转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 56 / 164 下载 TSV

上一页 56 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000217 Chr08 NC_080394.1:1485268-1485282promoter 内 2944-2958 bp - 1043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1480648-1484225(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATATAGGTAGGTTGG
SmilChr02G004727 Chr02 NC_080388.1:69516734-69516748promoter 内 2882-2896 bp - 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 69512346-69515629(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTTGGTAGTTGGA
SmilChr07G001241 Chr07 NC_080393.1:9510040-9510054promoter 内 2863-2877 bp + 1124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 9511178-9512872(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGGTAGTAGGTGGC
SmilChr04G001400 Chr04 NC_080390.1:22787124-22787138promoter 内 2702-2716 bp + 1285 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 22778149-22785839(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTTACT
SmilChr02G003974 Chr02 NC_080388.1:61983284-61983298promoter 内 2671-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 61976230-61981968(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCAATAA
SmilChr03G002331 Chr03 NC_080389.1:36773439-36773453promoter 内 2352-2366 bp + 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 36770655-36771804(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACTTC
SmilChr07G003879 Chr07 NC_080393.1:48420846-48420860promoter 内 2318-2332 bp + 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 48422529-48427938(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAGTAGTAGGTGAA
SmilChr07G003343 Chr07 NC_080393.1:35823182-35823196promoter 内 2272-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 35824911-35826102(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCTCTCC
SmilChr01G003620 Chr01 NC_080387.1:54750371-54750385promoter 内 2202-2216 bp + 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54752170-54757040(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATAAAAGTAGGTGGG
SmilChr05G004198 Chr05 NC_080391.1:55842726-55842740promoter 内 2104-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 55836468-55840843(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGTGGTAGGTTTG
SmilChr06G003073 Chr06 NC_080392.1:43625120-43625134promoter 内 2029-2043 bp - 1958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43627092-43628093(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCTCTCC
SmilChr05G004065 Chr05 NC_080391.1:54577852-54577866promoter 内 2015-2029 bp - 1972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54579838-54582627(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCAACTACCAAATC
SmilChr05G000215 Chr05 NC_080391.1:1696484-1696498promoter 内 1846-1860 bp - 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1691408-1694343(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATAAGGTAGGTGTA
SmilChr01G005637 Chr01 NC_080387.1:72802116-72802130promoter 内 1805-1819 bp - 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72804312-72805047(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCTCTCC
SmilChr07G003691 Chr07 NC_080393.1:44438547-44438561promoter 内 1785-1799 bp - 2202 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 44433640-44436345(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAGTGGTAGGTGGT
SmilChr04G001838 Chr04 NC_080390.1:29921610-29921624promoter 内 1687-1701 bp + 2300 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 29923924-29926040(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCGTGGTAGGTTAG
SmilChr06G000159 Chr06 NC_080392.1:1109658-1109672promoter 内 1639-1653 bp - 2348 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1112020-1117092(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTTTAT
SmilChr03G002848 Chr03 NC_080389.1:45042884-45042898promoter 内 1356-1370 bp + 2631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45038210-45040253(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACCACTAG
SmilChr06G003189 Chr06 NC_080392.1:44794462-44794476promoter 内 1340-1354 bp + 2647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 44787129-44791815(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACTTC
SmilChr04G003926 Chr04 NC_080390.1:54935872-54935886promoter 内 1289-1303 bp - 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54932033-54933174(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGCGGTAGGTGAA
SmilChr01G005076 Chr01 NC_080387.1:68636516-68636530promoter 内 1256-1270 bp + 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 68639261-68642398(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTAGTAGGTGGA
SmilChr03G003343 Chr03 NC_080389.1:51768180-51768194promoter 内 1233-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51757803-51765426(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCACCTACCTATAT
SmilChr04G002015 Chr04 NC_080390.1:32680203-32680217promoter 内 1149-1163 bp + 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 32676374-32677365(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCAACCTACCAAACA
SmilChr04G000969 Chr04 NC_080390.1:13018245-13018259promoter 内 1083-1097 bp - 2904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 13021163-13023931(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCCACCTACTACCCG
SmilChr01G004606 Chr01 NC_080387.1:64033213-64033227promoter 内 1046-1060 bp + 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 64036168-64040572(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTGTAGTTAGGTGAG
SmilChr01G003914 Chr01 NC_080387.1:57414665-57414679promoter 内 1041-1055 bp - 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 57405401-57411719(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTATTGGTAGGTAAA
SmilChr04G000154 Chr04 NC_080390.1:1353554-1353568promoter 内 927-941 bp - 3060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1349669-1350494(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAAGGGTAGGTAAG
SmilChr07G003504 Chr07 NC_080393.1:39908667-39908681promoter 内 835-849 bp - 3152 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 39911833-39914173(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTACAAG
SmilChr01G001526 Chr01 NC_080387.1:29226756-29226770promoter 内 793-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 29220885-29223562(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCAACTACCAATCA
SmilChr04G001439 Chr04 NC_080390.1:23494526-23494540promoter 内 730-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 23497797-23504823(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGGTAGTAGGTGGC
SmilChr04G000148 Chr04 NC_080390.1:1293935-1293949promoter 内 684-698 bp - 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1297252-1299763(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCATAAT
SmilChr07G002260 Chr07 NC_080393.1:20813063-20813077promoter 内 637-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 20807590-20809713(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCAACTACCAAATT
SmilChr05G003299 Chr05 NC_080391.1:43199230-43199244promoter 内 624-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 43188383-43195867(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGAGTTAGGTGAG
SmilChr01G005636 Chr01 NC_080387.1:72802116-72802130promoter 内 540-554 bp - 3447 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 72796920-72798669(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGAGAGGTAGGTATG
SmilChr08G000705 Chr08 NC_080394.1:5246036-5246050promoter 内 203-217 bp - 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 5239979-5242252(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCGTGGTAGGTAGA
SmilChr07G004418 Chr07 NC_080393.1:56781790-56781804promoter 内 148-162 bp - 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56773981-56777951(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTTAGGTAGGTAGA
SmilChr05G000213 Chr05 NC_080391.1:1672591-1672605promoter 内 134-148 bp + 3853 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1676458-1706369(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGGAGGTAGGTAAC
SmilChr05G000084 Chr05 NC_080391.1:467045-467059promoter 内 106-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 461963-463164(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTTTAT
SmilChr06G001972 Chr06 NC_080392.1:24890046-24890060promoter 内 61-75 bp - 3926 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 24884934-24886120(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAGTTGGTAGGTTTG
SmilChr01G000311 Chr01 NC_080387.1:6023243-6023257promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6017775-6019303(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTGTAGTAGGTGAA
SmilChr08G000520 Chr08 NC_080394.1:3795166-3795180promoter 内 47-61 bp - 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 3790309-3791226(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GATTTGGTAGGTGTC
SmilChr06G003035 Chr06 NC_080392.1:43153988-43154002promoter 内 2621-2635 bp + 1366 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 43149679-43152622(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTCGAT
SmilChr04G000141 Chr04 NC_080390.1:1210075-1210089promoter 内 2543-2557 bp - 1444 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 1205391-1208631(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGGAAGGTAGGTATG
SmilChr02G002287 Chr02 NC_080388.1:40405214-40405228promoter 内 729-743 bp - 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 40408486-40415281(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTTCCCA
SmilChr07G003361 Chr07 NC_080393.1:36189408-36189422promoter 内 3589-3603 bp + 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 36189820-36194113(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACATGGTAGGTAGA
SmilChr08G001414 Chr08 NC_080394.1:11329957-11329971promoter 内 3222-3236 bp + 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 11330736-11330808(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGAAGTTAGGTGAG
SmilChr04G000025 Chr04 NC_080390.1:269945-269959promoter 内 2928-2942 bp + 1059 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 264758-268886(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCAATCA
SmilChr05G002762 Chr05 NC_080391.1:31962540-31962554promoter 内 1969-1983 bp - 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 31964572-31966382(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAACAC
SmilChr05G001711 Chr05 NC_080391.1:16359122-16359136promoter 内 1814-1828 bp + 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 16355215-16356949(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCAGTTT
SmilChr07G003742 Chr07 NC_080393.1:45617698-45617712promoter 内 1626-1640 bp - 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 45620073-45620591(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTCACGC