转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 58 / 121 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001681 Chr01 NC_080387.1:31012511-31012525promoter 内 919-933 bp + 3068 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 31008781-31009443(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAGGATC
SmilChr01G000693 Chr01 NC_080387.1:15577482-15577496promoter 内 700-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 15565832-15574195(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTAGGGTT
SmilChr02G003838 Chr02 NC_080388.1:60072515-60072529promoter 内 321-335 bp + 3666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 60067055-60068849(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATCTGC
SmilChr02G002623 Chr02 NC_080388.1:45527557-45527571promoter 内 3573-3587 bp - 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 45527985-45529888(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTATACTT
SmilChr01G002005 Chr01 NC_080387.1:35572526-35572540promoter 内 3198-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35571231-35571737(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAACGTT
SmilChr04G003281 Chr04 NC_080390.1:49479624-49479638promoter 内 3021-3035 bp - 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49480604-49483137(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTATATTT
SmilChr02G001579 Chr02 NC_080388.1:29473111-29473125promoter 内 2987-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 29470400-29472111(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTACCGCC
SmilChr05G000383 Chr05 NC_080391.1:2891196-2891210promoter 内 2979-2993 bp - 1008 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2886909-2890188(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGTTTAGATCTGTG
SmilChr04G002861 Chr04 NC_080390.1:44704476-44704490promoter 内 2947-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 44705530-44706336(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTTAAATCTGAA
SmilChr01G000318 Chr01 NC_080387.1:6171979-6171993promoter 内 2927-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6173053-6173990(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGTATAGATCTAAG
SmilChr02G003098 Chr02 NC_080388.1:51847990-51848004promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51843357-51846860(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCCGAGCA
SmilChr04G002118 Chr04 NC_080390.1:34165246-34165260promoter 内 2842-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34166405-34170446(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAAGCCC
SmilChr03G002508 Chr03 NC_080389.1:39933619-39933633promoter 内 2834-2848 bp - 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39934786-39936151(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCGTACG
SmilChr04G003529 Chr04 NC_080390.1:51657029-51657043promoter 内 2815-2829 bp - 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51653252-51655857(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCTAGATCTATA
SmilChr02G005485 Chr02 NC_080388.1:75046931-75046945promoter 内 2751-2765 bp - 1236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75044541-75045695(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTCGAATCTGAA
SmilChr01G005630 Chr01 NC_080387.1:72751413-72751427promoter 内 2745-2759 bp + 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72746687-72750171(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCAGATCTATTTTT
SmilChr03G003626 Chr03 NC_080389.1:54940235-54940249promoter 内 2725-2739 bp + 1262 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54941511-54945913(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATATAGATCTAAT
SmilChr02G003369 Chr02 NC_080388.1:54819650-54819664promoter 内 2616-2630 bp + 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54812407-54818279(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAGGAAT
SmilChr01G005956 Chr01 NC_080387.1:75250250-75250264promoter 内 2534-2548 bp + 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75251717-75253499(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAGGGTGGATCTGAG
SmilChr03G004377 Chr03 NC_080389.1:61989720-61989734promoter 内 2456-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 61991265-62008827(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAGATAT
SmilChr03G003792 Chr03 NC_080389.1:57026192-57026206promoter 内 2329-2343 bp - 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57011179-57024534(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTCTAGATCTAAC
SmilChr03G004378 Chr03 NC_080389.1:61989720-61989734promoter 内 2292-2306 bp - 1695 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 61991429-61995151(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CATAGATCTAGATAT
SmilChr04G000328 Chr04 NC_080390.1:3025337-3025351promoter 内 2286-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 3027052-3032335(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAAGCCC
SmilChr04G002065 Chr04 NC_080390.1:33379267-33379281promoter 内 2285-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 33375366-33377565(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATTTTA
SmilChr02G005486 Chr02 NC_080388.1:75046931-75046945promoter 内 2196-2210 bp - 1791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75048736-75053767(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTCGAATCT
SmilChr01G005789 Chr01 NC_080387.1:73986421-73986435promoter 内 2187-2201 bp - 1800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 73988235-73992518(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTATATGG
SmilChr04G003911 Chr04 NC_080390.1:54843910-54843924promoter 内 2072-2086 bp - 1915 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54845839-54847171(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTAAAGCG
SmilChr05G000345 Chr05 NC_080391.1:2580234-2580248promoter 内 2068-2082 bp + 1919 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2558691-2578315(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCCCTC
SmilChr05G001300 Chr05 NC_080391.1:11227731-11227745promoter 内 1977-1991 bp - 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11229755-11237005(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCATTCCT
SmilChr04G002117 Chr04 NC_080390.1:34165246-34165260promoter 内 1911-1925 bp - 2076 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34161536-34163170(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGCTTAGATCTGTG
SmilChr02G001158 Chr02 NC_080388.1:21148349-21148363promoter 内 1870-1884 bp + 2117 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21145507-21146232(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTTAGATCTATACTT
SmilChr02G004679 Chr02 NC_080388.1:69135368-69135382promoter 内 1754-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69130958-69133135(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTGTGGATCTGAA
SmilChr01G000721 Chr01 NC_080387.1:16143812-16143826promoter 内 1745-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16135175-16141570(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTCTAGATCTCCG
SmilChr03G001752 Chr03 NC_080389.1:23752400-23752414promoter 内 1703-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 23748316-23750116(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGACTAGATCTGTT
SmilChr02G004681 Chr02 NC_080388.1:69135368-69135382promoter 内 1679-1693 bp - 2308 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 69137690-69140701(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCACAGCA
SmilChr03G004208 Chr03 NC_080389.1:60683891-60683905promoter 内 1359-1373 bp - 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60679633-60681263(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCTTGAGATCTGAG
SmilChr04G001693 Chr04 NC_080390.1:27981802-27981816promoter 内 1269-1283 bp + 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 27984534-27987838(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTATCGAGATCTGAA
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SmilChr03G002064 Chr03 NC_080389.1:31497796-31497810promoter 内 1118-1132 bp + 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31500679-31503818(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTATCGAGATCTGAA
SmilChr02G001746 Chr02 NC_080388.1:32048459-32048473promoter 内 1113-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32044164-32045585(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGCTGCG
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SmilChr03G004174 Chr03 NC_080389.1:60481669-60481683promoter 内 874-888 bp + 3113 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60484796-60488043(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAATTAGATCTCAG
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SmilChr03G001217 Chr03 NC_080389.1:13983656-13983670promoter 内 867-881 bp - 3120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13977631-13980536(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTATCGAGATCTGAA
SmilChr03G003605 Chr03 NC_080389.1:54695340-54695354promoter 内 783-797 bp + 3204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54698558-54702926(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATATAGATCTAAT
SmilChr04G003530 Chr04 NC_080390.1:51657029-51657043promoter 内 629-643 bp - 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51660401-51660480(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TATAGATCTAGATGC
SmilChr02G005156 Chr02 NC_080388.1:72926745-72926759promoter 内 505-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72920166-72923263(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCAGATGGATCTGAA