转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 6 / 134 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001805 Chr02 NC_080388.1:32896234-32896248promoter 内 3471-3485 bp + 516 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 32892547-32895718(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCTTG
SmilChr01G001361 Chr01 NC_080387.1:26967191-26967205promoter 内 2483-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 26960517-26965687(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCATCTTC
SmilChr03G000618 Chr03 NC_080389.1:6818981-6818995promoter 内 1583-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 6814662-6816577(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATTAT
SmilChr01G001374 Chr01 NC_080387.1:27067671-27067685promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 27061300-27064121(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCACTTTC
SmilChr02G001806 Chr02 NC_080388.1:32896234-32896248promoter 内 328-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 32899907-32904815(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAGATAATGATTAC
SmilChr03G001272 Chr03 NC_080389.1:14829385-14829399promoter 内 3685-3699 bp + 302 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 14829701-14831990(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATACTAATGATTAC
SmilChr02G005266 Chr02 NC_080388.1:73743357-73743371promoter 内 1817-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 73745541-73756597(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATGTAATGATGGC
SmilChr03G000245 Chr03 NC_080389.1:2916889-2916903promoter 内 270-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 2909013-2913172(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAGATAATGATGAG
SmilChr01G001143 Chr01 NC_080387.1:23376549-23376563promoter 内 3590-3604 bp - 397 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 23372046-23376152(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAAGTAATGATTAT
SmilChr03G001118 Chr03 NC_080389.1:12890062-12890076promoter 内 3566-3580 bp + 421 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 12887736-12889641(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGCAGTC
SmilChr03G000619 Chr03 NC_080389.1:6818981-6818995promoter 内 3420-3434 bp - 567 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 6817355-6818414(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATTAT
SmilChr03G001119 Chr03 NC_080389.1:12890062-12890076promoter 内 2696-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 12891367-12901719(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACTGCAATGATTAC
SmilChr02G004152 Chr02 NC_080388.1:63825391-63825405promoter 内 2470-2484 bp + 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 63826922-63832961(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGTATAATGATTAC
SmilChr02G003014 Chr02 NC_080388.1:50825106-50825120promoter 内 2286-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 50826821-50828044(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCTAT
SmilChr03G002905 Chr03 NC_080389.1:45803529-45803543promoter 内 2241-2255 bp + 1746 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 45805289-45808881(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAAGTAATGATTAT
SmilChr02G004150 Chr02 NC_080388.1:63825391-63825405promoter 内 1541-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 63816830-63822945(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATACTT
SmilChr03G002592 Chr03 NC_080389.1:41226540-41226554promoter 内 1193-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 41229348-41233430(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTACTACC
SmilChr01G000764 Chr01 NC_080387.1:16763403-16763417promoter 内 591-605 bp - 3396 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 16766813-16767244(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTACTACC
SmilChr03G000522 Chr03 NC_080389.1:5607516-5607530promoter 内 527-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 5610990-5611799(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATTAT
SmilChr02G001716 Chr02 NC_080388.1:31608513-31608527promoter 内 210-224 bp + 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 31598685-31604736(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATCTTT
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63626201-63626215promoter 内 3978-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63623874-63626192(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATATTT
SmilChr02G000598 Chr02 NC_080388.1:8638889-8638903promoter 内 3945-3959 bp + 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8634748-8638847(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACATAC
SmilChr01G005397 Chr01 NC_080387.1:71235708-71235722promoter 内 3632-3646 bp - 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 71236077-71238633(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCACCTTT
SmilChr03G000521 Chr03 NC_080389.1:5607516-5607530promoter 内 3587-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 5607930-5608882(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATTAT
SmilChr01G001435 Chr01 NC_080387.1:28025941-28025955promoter 内 3569-3583 bp + 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 28023427-28025523(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTATCTAT
SmilChr01G001598 Chr01 NC_080387.1:30130832-30130846promoter 内 3397-3411 bp + 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 30131436-30143890(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATTAT
SmilChr02G004433 Chr02 NC_080388.1:66724306-66724320promoter 内 3030-3044 bp - 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 66725277-66728477(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACATAC
SmilChr01G000926 Chr01 NC_080387.1:19642882-19642896promoter 内 2636-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 19638550-19641531(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAGATGATGATTAC
SmilChr03G002212 Chr03 NC_080389.1:34874050-34874064promoter 内 2293-2307 bp + 1694 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 34871400-34872356(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTAGTATT
SmilChr03G002636 Chr03 NC_080389.1:41945576-41945590promoter 内 1750-1764 bp + 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 41947827-41948911(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAAGTAATGATTAT
SmilChr02G000964 Chr02 NC_080388.1:16856682-16856696promoter 内 1713-1727 bp - 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 16829226-16854408(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTGTAATGATTGT
SmilChr02G001064 Chr02 NC_080388.1:18977972-18977986promoter 内 1534-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 18980439-18981660(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTAGTAATGATTAG
SmilChr03G002211 Chr03 NC_080389.1:34874050-34874064promoter 内 1279-1293 bp + 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 34870296-34871342(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTAGTATT
SmilChr02G005479 Chr02 NC_080388.1:75004439-75004453promoter 内 1219-1233 bp + 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 75007221-75009530(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CAAAGTAATGATTAT
SmilChr02G000599 Chr02 NC_080388.1:8638889-8638903promoter 内 437-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8642453-8644900(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTATGTAATGATTAT
SmilChr02G005142 Chr02 NC_080388.1:72835907-72835921promoter 内 370-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 72830020-72832290(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACCGTT
SmilChr01G004294 Chr01 NC_080387.1:61134738-61134752promoter 内 324-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 61138415-61143048(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCATCTTC
SmilChr01G002283 Chr01 NC_080387.1:39623274-39623288promoter 内 228-242 bp - 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 39613927-39619515(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAGATGATGATTAC
SmilChr01G003088 Chr01 NC_080387.1:49700470-49700484promoter 内 118-132 bp - 3869 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 49704353-49705442(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCCATCATTACATAT
SmilChr01G006099 Chr01 NC_080387.1:76482954-76482968promoter 内 2801-2815 bp + 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 6 76484154-76486020(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTAT
SmilChr01G006100 Chr01 NC_080387.1:76482954-76482968promoter 内 910-924 bp + 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 6 76486045-76487897(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTAT
SmilChr02G003643 Chr02 NC_080388.1:57773638-57773652promoter 内 3741-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 57773898-57775283(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr03G002320 Chr03 NC_080389.1:36557975-36557989promoter 内 1811-1825 bp + 2176 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 4 36553323-36555799(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTT
SmilChr01G002807 Chr01 NC_080387.1:46616092-46616106promoter 内 3562-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 46616531-46620668(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr01G003437 Chr01 NC_080387.1:52982189-52982203promoter 内 3534-3548 bp - 453 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 52977998-52981736(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATGAT
SmilChr03G000690 Chr03 NC_080389.1:7689307-7689321promoter 内 3105-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 7690203-7691284(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAATATAATGATTAT
SmilChr02G004657 Chr02 NC_080388.1:68985784-68985798promoter 内 2825-2839 bp - 1162 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 68983438-68984622(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATGAT
SmilChr03G003043 Chr03 NC_080389.1:47331785-47331799promoter 内 2582-2596 bp + 1405 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 47324922-47330380(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTT
SmilChr02G000534 Chr02 NC_080388.1:7367745-7367759promoter 内 2444-2458 bp + 1543 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 7369302-7370581(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAGGTAATGATGAA
SmilChr01G005693 Chr01 NC_080387.1:73211080-73211094promoter 内 2211-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 3 73205725-73209304(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAAATAATGATTAC