转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 6 / 142 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001194 Chr07 NC_080393.1:9069801-9069815promoter 内 1027-1041 bp - 2960 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 9072775-9073116(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr08G000676 Chr08 NC_080394.1:5021508-5021522promoter 内 884-898 bp - 3103 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 5024625-5028925(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr02G001880 Chr02 NC_080388.1:34126531-34126545promoter 内 864-878 bp + 3123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 34122199-34123408(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGCGGTAGGTGGC
SmilChr06G002073 Chr06 NC_080392.1:27333800-27333814promoter 内 845-859 bp + 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 27336956-27339774(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr05G002595 Chr05 NC_080391.1:29176654-29176668promoter 内 335-349 bp + 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 29180320-29184003(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGCACC
SmilChr08G000152 Chr08 NC_080394.1:995358-995372promoter 内 3889-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 11 995470-995943(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACAACCACCAC
SmilChr01G001960 Chr01 NC_080387.1:34860580-34860594promoter 内 2864-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 34853780-34859457(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G000345 Chr01 NC_080387.1:7040812-7040826promoter 内 1759-1773 bp + 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 7035909-7038584(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr02G000806 Chr02 NC_080388.1:13448529-13448543promoter 内 3117-3131 bp + 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 13449413-13452449(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACAACCACCAC
SmilChr03G002079 Chr03 NC_080389.1:31910574-31910588promoter 内 2642-2656 bp + 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 31911933-31916492(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCACAGA
SmilChr03G001724 Chr03 NC_080389.1:23133763-23133777promoter 内 2633-2647 bp + 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 23135131-23141677(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACAACCACCAC
SmilChr03G002523 Chr03 NC_080389.1:40214160-40214174promoter 内 1893-1907 bp - 2094 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 40216268-40219071(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr06G000193 Chr06 NC_080392.1:1332816-1332830promoter 内 3956-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 1332861-1333806(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr08G000652 Chr08 NC_080394.1:4847485-4847499promoter 内 3823-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 4847663-4851168(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr08G000738 Chr08 NC_080394.1:5469121-5469135promoter 内 3774-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 5469348-5471604(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G003251 Chr01 NC_080387.1:51227737-51227751promoter 内 3736-3750 bp + 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 51223504-51227486(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G001532 Chr01 NC_080387.1:29341304-29341318promoter 内 3635-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 29340528-29340952(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACACT
SmilChr08G004407 Chr08 NC_080394.1:53755340-53755354promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 53755737-53757647(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGCTGGTAGGTGGG
SmilChr04G002458 Chr04 NC_080390.1:39392460-39392474promoter 内 3400-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 39390029-39391873(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACACT
SmilChr03G003937 Chr03 NC_080389.1:58435673-58435687promoter 内 3277-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 58433387-58434963(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G005097 Chr01 NC_080387.1:68799485-68799499promoter 内 3214-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 68800272-68802269(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCAGCCG
SmilChr07G001734 Chr07 NC_080393.1:14735964-14735978promoter 内 3125-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 14732124-14735102(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGGGGTAGGTGGT
SmilChr01G005813 Chr01 NC_080387.1:74137697-74137711promoter 内 3095-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 74130223-74136805(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCAGCCG
SmilChr04G003792 Chr04 NC_080390.1:54092979-54092993promoter 内 2908-2922 bp + 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54089831-54091900(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGGGGTAGGTGTG
SmilChr03G000432 Chr03 NC_080389.1:4681247-4681261promoter 内 2831-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 4682417-4684700(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGGA
SmilChr01G005820 Chr01 NC_080387.1:74205197-74205211promoter 内 2827-2841 bp - 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 74206371-74206963(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGGGGTAGGTGTG
SmilChr07G003463 Chr07 NC_080393.1:38703102-38703116promoter 内 2820-2834 bp - 1167 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 38704283-38711397(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGGA
SmilChr01G002168 Chr01 NC_080387.1:37766446-37766460promoter 内 2644-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 37763587-37765103(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACACT
SmilChr08G002327 Chr08 NC_080394.1:21950910-21950924promoter 内 2602-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 21943961-21949525(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCAGCCG
SmilChr01G005263 Chr01 NC_080387.1:70096625-70096639promoter 内 2523-2537 bp - 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 70098103-70106949(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G005814 Chr01 NC_080387.1:74137697-74137711promoter 内 2480-2494 bp - 1507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 74139218-74141307(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGCTGGTAGGTGGG
SmilChr05G004104 Chr05 NC_080391.1:54905267-54905281promoter 内 2322-2336 bp - 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 54899396-54903602(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACAACCACCAC
SmilChr07G001279 Chr07 NC_080393.1:9839687-9839701promoter 内 2321-2335 bp - 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 9841367-9842270(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGGCTGGTAGGTGGG
SmilChr07G001735 Chr07 NC_080393.1:14735964-14735978promoter 内 2224-2238 bp + 1763 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 14737741-14750976(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCCCC
SmilChr02G004746 Chr02 NC_080388.1:69674421-69674435promoter 内 2052-2066 bp + 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 69666491-69672486(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTGGTGGTTGGTGGA
SmilChr02G001165 Chr02 NC_080388.1:21297784-21297798promoter 内 1635-1649 bp + 2352 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 21300150-21300222(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCCCCCC
SmilChr05G001477 Chr05 NC_080391.1:13552385-13552399promoter 内 1610-1624 bp - 2377 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 13540999-13550008(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCAACAACCACCAC
SmilChr06G000192 Chr06 NC_080392.1:1332816-1332830promoter 内 1505-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 1326955-1330334(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACACT
SmilChr05G000142 Chr05 NC_080391.1:1144218-1144232promoter 内 1357-1371 bp + 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 1146862-1150361(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACACT
SmilChr06G000933 Chr06 NC_080392.1:8862213-8862227promoter 内 1146-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 8855261-8859372(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACACT
SmilChr03G001606 Chr03 NC_080389.1:20413503-20413517promoter 内 637-651 bp + 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 20407165-20410153(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGTTGGA
SmilChr08G000739 Chr08 NC_080394.1:5469121-5469135promoter 内 506-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 5472616-5476520(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000141 Chr05 NC_080391.1:1144218-1144232promoter 内 418-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 1131390-1140649(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGTGGTAGGTGGA
SmilChr02G003439 Chr02 NC_080388.1:55659829-55659843promoter 内 283-297 bp + 3704 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 55663547-55668086(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCACACT
SmilChr08G000339 Chr08 NC_080394.1:2360100-2360114promoter 内 2615-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 2361486-2366407(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCCCAA
SmilChr01G005178 Chr01 NC_080387.1:69515693-69515707promoter 内 3953-3967 bp + 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 69512361-69515659(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACGTGGTAGGTGGA
SmilChr03G000097 Chr03 NC_080389.1:1083684-1083698promoter 内 3848-3862 bp - 139 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1082174-1083545(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCCCAA
SmilChr06G000248 Chr06 NC_080392.1:1646770-1646784promoter 内 2416-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1648355-1650816(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGGTGAG
SmilChr05G003307 Chr05 NC_080391.1:43331214-43331228promoter 内 1924-1938 bp + 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 43333291-43333965(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCCCAA
SmilChr06G000254 Chr06 NC_080392.1:1676779-1676793promoter 内 1697-1711 bp - 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 1679083-1684505(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTGGGTGAG