转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 62 / 134 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001637 Chr02 NC_080388.1:30375960-30375974promoter 内 2361-2375 bp - 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 30377600-30380213(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTGCAATC
SmilChr01G001590 Chr01 NC_080387.1:29919040-29919054promoter 内 2348-2362 bp + 1639 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 29920693-29923607(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGGTTAATGATGAT
SmilChr02G002841 Chr02 NC_080388.1:48541272-48541286promoter 内 2324-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48537649-48539609(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTTCTTCA
SmilChr02G004877 Chr02 NC_080388.1:70853958-70853972promoter 内 2300-2314 bp - 1687 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 70842455-70852271(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACTGCTAATGATGAA
SmilChr02G005413 Chr02 NC_080388.1:74610300-74610314promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74606590-74608600(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATATTA
SmilChr01G006172 Chr01 NC_080387.1:77238100-77238114promoter 内 2128-2142 bp - 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 77239973-77247195(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATCATATTA
SmilChr01G004237 Chr01 NC_080387.1:60711496-60711510promoter 内 2050-2064 bp + 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60709018-60709559(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATTTGG
SmilChr03G001735 Chr03 NC_080389.1:23321255-23321269promoter 内 1976-1990 bp - 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 23323280-23324585(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTGCAATC
SmilChr03G002103 Chr03 NC_080389.1:32587531-32587545promoter 内 1970-1984 bp + 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 32589562-32593681(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TACTATAATGATTAA
SmilChr02G005335 Chr02 NC_080388.1:74195415-74195429promoter 内 1963-1977 bp - 2024 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74191286-74193391(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGGCGATGATTAT
SmilChr03G002126 Chr03 NC_080389.1:33113641-33113655promoter 内 1897-1911 bp - 2090 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33115745-33116689(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATTCAA
SmilChr01G002914 Chr01 NC_080387.1:47870362-47870376promoter 内 1757-1771 bp + 2230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 47865928-47868132(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTGCAATC
SmilChr01G002574 Chr01 NC_080387.1:43828648-43828662promoter 内 1755-1769 bp + 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43821872-43826416(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTATATGT
SmilChr02G002302 Chr02 NC_080388.1:40614082-40614096promoter 内 1688-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40607092-40611783(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATGAAATGATTAG
SmilChr01G002639 Chr01 NC_080387.1:44679053-44679067promoter 内 1668-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 44675989-44676734(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTATTTTC
SmilChr03G002888 Chr03 NC_080389.1:45547691-45547705promoter 内 1597-1611 bp - 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45550095-45553642(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTGCAATC
SmilChr01G004236 Chr01 NC_080387.1:60711496-60711510promoter 内 1596-1610 bp + 2391 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60708292-60709105(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATTTGG
SmilChr03G000984 Chr03 NC_080389.1:11146093-11146107promoter 内 1501-1515 bp + 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 11148593-11149969(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGAAATAATGATTGT
SmilChr03G000012 Chr03 NC_080389.1:111096-111110promoter 内 1375-1389 bp - 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 113722-128260(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTATGGTT
SmilChr01G005108 Chr01 NC_080387.1:68862757-68862771promoter 内 1216-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 68865542-68866791(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAACTTT
SmilChr03G000510 Chr03 NC_080389.1:5488289-5488303promoter 内 969-983 bp + 3018 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5491321-5492306(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CGAAATAATGATTGT
SmilChr01G004043 Chr01 NC_080387.1:58839279-58839293promoter 内 947-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 58842333-58846746(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAACTTT
SmilChr02G004257 Chr02 NC_080388.1:64779997-64780011promoter 内 851-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 64783147-64783219(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CACAATAATGATGAA
SmilChr02G003577 Chr02 NC_080388.1:56943508-56943522promoter 内 808-822 bp + 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56939348-56940329(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTGCAATC
SmilChr03G001673 Chr03 NC_080389.1:21881914-21881928promoter 内 768-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21877229-21878695(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTAAAATG
SmilChr01G004235 Chr01 NC_080387.1:60711496-60711510promoter 内 573-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60707062-60708082(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATTTGG
SmilChr02G003182 Chr02 NC_080388.1:52986742-52986756promoter 内 566-580 bp - 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52980938-52983321(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAACCAATGATTAC
SmilChr01G002072 Chr01 NC_080387.1:36625136-36625150promoter 内 552-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 36628585-36629689(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATCCAC
SmilChr02G000946 Chr02 NC_080388.1:16478227-16478241promoter 内 552-566 bp - 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 16481676-16483898(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATATAA
SmilChr01G005322 Chr01 NC_080387.1:70448618-70448632promoter 内 506-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 70442007-70445137(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAGCTAATGATGGG
SmilChr01G002479 Chr01 NC_080387.1:42533344-42533358promoter 内 500-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 42529408-42529857(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTTGATAATGATTGT
SmilChr01G000427 Chr01 NC_080387.1:8558054-8558068promoter 内 383-397 bp + 3604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8561672-8563144(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTTTGCAATGATTAA
SmilChr02G003271 Chr02 NC_080388.1:53981794-53981808promoter 内 312-326 bp + 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53975839-53978119(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATAGTA
SmilChr03G001289 Chr03 NC_080389.1:15112406-15112420promoter 内 201-215 bp - 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 15116206-15119938(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GAAATCATTGCAATC
SmilChr03G001549 Chr03 NC_080389.1:19542947-19542961promoter 内 185-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 19536479-19539145(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTGCAATGATTTC
SmilChr02G004986 Chr02 NC_080388.1:71734353-71734367promoter 内 173-187 bp - 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 71738181-71743056(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTTCATTT
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SmilChr03G001453 Chr03 NC_080389.1:17355580-17355594promoter 内 2933-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 17356648-17361096(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATAATTAA
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SmilChr02G004815 Chr02 NC_080388.1:70303155-70303169promoter 内 3721-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 70301268-70302889(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGGGTAATGATAAT
SmilChr02G004816 Chr02 NC_080388.1:70309151-70309165promoter 内 3721-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 70305970-70308885(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTAATTTC
SmilChr02G004987 Chr02 NC_080388.1:71746460-71746474promoter 内 2831-2845 bp - 1156 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 71747630-71751236(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATATCA
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SmilChr02G002787 Chr02 NC_080388.1:47940618-47940632promoter 内 3652-3666 bp - 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 47940967-47944805(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTATATAT
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