转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 57 / 164 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000954 Chr02 NC_080388.1:16572794-16572808promoter 内 1545-1559 bp - 2442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 16569435-16570352(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAAGTGTTAGGTGAG
SmilChr02G001860 Chr02 NC_080388.1:33829194-33829208promoter 内 1531-1545 bp - 2456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 33825683-33826738(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGAGGGTAGGTAGA
SmilChr06G001065 Chr06 NC_080392.1:10514863-10514877promoter 内 1212-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 10517652-10518255(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCTAGTC
SmilChr07G001893 Chr07 NC_080393.1:16350368-16350382promoter 内 872-886 bp + 3115 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 16346138-16347253(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTCGTC
SmilChr05G003963 Chr05 NC_080391.1:53372770-53372784promoter 内 843-857 bp - 3144 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 53375928-53379156(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCACTAA
SmilChr05G002077 Chr05 NC_080391.1:21704354-21704368promoter 内 693-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 21707662-21709732(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAAACCTACCAACAC
SmilChr07G002492 Chr07 NC_080393.1:23588628-23588642promoter 内 354-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 23592275-23600386(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCAACTACCAAACA
SmilChr03G002776 Chr03 NC_080389.1:44173671-44173685promoter 内 3984-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 44165206-44173668(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTAAGTA
SmilChr07G002546 Chr07 NC_080393.1:24156899-24156913promoter 内 3968-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24156932-24158728(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTTGGTTGGTAAA
SmilChr03G002255 Chr03 NC_080389.1:35496373-35496387promoter 内 3939-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 35496435-35498673(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAACTTCAT
SmilChr03G002933 Chr03 NC_080389.1:46067236-46067250promoter 内 3895-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 46067342-46070591(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGAAGTTAGGTGAG
SmilChr03G001878 Chr03 NC_080389.1:26068226-26068240promoter 内 3844-3858 bp - 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 26068383-26069999(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTTTCC
SmilChr03G000566 Chr03 NC_080389.1:6176439-6176453promoter 内 3827-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 6176613-6177715(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTTACCTACCAGTTT
SmilChr04G000026 Chr04 NC_080390.1:269945-269959promoter 内 3778-3792 bp + 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 270168-273153(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGATTGGTAGGTATG
SmilChr04G001828 Chr04 NC_080390.1:29811434-29811448promoter 内 3767-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 29811668-29813842(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAGTGAGTAGGTGAA
SmilChr05G003691 Chr05 NC_080391.1:50041326-50041340promoter 内 3767-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 50033387-50041106(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCAACTACCAATAT
SmilChr01G005792 Chr01 NC_080387.1:74016421-74016435promoter 内 3739-3753 bp + 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 74016683-74025384(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTGTGTTAGGTGAG
SmilChr07G002111 Chr07 NC_080393.1:19225632-19225646promoter 内 3636-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 19219495-19225281(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCACTAA
SmilChr05G002389 Chr05 NC_080391.1:26385905-26385919promoter 内 3603-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 26384489-26385521(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTACCTACCAATTT
SmilChr03G004447 Chr03 NC_080389.1:62609300-62609314promoter 内 3590-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 62609711-62615303(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGTACCTACCCACAT
SmilChr02G000109 Chr02 NC_080388.1:1383905-1383919promoter 内 3548-3562 bp - 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1380448-1383466(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTGTGTTAGGTGAG
SmilChr06G002767 Chr06 NC_080392.1:40274872-40274886promoter 内 3459-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40275414-40277411(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTGTGTTAGGTGAG
SmilChr08G001457 Chr08 NC_080394.1:11739428-11739442promoter 内 3393-3407 bp + 594 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 11736073-11738834(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCACTAA
SmilChr03G004646 Chr03 NC_080389.1:64020728-64020742promoter 内 3328-3342 bp + 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64019175-64020069(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTCGTC
SmilChr03G001794 Chr03 NC_080389.1:24506755-24506769promoter 内 3306-3320 bp + 681 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24507450-24508299(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAATTGGTAGTTGGG
SmilChr02G002523 Chr02 NC_080388.1:43883664-43883678promoter 内 3248-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43884417-43886031(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATGGTGGTAGGTGTT
SmilChr02G004213 Chr02 NC_080388.1:64383133-64383147promoter 内 3206-3220 bp - 781 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 64380776-64382352(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATTTGGTAGGTGAT
SmilChr07G002491 Chr07 NC_080393.1:23588628-23588642promoter 内 3036-3050 bp - 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 23581810-23587677(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGTTTGGTAGTTGGA
SmilChr08G000124 Chr08 NC_080394.1:778236-778250promoter 内 2938-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 779299-781278(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCACCTACTACCGC
SmilChr04G003954 Chr04 NC_080390.1:55088613-55088627promoter 内 2820-2834 bp + 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55084871-55087446(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTTATA
SmilChr01G002182 Chr01 NC_080387.1:37954610-37954624promoter 内 2791-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 37950605-37953414(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTACTTT
SmilChr06G002487 Chr06 NC_080392.1:35753325-35753339promoter 内 2782-2796 bp + 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 35754544-35760734(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGTGAGTAGGTGGA
SmilChr05G000056 Chr05 NC_080391.1:264881-264895promoter 内 2759-2773 bp + 1228 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 266123-267396(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TAGTGGGTAGGTGAT
SmilChr02G001310 Chr02 NC_080388.1:24338736-24338750promoter 内 2735-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 24340002-24340595(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCTATGGTAGGTTGG
SmilChr01G000855 Chr01 NC_080387.1:18426576-18426590promoter 内 2698-2712 bp - 1289 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 18427879-18429114(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTTCGTC
SmilChr03G001961 Chr03 NC_080389.1:28108306-28108320promoter 内 2608-2622 bp + 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 28109699-28110847(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTGTTGGTAGGTTTG
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