转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 6 / 137 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002879 Chr06 NC_080392.1:41604712-41604726promoter 内 2333-2347 bp - 1654 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 41606380-41609245(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr05G003371 Chr05 NC_080391.1:44600532-44600546promoter 内 2263-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 44593849-44598808(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr05G002979 Chr05 NC_080391.1:36329065-36329079promoter 内 2252-2266 bp + 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 36330814-36332477(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr05G003661 Chr05 NC_080391.1:49335161-49335175promoter 内 2232-2246 bp + 1755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 49329933-49333406(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGGTGACGTGGCC
SmilChr06G001839 Chr06 NC_080392.1:21590266-21590280promoter 内 1963-1977 bp + 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 21592304-21595721(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr08G003466 Chr08 NC_080394.1:37283295-37283309promoter 内 1253-1267 bp + 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 37286043-37287059(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCACCACC
SmilChr03G004406 Chr03 NC_080389.1:62229406-62229420promoter 内 1114-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 62224399-62226533(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr03G004389 Chr03 NC_080389.1:62092807-62092821promoter 内 1113-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 62087818-62089933(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr06G001881 Chr06 NC_080392.1:22408274-22408288promoter 内 673-687 bp + 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 22411602-22415793(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCACCACC
SmilChr08G002459 Chr08 NC_080394.1:23407533-23407547promoter 内 602-616 bp - 3385 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 23410932-23411907(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr02G004178 Chr02 NC_080388.1:64075925-64075939promoter 内 293-307 bp - 3694 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 2 64068322-64072231(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCACCACC
SmilChr08G002280 Chr08 NC_080394.1:21207577-21207591promoter 内 3933-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 21207645-21209397(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAAGGCGACGTGGCA
SmilChr05G003353 Chr05 NC_080391.1:44250975-44250989promoter 内 3927-3941 bp + 60 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 44246554-44250915(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr05G002798 Chr05 NC_080391.1:32781542-32781556promoter 内 3915-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 32740159-32781470(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr03G002227 Chr03 NC_080389.1:35094021-35094035promoter 内 3910-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 35094112-35096951(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr05G002802 Chr05 NC_080391.1:32781542-32781556promoter 内 3741-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 32781802-32785703(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr08G004425 Chr08 NC_080394.1:53943593-53943607promoter 内 3713-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 53941775-53943319(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAAGGTGACGTGGCA
SmilChr02G002642 Chr02 NC_080388.1:45829011-45829025promoter 内 3661-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 45826543-45828685(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGATGACGTGGCG
SmilChr04G001484 Chr04 NC_080390.1:24270269-24270283promoter 内 3093-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 24271177-24288406(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGAGCCCT
SmilChr06G002499 Chr06 NC_080392.1:35879093-35879107promoter 内 2510-2524 bp - 1477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 35875595-35877616(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr01G002719 Chr01 NC_080387.1:45467014-45467028promoter 内 1876-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 45469139-45471381(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGAT
SmilChr08G003534 Chr08 NC_080394.1:37975244-37975258promoter 内 1172-1186 bp + 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 37971773-37972429(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTGGGTGACGTGGCA
SmilChr02G002643 Chr02 NC_080388.1:45829011-45829025promoter 内 844-858 bp + 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 45832168-45832240(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCATCACC
SmilChr02G001288 Chr02 NC_080388.1:23724751-23724765promoter 内 663-677 bp + 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 23720890-23721427(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCTGCTGACGTGGCG
SmilChr05G003223 Chr05 NC_080391.1:41381976-41381990promoter 内 480-494 bp + 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.7/ 100 1 41375646-41378469(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGCTGACGTGGCA
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52508502-52508516promoter 内 2147-2161 bp - 1840 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 52505069-52506662(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCCGT
SmilChr01G003382 Chr01 NC_080387.1:52508502-52508516promoter 内 262-276 bp - 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 4 52512241-52516320(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACGGGTGACGTGGCA
SmilChr02G003916 Chr02 NC_080388.1:61254567-61254581promoter 内 1062-1076 bp - 2925 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 61250076-61251642(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGTCTTC
SmilChr06G000215 Chr06 NC_080392.1:1446928-1446942promoter 内 390-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 1435126-1443331(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGATTC
SmilChr04G002991 Chr04 NC_080390.1:46337270-46337284promoter 内 40-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 2 46341231-46342816(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCATCATC
SmilChr07G002374 Chr07 NC_080393.1:22069167-22069181promoter 内 3766-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 22069402-22070409(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGATTC
SmilChr01G004891 Chr01 NC_080387.1:66979410-66979424promoter 内 3372-3386 bp - 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 66977992-66978795(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGAATT
SmilChr08G000949 Chr08 NC_080394.1:7075769-7075783promoter 内 3232-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 7071809-7075014(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGGTGACGTGGCG
SmilChr04G003130 Chr04 NC_080390.1:47904215-47904229promoter 内 2348-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 47902505-47902576(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGGCGACGTGGCG
SmilChr02G001579 Chr02 NC_080388.1:29474014-29474028promoter 内 2084-2098 bp + 1903 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 29470400-29472111(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GATGGTGACGTGGCC
SmilChr06G002777 Chr06 NC_080392.1:40459775-40459789promoter 内 1866-1880 bp - 2121 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 40456818-40457654(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGATTC
SmilChr02G004999 Chr02 NC_080388.1:71815459-71815473promoter 内 1487-1501 bp - 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 71810471-71812959(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCACCATC
SmilChr04G003129 Chr04 NC_080390.1:47904215-47904229promoter 内 583-597 bp + 3404 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 47897872-47900811(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGGCGACGTGGCG
SmilChr04G003796 Chr04 NC_080390.1:54135652-54135666promoter 内 5-19 bp - 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.6/ 100 1 54139648-54144161(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAATCTGACGTGGCA
SmilChr04G000503 Chr04 NC_080390.1:5502184-5502198promoter 内 1252-1266 bp + 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 2 5495844-5499449(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGGATGACGTGGCA
SmilChr04G004077 Chr04 NC_080390.1:55841957-55841971promoter 内 3842-3856 bp - 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 55842116-55846248(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCTGCTGACGTGGCC
SmilChr06G001394 Chr06 NC_080392.1:14581853-14581867promoter 内 1873-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 14583981-14587757(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGCCCCA
SmilChr02G002129 Chr02 NC_080388.1:38146902-38146916promoter 内 964-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 38142935-38143879(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGGTGACGTGGCG
SmilChr06G001763 Chr06 NC_080392.1:20603342-20603356promoter 内 881-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.5/ 100 1 20598312-20600236(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCTGCTGACGTGGCC
SmilChr06G003104 Chr06 NC_080392.1:43901407-43901421promoter 内 3921-3935 bp + 66 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 43900909-43901341(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGATGACGTGGCA
SmilChr06G003025 Chr06 NC_080392.1:43096188-43096202promoter 内 2164-2178 bp - 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 43092399-43094365(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTT
SmilChr07G000023 Chr07 NC_080393.1:104090-104104promoter 内 1857-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 106234-108520(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAGATGACGTGGCA
SmilChr07G000021 Chr07 NC_080393.1:104090-104104promoter 内 1039-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 100392-101142(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTT
SmilChr03G000333 Chr03 NC_080389.1:3774106-3774120promoter 内 606-620 bp - 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 3777501-3780755(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGATGACGTGGCA
SmilChr02G004783 Chr02 NC_080388.1:70009970-70009984promoter 内 3746-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 70010225-70014037(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTT