp + 2831 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 15449509-15450816(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAAAATGGTTGGAGTGG
SmilChr05G000017 Chr05 NC_080391.1:68508-68526promoter 内 1133-1151 bp + 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 71376-74862(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTATTCCAACCACATAACC
SmilChr02G004631 Chr02 NC_080388.1:68784574-68784592promoter 内 1124-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68787451-68789667(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATATGGTGGTTGTGGATT
SmilChr02G002946 Chr02 NC_080388.1:49993835-49993853promoter 内 1110-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 49990033-49990962(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAGTGTTGGTTGGGACAA
SmilChr01G005628 Chr01 NC_080387.1:72743414-72743432promoter 内 927-945 bp + 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 72738344-72740358(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAATGTGGTTGTAGAGA
SmilChr01G005112 Chr01 NC_080387.1:68903297-68903315promoter 内 836-854 bp + 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 68899026-68900150(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAGAAGTGGTTGTGAAAT
SmilChr04G001904 Chr04 NC_080390.1:31111462-31111480promoter 内 784-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 31107244-31108263(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATAAAAGTGGTTGAGTATA
SmilChr02G002485 Chr02 NC_080388.1:43247296-43247314promoter 内 761-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43241794-43244074(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGATGGTGGTTGCTGACA
SmilChr05G000426 Chr05 NC_080391.1:3214561-3214579promoter 内 615-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3208696-3211193(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGCGGTGGTTGGCTTGG
SmilChr04G001828 Chr04 NC_080390.1:29808259-29808277promoter 内 592-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29811668-29813842(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGGCCCCAACCACAGACCT
SmilChr05G001814 Chr05 NC_080391.1:18150048-18150066promoter 内 437-455 bp - 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18153612-18154909(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGATGGTGGTTGGCTGAC
SmilChr03G004750 Chr03 NC_080389.1:64597344-64597362promoter 内 399-417 bp + 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 64586076-64593760(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGACAGGTGGTTGAATTAG
SmilChr02G003167 Chr02 NC_080388.1:52706066-52706084promoter 内 370-388 bp + 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 52701137-52702453(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGGATGTGGTTGATATTG
SmilChr02G001960 Chr02 NC_080388.1:35391043-35391061promoter 内 366-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 35386959-35387426(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGCTCAACCACTTCAAT
SmilChr05G003013 Chr05 NC_080391.1:37475082-37475100promoter 内 337-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37478746-37480768(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAATGTGGTTGCCGATG
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