转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003761; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009735-RA_Salv SmilChr03G003761 WRKY XP_057798625.1 MP00525 AAAGTCAACGC

可能结合的靶基因

9838 个结合位点 7235 个候选靶基因 第 64 / 145 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003333 Chr02 NC_080388.1:54577792-54577802promoter 内 1578-1588 bp + 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54573091-54575379(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTG
SmilChr04G002012 Chr04 NC_080390.1:32665439-32665449promoter 内 1538-1548 bp + 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 32667902-32669430(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACCT
SmilChr02G003082 Chr02 NC_080388.1:51744515-51744525promoter 内 1521-1531 bp - 2470 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51741973-51742045(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCAGTCAACGG
SmilChr01G005066 Chr01 NC_080387.1:68558908-68558918promoter 内 1510-1520 bp + 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 68550983-68556427(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTTA
SmilChr04G002625 Chr04 NC_080390.1:41652877-41652887promoter 内 1468-1478 bp + 2523 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 41646222-41650354(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTTA
SmilChr02G003835 Chr02 NC_080388.1:60044027-60044037promoter 内 1462-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 60033926-60041498(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCGTTGACCAA
SmilChr04G003200 Chr04 NC_080390.1:48847962-48847972promoter 内 1447-1457 bp + 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 48843856-48845418(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTG
SmilChr04G001160 Chr04 NC_080390.1:17167308-17167318promoter 内 1441-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 17161589-17164758(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTGA
SmilChr03G003564 Chr03 NC_080389.1:54291563-54291573promoter 内 1429-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54284146-54289001(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCAGTCAACGG
SmilChr03G000510 Chr03 NC_080389.1:5488738-5488748promoter 内 1418-1428 bp + 2573 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5491321-5492306(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACAC
SmilChr02G004460 Chr02 NC_080388.1:67034578-67034588promoter 内 1287-1297 bp - 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 67024212-67031874(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACGA
SmilChr02G003058 Chr02 NC_080388.1:51375749-51375759promoter 内 1285-1295 bp - 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51370610-51373043(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCAGTCAACGA
SmilChr02G002255 Chr02 NC_080388.1:39979185-39979195promoter 内 1244-1254 bp - 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 39981942-39983388(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTTA
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46281491-46281501promoter 内 1237-1247 bp - 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 46272630-46278737(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACCT
SmilChr04G002669 Chr04 NC_080390.1:42077405-42077415promoter 内 1200-1210 bp + 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 42070498-42074614(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 AGGTTGACTTA
SmilChr02G000095 Chr02 NC_080388.1:1242662-1242672promoter 内 1151-1161 bp + 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1236911-1239822(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTG
SmilChr01G004746 Chr01 NC_080387.1:65636296-65636306promoter 内 1142-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 65631238-65633447(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACAC
SmilChr02G004575 Chr02 NC_080388.1:68248162-68248172promoter 内 1126-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 68251037-68253803(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GAGTTGACTCC
SmilChr03G000938 Chr03 NC_080389.1:10670172-10670182promoter 内 1102-1112 bp + 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 10673071-10674949(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACAC
SmilChr02G001459 Chr02 NC_080388.1:27289977-27289987promoter 内 1088-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 27292890-27294003(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CAAGTCAACAG
SmilChr02G000201 Chr02 NC_080388.1:2583475-2583485promoter 内 1020-1030 bp + 2971 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2586456-2586910(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCAGTCAACGG
SmilChr02G000200 Chr02 NC_080388.1:2583475-2583485promoter 内 994-1004 bp + 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2578649-2580478(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTGA
SmilChr01G002218 Chr01 NC_080387.1:38505320-38505330promoter 内 946-956 bp - 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38501470-38502275(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACCT
SmilChr01G004747 Chr01 NC_080387.1:65636296-65636306promoter 内 911-921 bp - 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 65639386-65639457(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGTTGACTTA
SmilChr02G000206 Chr02 NC_080388.1:2687532-2687542promoter 内 872-882 bp + 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2690661-2692657(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CAAGTCAACAG
SmilChr03G002428 Chr03 NC_080389.1:38568185-38568195promoter 内 864-874 bp + 3127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38571322-38574246(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCAGTCAACGG
SmilChr02G003907 Chr02 NC_080388.1:61123972-61123982promoter 内 853-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 61127120-61129344(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TCGTTGACTGC
SmilChr03G001140 Chr03 NC_080389.1:13138764-13138774promoter 内 829-839 bp + 3162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 13130690-13135602(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACCAG
SmilChr02G001851 Chr02 NC_080388.1:33734736-33734746promoter 内 807-817 bp - 3184 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33737930-33738989(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTGA
SmilChr01G002233 Chr01 NC_080387.1:38811485-38811495promoter 内 800-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 38807842-38808294(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 TAAGTCAACCT
SmilChr01G001882 Chr01 NC_080387.1:33839890-33839900promoter 内 798-808 bp - 3193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33843093-33844067(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CTGTTGACTTG
SmilChr01G000735 Chr01 NC_080387.1:16310853-16310863promoter 内 783-793 bp + 3208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16307539-16307645(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 ACGTTGACTAA
SmilChr03G001421 Chr03 NC_080389.1:16829347-16829357promoter 内 758-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16832590-16834140(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTGA
SmilChr04G001371 Chr04 NC_080390.1:22273201-22273211promoter 内 708-718 bp + 3283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 22251609-22269918(-) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GCGTTGACCGC
SmilChr02G005126 Chr02 NC_080388.1:72730628-72730638promoter 内 697-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 72733932-72743060(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 GTGTTGACTTA
SmilChr02G003084 Chr02 NC_080388.1:51744515-51744525promoter 内 684-694 bp - 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51747832-51748908(+) SMil_00009735-RA_Salv MP00525 CCGTTGACTGA
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