转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005298; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002362-RA_Salv SmilChr01G005298 ARR-B XP_057788621.1 MP00010 AAAGATACGG

可能结合的靶基因

9778 个结合位点 8344 个候选靶基因 第 61 / 167 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000267 Chr04 NC_080390.1:2430132-2430141promoter 内 3928-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2426574-2430068(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2677503-2677512promoter 内 3884-3893 bp + 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2675180-2677395(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr02G002752 Chr02 NC_080388.1:47545131-47545140promoter 内 3878-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47542130-47545017(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr08G000908 Chr08 NC_080394.1:6714019-6714028promoter 内 3877-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 6714143-6715141(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr03G004148 Chr03 NC_080389.1:60304486-60304495promoter 内 3855-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 60297213-60304349(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CCGTATCTCG
SmilChr07G004001 Chr07 NC_080393.1:51080124-51080133promoter 内 3848-3857 bp + 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 51078017-51079980(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr02G004582 Chr02 NC_080388.1:68304506-68304515promoter 内 3820-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68304687-68310878(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr03G000813 Chr03 NC_080389.1:9305509-9305518promoter 内 3800-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 9305710-9308869(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr02G003938 Chr02 NC_080388.1:61485931-61485940promoter 内 3766-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 61486166-61488919(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr07G003522 Chr07 NC_080393.1:40377368-40377377promoter 内 3756-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 40377613-40378152(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr08G000123 Chr08 NC_080394.1:778765-778774promoter 内 3755-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 774580-778528(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr03G003722 Chr03 NC_080389.1:56241307-56241316promoter 内 3742-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56241566-56245128(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr04G000080 Chr04 NC_080390.1:721747-721756promoter 内 3727-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 722021-725426(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr02G004589 Chr02 NC_080388.1:68380094-68380103promoter 内 3726-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68377213-68379828(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr08G001291 Chr08 NC_080394.1:10280862-10280871promoter 内 3723-3732 bp - 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10276125-10280593(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr04G002744 Chr04 NC_080390.1:43099270-43099279promoter 内 3711-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 43095427-43098989(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr01G002022 Chr01 NC_080387.1:35780232-35780241promoter 内 3703-3712 bp + 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 35780530-35792602(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CGAGATACGG
SmilChr03G004632 Chr03 NC_080389.1:63956388-63956397promoter 内 3667-3676 bp - 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63956722-63961101(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr01G002101 Chr01 NC_080387.1:37049483-37049492promoter 内 3666-3675 bp + 326 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 37049818-37054190(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr05G002163 Chr05 NC_080391.1:22886288-22886297promoter 内 3659-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 22886630-22889104(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr08G002321 Chr08 NC_080394.1:21864206-21864215promoter 内 3641-3650 bp + 351 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 21864566-21871082(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr03G004222 Chr03 NC_080389.1:60782914-60782923promoter 内 3583-3592 bp - 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 60783332-60786462(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr01G005589 Chr01 NC_080387.1:72560065-72560074promoter 内 3537-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72558686-72559610(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr01G002282 Chr01 NC_080387.1:39609292-39609301promoter 内 3519-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 39607158-39608819(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr01G000636 Chr01 NC_080387.1:14293987-14293996promoter 内 3513-3522 bp - 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 14292807-14293508(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr03G004631 Chr03 NC_080389.1:63956388-63956397promoter 内 3486-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 63952085-63955882(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr08G000124 Chr08 NC_080394.1:778765-778774promoter 内 3467-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 779299-781278(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr02G003282 Chr02 NC_080388.1:54134913-54134922promoter 内 3435-3444 bp + 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54133913-54134356(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr01G003629 Chr01 NC_080387.1:54824883-54824892promoter 内 3395-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54821593-54824286(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr08G003553 Chr08 NC_080394.1:38164086-38164095promoter 内 3373-3382 bp + 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38164714-38168442(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr04G003450 Chr04 NC_080390.1:50996598-50996607promoter 内 3365-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 50994832-50995971(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CGAGATACGG
SmilChr05G002582 Chr05 NC_080391.1:29041708-29041717promoter 内 3290-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29038133-29041006(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 ACGTATCTTT
SmilChr02G004334 Chr02 NC_080388.1:65603204-65603213promoter 内 3281-3290 bp - 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 65603924-65606997(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 TCGTATCTTG
SmilChr07G004273 Chr07 NC_080393.1:55172555-55172564promoter 内 3269-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 55173287-55174136(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
SmilChr01G005676 Chr01 NC_080387.1:73044746-73044755promoter 内 3264-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 73045483-73045929(+) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 CAAGATACGA
SmilChr01G005582 Chr01 NC_080387.1:72524862-72524871promoter 内 3225-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72523486-72524095(-) SMil_00002362-RA_Salv MP00010 AAAGATACGT
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