靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00014538-RA_Salv |
SmilChr07G003441 |
NAC | XP_057773618.1 |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 6 / 130 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G004975 |
Chr01 | NC_080387.1:67824341-67824349promoter 内 2031-2039 bp |
+ | 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 67826311-67826811(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G005254 |
Chr02 | NC_080388.1:73664154-73664162promoter 内 2014-2022 bp |
+ | 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 73660139-73662175(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr03G000658 |
Chr03 | NC_080389.1:7343648-7343656promoter 内 2008-2016 bp |
- | 1985 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 7340706-7341663(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G003091 |
Chr01 | NC_080387.1:49722676-49722684promoter 内 2005-2013 bp |
+ | 1988 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 49724672-49735047(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G000274 |
Chr01 | NC_080387.1:5452251-5452259promoter 内 1986-1994 bp |
- | 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 5449121-5450244(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G000769 |
Chr02 | NC_080388.1:12673224-12673232promoter 内 1967-1975 bp |
+ | 2026 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 12669360-12671198(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G000795 |
Chr01 | NC_080387.1:17230022-17230030promoter 内 1958-1966 bp |
- | 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 17225327-17227987(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G003364 |
Chr01 | NC_080387.1:52390002-52390010promoter 内 1943-1951 bp |
+ | 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 52385154-52387952(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G005401 |
Chr02 | NC_080388.1:74564736-74564744promoter 内 1933-1941 bp |
+ | 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 74566804-74569571(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G005412 |
Chr02 | NC_080388.1:74600928-74600936promoter 内 1933-1941 bp |
+ | 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 74602996-74605763(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G001905 |
Chr02 | NC_080388.1:34349576-34349584promoter 内 1913-1921 bp |
+ | 2080 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 34345531-34347496(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G001032 |
Chr01 | NC_080387.1:21479322-21479330promoter 内 1879-1887 bp |
- | 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 21476350-21477208(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G004690 |
Chr02 | NC_080388.1:69236664-69236672promoter 内 1858-1866 bp |
- | 2135 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 69212465-69234529(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr03G000335 |
Chr03 | NC_080389.1:3814283-3814291promoter 内 1819-1827 bp |
+ | 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 3797148-3812109(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr03G000282 |
Chr03 | NC_080389.1:3239287-3239295promoter 内 1743-1751 bp |
+ | 2250 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 3207949-3237037(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G005636 |
Chr01 | NC_080387.1:72800936-72800944promoter 内 1726-1734 bp |
- | 2267 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 72796920-72798669(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr03G000094 |
Chr03 | NC_080389.1:1055266-1055274promoter 内 1684-1692 bp |
+ | 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 1041581-1052957(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G001458 |
Chr02 | NC_080388.1:27267508-27267516promoter 内 1652-1660 bp |
+ | 2341 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 27269857-27271157(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G005506 |
Chr02 | NC_080388.1:75183237-75183245promoter 内 1611-1619 bp |
+ | 2382 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 75185627-75191607(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G000771 |
Chr02 | NC_080388.1:12674492-12674500promoter 内 1583-1591 bp |
+ | 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 12676910-12678427(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G000936 |
Chr01 | NC_080387.1:19834142-19834150promoter 内 1580-1588 bp |
+ | 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 19836563-19837390(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G001711 |
Chr02 | NC_080388.1:31504468-31504476promoter 内 1573-1581 bp |
+ | 2420 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 31506896-31507943(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G001816 |
Chr02 | NC_080388.1:33026732-33026740promoter 内 1503-1511 bp |
- | 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 33020235-33024242(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G005358 |
Chr01 | NC_080387.1:70799269-70799277promoter 内 1462-1470 bp |
+ | 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 70801808-70804098(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G004919 |
Chr01 | NC_080387.1:67274447-67274455promoter 内 1453-1461 bp |
+ | 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 67276995-67278442(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G000701 |
Chr01 | NC_080387.1:15737765-15737773promoter 内 1441-1449 bp |
- | 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 15740325-15742184(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G006181 |
Chr01 | NC_080387.1:77334055-77334063promoter 内 1413-1421 bp |
- | 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 77336643-77337334(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G001383 |
Chr02 | NC_080388.1:26235900-26235908promoter 内 1408-1416 bp |
+ | 2585 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 26190173-26233315(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G005682 |
Chr01 | NC_080387.1:73089706-73089714promoter 内 1390-1398 bp |
- | 2603 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 73086236-73087103(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G003762 |
Chr01 | NC_080387.1:56015832-56015840promoter 内 1377-1385 bp |
+ | 2616 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 56009360-56013216(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G004922 |
Chr01 | NC_080387.1:67301235-67301243promoter 内 1334-1342 bp |
- | 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 67303902-67303973(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr01G001281 |
Chr01 | NC_080387.1:25594109-25594117promoter 内 1329-1337 bp |
- | 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 25596781-25598648(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
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Chr02 | NC_080388.1:40027958-40027966promoter 内 1329-1337 bp |
+ | 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 40022937-40025294(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
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Chr02 | NC_080388.1:16100608-16100616promoter 内 1313-1321 bp |
+ | 2680 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 16103296-16108705(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G002300 |
Chr02 | NC_080388.1:40599293-40599301promoter 内 1308-1316 bp |
+ | 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 40589959-40596608(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
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Chr01 | NC_080387.1:72347163-72347171promoter 内 1195-1203 bp |
+ | 2798 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 72349969-72353145(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
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+ | 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 72128404-72131199(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
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- | 2821 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 62404052-62405183(-) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr02G000125 |
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- | 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 1705286-1708522(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
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- | 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 75679580-75682317(+) |
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MP00108 |
ATTACTTAA |
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SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
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- | 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 72733977-72737706(+) |
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MP00108 |
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SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
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- | 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 63479134-63483294(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
ATTACTTAA |
SmilChr02G004632 |
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+ | 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 68791546-68795838(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
SmilChr01G004540 |
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+ | 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 63546537-63551510(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
MP00108 |
TTAAGTAAT |
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+ | 3013 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 5622396-5628473(+) |
SMil_00014538-RA_Salv |
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TTAAGTAAT |
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+ | 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 3 | 7580826-7586918(-) |
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SmilChr02G000037 |
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