转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 6 / 167 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003086 Chr04 NC_080390.1:47465783-47465803promoter 内 1082-1102 bp - 2899 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 47468702-47470622(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACAAACTTATCCTCATTTTG
SmilChr01G000037 Chr01 NC_080387.1:601290-601310promoter 内 990-1010 bp - 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 604301-606337(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCACCCTTATCCTCACACCT
SmilChr04G003085 Chr04 NC_080390.1:47465783-47465803promoter 内 882-902 bp - 3099 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 47460779-47462684(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAATGAGGATAAGTTTGTG
SmilChr01G003692 Chr01 NC_080387.1:55296214-55296234promoter 内 870-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55288840-55293103(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGGTGCAGATAAGGAGGTG
SmilChr07G003179 Chr07 NC_080393.1:33854922-33854942promoter 内 679-699 bp + 3302 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 33849962-33851620(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACAAACTTATCCTCATTTTG
SmilChr01G004467 Chr01 NC_080387.1:62762372-62762392promoter 内 609-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62755636-62759000(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGGATTGGATAAGGCACGG
SmilChr02G003139 Chr02 NC_080388.1:52388321-52388341promoter 内 509-529 bp - 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 52391813-52392259(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCTACCTTATCCACAATTTT
SmilChr01G001895 Chr01 NC_080387.1:34057358-34057378promoter 内 316-336 bp - 3665 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34061043-34062788(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACAAACTTATCCTCATTTTG
SmilChr03G001992 Chr03 NC_080389.1:29337421-29337441promoter 内 3962-3982 bp - 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 29331425-29337402(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGATAATGGATAAGTTTGAA
SmilChr04G001628 Chr04 NC_080390.1:27034999-27035019promoter 内 1080-1100 bp + 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 27037920-27040165(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGACGATTGGATAAGGATGAA
SmilChr08G001613 Chr08 NC_080394.1:13343079-13343099promoter 内 3568-3588 bp + 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 13343512-13345451(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAATTAAAGATAAGGATAAA
SmilChr03G001319 Chr03 NC_080389.1:15461277-15461297promoter 内 2457-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 15458438-15459753(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCATCTTTATCCACAAATCT
SmilChr08G001612 Chr08 NC_080394.1:13343079-13343099promoter 内 2314-2334 bp + 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 13336920-13341412(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTATCCTTATCTTTAATTTG
SmilChr08G001645 Chr08 NC_080394.1:13656824-13656844promoter 内 3885-3905 bp + 96 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 13656940-13658090(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCAGGTTTGGATAAAGATGCA
SmilChr03G004275 Chr03 NC_080389.1:61203955-61203975promoter 内 3182-3202 bp + 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 61201250-61203156(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCAGGCTTATCCAATCTTTA
SmilChr04G000147 Chr04 NC_080390.1:1288570-1288590promoter 内 3093-3113 bp + 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 1281504-1287682(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTGTCCTTATCCAATCCGCT
SmilChr02G002143 Chr02 NC_080388.1:38551692-38551712promoter 内 2995-3015 bp + 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 38546809-38550706(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTACCCTTATCCAGATTTTG
SmilChr03G003183 Chr03 NC_080389.1:49285453-49285473promoter 内 2618-2638 bp - 1363 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 49286836-49291900(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCAGTCTTATCCTCTCCATC
SmilChr04G002713 Chr04 NC_080390.1:42741603-42741623promoter 内 2288-2308 bp + 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 42743316-42745112(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAATAAAGGATAAGTATAAT
SmilChr03G002350 Chr03 NC_080389.1:37130357-37130377promoter 内 1226-1246 bp - 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 37133132-37137085(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCCACCTTATCCATTTACTC
SmilChr03G001691 Chr03 NC_080389.1:22425788-22425808promoter 内 856-876 bp - 3125 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 22428933-22429433(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCATCCTTATCTTTAACATC
SmilChr01G002436 Chr01 NC_080387.1:41948353-41948373promoter 内 129-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 41952225-41956509(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAATAGAGGATAAGGGTGTG
SmilChr02G003367 Chr02 NC_080388.1:54796094-54796114promoter 内 3641-3661 bp - 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 54788150-54795754(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAAAAGGATAAGATTAAA
SmilChr02G002737 Chr02 NC_080388.1:47303578-47303598promoter 内 3149-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 47304430-47306172(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATGTATAGGATAAGTAAGAG
SmilChr02G003447 Chr02 NC_080388.1:55720217-55720237promoter 内 2660-2680 bp - 1321 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 55721558-55722746(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTTTCTTATCCTCTTTTTG
SmilChr02G002158 Chr02 NC_080388.1:38808167-38808187promoter 内 1193-1213 bp + 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 38804041-38805379(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTGTGCTTATCCATTTTCTT
SmilChr04G003289 Chr04 NC_080390.1:49577148-49577168promoter 内 952-972 bp - 3029 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 49571951-49574119(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTGGGATTGGATAAGAAGAAG
SmilChr06G001270 Chr06 NC_080392.1:13287849-13287869promoter 内 452-472 bp - 3529 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 2 13278375-13284320(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAATATTAGATAAGGATGGG
SmilChr02G001499 Chr02 NC_080388.1:28037438-28037458promoter 内 3628-3648 bp + 353 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 28037811-28041256(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAGAATGGATAAGGCGGAA
SmilChr03G000549 Chr03 NC_080389.1:5950497-5950517promoter 内 2592-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 5951906-5957114(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATTCTTATCCTCTCAATT
SmilChr05G002171 Chr05 NC_080391.1:23071962-23071982promoter 内 1790-1810 bp + 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 23067936-23069771(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCCTTCTTATCCTGAATCTC
SmilChr03G000944 Chr03 NC_080389.1:10707130-10707150promoter 内 1746-1766 bp - 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 10709385-10713375(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCATCCTTATCTAATATTAA
SmilChr03G000947 Chr03 NC_080389.1:10739041-10739061promoter 内 1739-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 10741303-10745284(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCATCCTTATCTAATATTAA
SmilChr05G000174 Chr05 NC_080391.1:1376495-1376515promoter 内 1534-1554 bp + 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1371204-1374048(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTTTCTTATCCATAATTTT
SmilChr05G000494 Chr05 NC_080391.1:3851403-3851423promoter 内 1524-1544 bp + 2457 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 3853880-3854869(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGCAAAGTGGATAAGGTCGGG
SmilChr05G003948 Chr05 NC_080391.1:53237875-53237895promoter 内 1370-1390 bp + 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 53232960-53235264(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTCTTCTTATCCTTTTCATC
SmilChr02G003725 Chr02 NC_080388.1:58871381-58871401promoter 内 995-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 58874387-58885251(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCATGTTTATCCAAATTCTG
SmilChr02G000145 Chr02 NC_080388.1:1935340-1935360promoter 内 932-952 bp - 3049 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 1938409-1944296(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACCACCTTATCCATTCCCGC
SmilChr01G003725 Chr01 NC_080387.1:55564034-55564054promoter 内 815-835 bp + 3166 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 55567220-55572343(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAATTGAAGATAAGGATGGA
SmilChr04G001629 Chr04 NC_080390.1:27050365-27050385promoter 内 431-451 bp - 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 27044852-27046815(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTGTTGAGGATAAGAATGGA
SmilChr05G000055 Chr05 NC_080391.1:257646-257666promoter 内 90-110 bp - 3891 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.9/ 100 1 261557-262674(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCATCCTTATCTAATATTAA
SmilChr05G002305 Chr05 NC_080391.1:24908043-24908063promoter 内 3709-3729 bp + 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 24908335-24909760(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATTGGATAAGAAAAGA
SmilChr03G003291 Chr03 NC_080389.1:51028920-51028940promoter 内 3537-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 51027435-51028476(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGCTATGTGGATAAGAATGGA
SmilChr03G000375 Chr03 NC_080389.1:4190067-4190087promoter 内 3347-3367 bp - 634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 4186723-4189433(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAAGAGAAGATAAGGAGAGA
SmilChr02G004397 Chr02 NC_080388.1:66323399-66323419promoter 内 1212-1232 bp + 2769 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 2 66326188-66327944(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGAATAAGATAAGGATCGT
SmilChr08G000100 Chr08 NC_080394.1:621830-621850promoter 内 3974-3994 bp - 7 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 621857-624360(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGCTCCTTATCCTTTCTCCT
SmilChr08G000076 Chr08 NC_080394.1:444455-444475promoter 内 3972-3992 bp - 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 444484-446942(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGCTCCTTATCCTTTCTCCT
SmilChr08G000087 Chr08 NC_080394.1:502730-502750promoter 内 3881-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 502850-505776(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGCTCCTTATCCTTTCTCCT
SmilChr07G002137 Chr07 NC_080393.1:19516272-19516292promoter 内 3478-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 19516795-19517657(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAGTTATGGATAAGGTTCCA
SmilChr03G000674 Chr03 NC_080389.1:7542897-7542917promoter 内 3351-3371 bp + 630 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 7540437-7542267(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATCCTTATCTTTTCCCTG