转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 6 / 121 下载 TSV

上一页 6 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003269 Chr03 NC_080389.1:50613491-50613505promoter 内 851-865 bp - 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 50616641-50622504(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATTT
SmilChr02G004505 Chr02 NC_080388.1:67580661-67580675promoter 内 933-947 bp + 3054 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 8 67583729-67588518(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTGGATCTGAT
SmilChr03G003734 Chr03 NC_080389.1:56374943-56374957promoter 内 175-189 bp + 3812 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 56370270-56371131(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAGCA
SmilChr03G000453 Chr03 NC_080389.1:4838670-4838684promoter 内 3683-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 4838988-4839974(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTCTGGATCTGAT
SmilChr03G000509 Chr03 NC_080389.1:5488175-5488189promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5489210-5490217(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATAC
SmilChr03G000983 Chr03 NC_080389.1:11145979-11145993promoter 内 2938-2952 bp - 1049 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 11147042-11148049(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATAC
SmilChr05G000614 Chr05 NC_080391.1:4612618-4612632promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 4613686-4616997(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTCAGATCTGAT
SmilChr03G000984 Chr03 NC_080389.1:11145979-11145993promoter 内 1387-1401 bp - 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 11148593-11149969(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATAC
SmilChr03G000452 Chr03 NC_080389.1:4838670-4838684promoter 内 1302-1316 bp + 2685 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 4831555-4835985(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGACCT
SmilChr03G000510 Chr03 NC_080389.1:5488175-5488189promoter 内 855-869 bp - 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 5491321-5492306(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATAC
SmilChr02G000619 Chr02 NC_080388.1:9067370-9067384promoter 内 3041-3055 bp - 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9068330-9069128(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAAACCC
SmilChr03G001555 Chr03 NC_080389.1:19618518-19618532promoter 内 2494-2508 bp - 1493 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 19620025-19622912(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAAACCC
SmilChr02G001285 Chr02 NC_080388.1:23682983-23682997promoter 内 2134-2148 bp - 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 23679351-23681130(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTTAGATCTGGG
SmilChr02G001286 Chr02 NC_080388.1:23682983-23682997promoter 内 1760-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 23685224-23686315(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAAACCC
SmilChr04G002540 Chr04 NC_080390.1:40665570-40665584promoter 内 1674-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 40667897-40668488(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTTAGATCTGGG
SmilChr02G001284 Chr02 NC_080388.1:23682983-23682997promoter 内 335-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 23677852-23679331(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTTAGATCTGGG
SmilChr02G004043 Chr02 NC_080388.1:62740574-62740588promoter 内 3537-3551 bp - 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 62741038-62747673(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGAAGCC
SmilChr03G003005 Chr03 NC_080389.1:46885254-46885268promoter 内 901-915 bp + 3086 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 46888354-46891150(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTTCAGATCTGGG
SmilChr04G000792 Chr04 NC_080390.1:9788415-9788429promoter 内 228-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 4 9792188-9795654(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTCCAGATCTGGT
SmilChr01G006054 Chr01 NC_080387.1:76020401-76020415promoter 内 3051-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 76021351-76024909(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATTAGATCTGAG
SmilChr05G001065 Chr05 NC_080391.1:8797434-8797448promoter 内 2556-2570 bp + 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 8798879-8803417(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTCCAGATCTGGG
SmilChr02G004072 Chr02 NC_080388.1:63008945-63008959promoter 内 2213-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 63005876-63007171(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGACAT
SmilChr03G001275 Chr03 NC_080389.1:14890521-14890535promoter 内 1821-1835 bp + 2166 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 14892701-14894798(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTCAGATCTGGG
SmilChr05G001063 Chr05 NC_080391.1:8797434-8797448promoter 内 1186-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 8793951-8794633(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGAACA
SmilChr03G002808 Chr03 NC_080389.1:44537386-44537400promoter 内 3412-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 44529863-44536811(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGAAGCC
SmilChr03G001669 Chr03 NC_080389.1:21714839-21714853promoter 内 3336-3350 bp + 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 21712660-21714188(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTAGATCC
SmilChr04G003234 Chr04 NC_080390.1:49163411-49163425promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 49159480-49162708(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACCAGATCTGAA
SmilChr04G003329 Chr04 NC_080390.1:50014430-50014444promoter 内 3284-3298 bp - 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 50010495-50013727(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAACCAGATCTGAA
SmilChr02G001497 Chr02 NC_080388.1:27904439-27904453promoter 内 3050-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 27902189-27903502(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGCT
SmilChr04G003330 Chr04 NC_080390.1:50014430-50014444promoter 内 2264-2278 bp - 1723 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 50016167-50018450(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGTTTT
SmilChr02G001496 Chr02 NC_080388.1:27904439-27904453promoter 内 1688-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 27900496-27902140(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCTGCT
SmilChr04G003235 Chr04 NC_080390.1:49163411-49163425promoter 内 1502-1516 bp - 2485 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 49165910-49168531(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGTTTT
SmilChr02G004787 Chr02 NC_080388.1:70030165-70030179promoter 内 1325-1339 bp - 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 70026246-70027503(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTCCAGATCTGAA
SmilChr01G006053 Chr01 NC_080387.1:76020401-76020415promoter 内 2777-2791 bp + 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 76018001-76019191(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAATTCT
SmilChr03G002637 Chr03 NC_080389.1:41959294-41959308promoter 内 2211-2225 bp + 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 41954121-41957518(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAAATCA
SmilChr02G003319 Chr02 NC_080388.1:54459507-54459521promoter 内 455-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 54453435-54455975(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGCCAGATCTGAG
SmilChr01G002979 Chr01 NC_080387.1:48726191-48726205promoter 内 389-403 bp - 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 48729803-48734111(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATGC
SmilChr01G001929 Chr01 NC_080387.1:34455709-34455723promoter 内 3813-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 8 34455897-34457066(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGAATTC
SmilChr01G002288 Chr01 NC_080387.1:39683790-39683804promoter 内 2199-2213 bp + 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 5 39675208-39682002(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTGGATCC
SmilChr04G000284 Chr04 NC_080390.1:2606172-2606186promoter 内 1090-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 4 2595443-2603275(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGTTCAGATCTGAA
SmilChr01G005768 Chr01 NC_080387.1:73763322-73763336promoter 内 1523-1537 bp + 2464 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 73759549-73760858(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCGGTCTC
SmilChr03G002404 Chr03 NC_080389.1:38129583-38129597promoter 内 2833-2847 bp + 1154 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 38126882-38128429(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTGGCTTT
SmilChr04G001476 Chr04 NC_080390.1:24205051-24205065promoter 内 1767-1781 bp + 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 24201367-24202831(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGTACCC
SmilChr02G004496 Chr02 NC_080388.1:67453472-67453486promoter 内 1258-1272 bp + 2729 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 67456215-67458614(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTGGA
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SmilChr01G001987 Chr01 NC_080387.1:35300654-35300668promoter 内 2667-2681 bp - 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 35294455-35299334(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATATAGATCTGAG
SmilChr01G001832 Chr01 NC_080387.1:33273721-33273735promoter 内 2011-2025 bp - 1976 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 33275711-33280501(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGATGC
SmilChr02G002624 Chr02 NC_080388.1:45564977-45564991promoter 内 1851-1865 bp - 2136 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45558756-45562841(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATCTAGATCCGGG
SmilChr04G000695 Chr04 NC_080390.1:8132152-8132166promoter 内 1128-1142 bp + 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8127825-8129293(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGAATC
SmilChr04G003756 Chr04 NC_080390.1:53831730-53831744promoter 内 855-869 bp - 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 53827652-53828598(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTCGGATCTGAA