转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003805; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020790-RA_Salv SmilChr04G003805 MIKC_MADS XP_057805691.1 MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAAAAA

可能结合的靶基因

9567 个结合位点 7291 个候选靶基因 第 6 / 146 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003880 Chr04 NC_080390.1:54656190-54656208promoter 内 3127-3145 bp + 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 54657064-54660847(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr03G004426 Chr03 NC_080389.1:62412695-62412713promoter 内 2999-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 62407789-62411711(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr04G002911 Chr04 NC_080390.1:45343272-45343290promoter 内 2987-3005 bp - 996 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 45344286-45344390(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr07G000696 Chr07 NC_080393.1:4778143-4778161promoter 内 2799-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 4774610-4776959(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr04G002912 Chr04 NC_080390.1:45343272-45343290promoter 内 2658-2676 bp - 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 45344615-45344719(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr08G000410 Chr08 NC_080394.1:2885697-2885715promoter 内 2585-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 2881587-2884299(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr04G002913 Chr04 NC_080390.1:45343272-45343290promoter 内 2352-2370 bp - 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 45344921-45345025(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr08G004431 Chr08 NC_080394.1:54013606-54013624promoter 内 2295-2313 bp - 1688 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 54009874-54011918(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAATAA
SmilChr04G002914 Chr04 NC_080390.1:45343272-45343290promoter 内 2034-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 45345239-45345334(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr02G000660 Chr02 NC_080388.1:10044169-10044187promoter 内 1967-1985 bp + 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 10033605-10042153(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr04G002915 Chr04 NC_080390.1:45343272-45343290promoter 内 1737-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 45345536-45345640(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr08G001971 Chr08 NC_080394.1:17384868-17384886promoter 内 1569-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 17379128-17382454(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr02G001838 Chr02 NC_080388.1:33511234-33511252promoter 内 1129-1147 bp - 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 33501993-33508380(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAATAA
SmilChr04G002909 Chr04 NC_080390.1:45343272-45343290promoter 内 1033-1051 bp - 2950 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 45339572-45340322(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr08G001285 Chr08 NC_080394.1:10239770-10239788promoter 内 886-904 bp + 3097 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 10234528-10236673(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr08G003117 Chr08 NC_080394.1:31422707-31422725promoter 内 732-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 31425976-31429123(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr05G000389 Chr05 NC_080391.1:2925440-2925458promoter 内 339-357 bp + 3644 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 2919259-2921796(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr02G005379 Chr02 NC_080388.1:74468172-74468190promoter 内 3816-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 74461454-74468005(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr03G001152 Chr03 NC_080389.1:13307701-13307719promoter 内 3743-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 13305279-13307461(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr02G005054 Chr02 NC_080388.1:72251313-72251331promoter 内 3720-3738 bp - 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 72251594-72258458(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr04G002618 Chr04 NC_080390.1:41594665-41594683promoter 内 3711-3729 bp + 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 41594955-41600347(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr02G001879 Chr02 NC_080388.1:34102724-34102742promoter 内 3658-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 34103067-34110484(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr02G003744 Chr02 NC_080388.1:59092903-59092921promoter 内 3639-3657 bp - 344 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 59093265-59098414(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr07G003857 Chr07 NC_080393.1:47921927-47921945promoter 内 3599-3617 bp + 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 47922329-47923935(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr03G003833 Chr03 NC_080389.1:57476359-57476377promoter 内 3573-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 57472549-57475949(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr02G001606 Chr02 NC_080388.1:29905285-29905303promoter 内 3510-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 29904162-29904812(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTTCCAAAAAAGGAAATAA
SmilChr07G002723 Chr07 NC_080393.1:26719399-26719417promoter 内 3498-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 26719902-26721853(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr04G003380 Chr04 NC_080390.1:50351127-50351145promoter 内 3476-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 50351652-50351811(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr06G002744 Chr06 NC_080392.1:39846205-39846223promoter 内 3475-3493 bp - 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 39842685-39845697(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62805291-62805309promoter 内 3468-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 62801628-62804776(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr03G003828 Chr03 NC_080389.1:57390420-57390438promoter 内 3337-3355 bp - 646 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 57386801-57389774(-) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr02G001252 Chr02 NC_080388.1:23019764-23019782promoter 内 3227-3245 bp - 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 23020538-23023699(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr01G004501 Chr01 NC_080387.1:63118068-63118086promoter 内 3210-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 63118859-63119747(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 TTGCCAAAAAAGGAAACAT
SmilChr05G003862 Chr05 NC_080391.1:52179489-52179507promoter 内 3073-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 52180417-52182652(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
SmilChr07G001508 Chr07 NC_080393.1:12024319-12024337promoter 内 3038-3056 bp - 945 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 12025282-12028518(+) SMil_00020790-RA_Salv MP00315 ATGTTTCCTTTTTTGGCAA
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