转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 62 / 148 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003382 Chr05 NC_080391.1:44799162-44799175promoter 内 252-265 bp + 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 44802911-44805925(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGCAATCCACGTGG
SmilChr02G000744 Chr02 NC_080388.1:12044757-12044770promoter 内 59-72 bp - 3929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12037994-12040828(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCGTTTCACGTGT
SmilChr04G002382 Chr04 NC_080390.1:38372426-38372439promoter 内 49-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38365688-38368487(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTTCGGACACGTGG
SmilChr04G003379 Chr04 NC_080390.1:50346943-50346956promoter 内 21-34 bp - 3967 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 50330508-50342976(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGCTGACACGTGG
SmilChr06G001935 Chr06 NC_080392.1:23554172-23554185promoter 内 675-688 bp - 3313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 23557498-23560563(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr02G003732 Chr02 NC_080388.1:58966746-58966759promoter 内 233-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 58960737-58962991(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGACCAC
SmilChr03G000573 Chr03 NC_080389.1:6235390-6235403promoter 内 1927-1940 bp - 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 6232208-6233329(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAAAGCCACGTGG
SmilChr05G001538 Chr05 NC_080391.1:14077723-14077736promoter 内 1625-1638 bp + 2363 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 14073817-14075360(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr08G000994 Chr08 NC_080394.1:7453590-7453603promoter 内 1312-1325 bp - 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 7447595-7450914(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCAATACACGTGG
SmilChr03G000572 Chr03 NC_080389.1:6235390-6235403promoter 内 618-631 bp - 3370 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 6229919-6232020(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CAAAAGCCACGTGG
SmilChr07G004010 Chr07 NC_080393.1:51150127-51150140promoter 内 24-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 51131513-51146163(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr01G003663 Chr01 NC_080387.1:55056976-55056989promoter 内 3931-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55057046-55061669(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CACTGGCCACGTGG
SmilChr01G005635 Chr01 NC_080387.1:72787760-72787773promoter 内 3931-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 72787830-72791416(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCACATG
SmilChr01G005334 Chr01 NC_080387.1:70544531-70544544promoter 内 3546-3559 bp + 442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 70542168-70544089(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGACCACG
SmilChr03G001771 Chr03 NC_080389.1:24174556-24174569promoter 内 3469-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 24175088-24176313(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr04G004026 Chr04 NC_080390.1:55516657-55516670promoter 内 3447-3460 bp - 541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55517211-55520766(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGTTTTC
SmilChr02G002671 Chr02 NC_080388.1:46288886-46288899promoter 内 3149-3162 bp - 839 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 46289738-46291631(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr04G003691 Chr04 NC_080390.1:53306870-53306883promoter 内 2965-2978 bp - 1023 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 53298624-53305847(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATTCGCCACGTGG
SmilChr03G002157 Chr03 NC_080389.1:33575328-33575341promoter 内 2930-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 33566471-33574270(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGTCCAC
SmilChr02G003708 Chr02 NC_080388.1:58637794-58637807promoter 内 2904-2917 bp + 1084 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 58634544-58636710(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCATATT
SmilChr01G002911 Chr01 NC_080387.1:47835859-47835872promoter 内 2830-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 47832517-47834701(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATTCGCCACGTGG
SmilChr06G002829 Chr06 NC_080392.1:41065750-41065763promoter 内 2759-2772 bp - 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 41066992-41069493(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTATTGAC
SmilChr01G005578 Chr01 NC_080387.1:72508484-72508497promoter 内 2643-2656 bp + 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 72509842-72511262(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GTCAATACACGTGG
SmilChr01G004646 Chr01 NC_080387.1:64520573-64520586promoter 内 2604-2617 bp + 1384 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 64517654-64519189(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr01G005508 Chr01 NC_080387.1:71938076-71938089promoter 内 2540-2553 bp + 1448 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 71939537-71944581(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTCTGCCACGTGG
SmilChr01G004482 Chr01 NC_080387.1:62947963-62947976promoter 内 2476-2489 bp - 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 62949488-62953834(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACTACTC
SmilChr08G001421 Chr08 NC_080394.1:11371439-11371452promoter 内 2456-2469 bp + 1532 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 11366918-11369907(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACTTAAC
SmilChr04G002019 Chr04 NC_080390.1:32766225-32766238promoter 内 2444-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 32761675-32764681(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAGATCCT
SmilChr05G001142 Chr05 NC_080391.1:9815133-9815146promoter 内 2387-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 9547274-9813532(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr03G001772 Chr03 NC_080389.1:24174556-24174569promoter 内 2202-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 24176355-24177375(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr03G000969 Chr03 NC_080389.1:10990048-10990061promoter 内 2164-2177 bp - 1824 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 10987058-10988224(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TTCACCTCACGTGC
SmilChr07G001965 Chr07 NC_080393.1:17177944-17177957promoter 内 2122-2135 bp - 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 17179823-17179904(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
SmilChr04G001838 Chr04 NC_080390.1:29922016-29922029promoter 内 2093-2106 bp + 1895 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 29923924-29926040(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGGCGAGCACGTGG
SmilChr04G000038 Chr04 NC_080390.1:359540-359553promoter 内 2019-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 361522-363400(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACAATCA
SmilChr03G002860 Chr03 NC_080389.1:45203115-45203128promoter 内 1714-1727 bp + 2274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 45197546-45200841(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCCATAA
SmilChr04G000472 Chr04 NC_080390.1:5036618-5036631promoter 内 1609-1622 bp + 2379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 5030402-5034239(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGAATC
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