转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 66 / 128 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002130 Chr06 NC_080392.1:28680283-28680297promoter 内 683-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 28683601-28693402(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACGGCCACCGCCT
SmilChr01G003038 Chr01 NC_080387.1:49373018-49373032promoter 内 569-583 bp - 3418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 49376450-49380940(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGCGGAGGTGC
SmilChr06G002671 Chr06 NC_080392.1:38620117-38620131promoter 内 3434-3448 bp + 553 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 38614350-38619564(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr06G002968 Chr06 NC_080392.1:42509080-42509094promoter 内 3276-3290 bp - 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 42509805-42513346(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr06G001991 Chr06 NC_080392.1:25320808-25320822promoter 内 3109-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 25315027-25319930(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGCCGT
SmilChr08G001576 Chr08 NC_080394.1:12979824-12979838promoter 内 2952-2966 bp + 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 12976867-12978789(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATAG
SmilChr01G003036 Chr01 NC_080387.1:49373018-49373032promoter 内 2830-2844 bp - 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 49374189-49376325(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGCGGAGGTGC
SmilChr04G003049 Chr04 NC_080390.1:47037530-47037544promoter 内 2704-2718 bp - 1283 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 47038827-47043832(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr07G000891 Chr07 NC_080393.1:6385065-6385079promoter 内 2575-2589 bp + 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 6386491-6391552(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCTCCACCGCCC
SmilChr04G003166 Chr04 NC_080390.1:48273697-48273711promoter 内 2572-2586 bp + 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 48267411-48272282(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr01G000873 Chr01 NC_080387.1:18607410-18607424promoter 内 2317-2331 bp - 1670 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 18604931-18605740(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGAGCCACCGCCT
SmilChr01G000870 Chr01 NC_080387.1:18571079-18571093promoter 内 2239-2253 bp - 1748 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 18567168-18569331(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGAGCCACCGCCT
SmilChr03G003547 Chr03 NC_080389.1:54102293-54102307promoter 内 2193-2207 bp - 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 54104101-54106399(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGTCAG
SmilChr07G002730 Chr07 NC_080393.1:26748141-26748155promoter 内 2114-2128 bp - 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 26750028-26750577(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGACGGTGGAGGCCG
SmilChr07G000298 Chr07 NC_080393.1:1962312-1962326promoter 内 1782-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 1964531-1966297(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr03G003546 Chr03 NC_080389.1:54102293-54102307promoter 内 1660-1674 bp - 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 54095789-54099966(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGACTCCACCGCCG
SmilChr04G000673 Chr04 NC_080390.1:7629900-7629914promoter 内 1449-1463 bp + 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 7632452-7633045(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGGCTCCACCGCCT
SmilChr06G001182 Chr06 NC_080392.1:12019726-12019740promoter 内 1308-1322 bp - 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 12014431-12017047(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr06G002701 Chr06 NC_080392.1:38963643-38963657promoter 内 895-909 bp - 3092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 38956630-38960551(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCGCCGTCACCGCCG
SmilChr07G002728 Chr07 NC_080393.1:26748141-26748155promoter 内 808-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 26742323-26744962(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCTCCACCGTCT
SmilChr07G000297 Chr07 NC_080393.1:1962188-1962202promoter 内 791-805 bp + 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 1955468-1958992(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr05G000700 Chr05 NC_080391.1:5283504-5283518promoter 内 763-777 bp + 3224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 5275291-5280280(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCAGGGT
SmilChr07G001105 Chr07 NC_080393.1:8159032-8159046promoter 内 442-456 bp - 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 8162591-8170793(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATAG
SmilChr06G001940 Chr06 NC_080392.1:23805511-23805525promoter 内 413-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 23809099-23812672(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGGCACCACCGCCT
SmilChr04G000672 Chr04 NC_080390.1:7629900-7629914promoter 内 201-215 bp + 3786 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 7621166-7626114(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGCCGT
SmilChr07G001481 Chr07 NC_080393.1:11652154-11652168promoter 内 3812-3826 bp + 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 11650800-11651979(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGCTGG
SmilChr06G000356 Chr06 NC_080392.1:2723676-2723690promoter 内 3745-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2723932-2729269(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTAGA
SmilChr06G000381 Chr06 NC_080392.1:3008034-3008048promoter 内 3645-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 3008390-3013696(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGTAGA
SmilChr02G001499 Chr02 NC_080388.1:28037402-28037416promoter 内 3592-3606 bp - 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 28037811-28041256(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAAATGG
SmilChr07G001482 Chr07 NC_080393.1:11657511-11657525promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 11656157-11657003(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGCTGG
SmilChr07G000544 Chr07 NC_080393.1:3749567-3749581promoter 内 3319-3333 bp + 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 3746533-3748899(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AAGCGGTGGAGGCGT
SmilChr03G001639 Chr03 NC_080389.1:21148677-21148691promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 21149478-21151086(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCCGCAACCGCCA
SmilChr02G004115 Chr02 NC_080388.1:63457771-63457785promoter 内 3145-3159 bp - 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 63455483-63456929(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GATCCTCCACCGCCG
SmilChr06G001922 Chr06 NC_080392.1:23253493-23253507promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 23254394-23256098(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCCTCCACCGTCT
SmilChr08G003348 Chr08 NC_080394.1:34867555-34867569promoter 内 3001-3015 bp - 986 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34868555-34869785(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr06G000688 Chr06 NC_080392.1:6083934-6083948promoter 内 2969-2983 bp + 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6084966-6085576(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGCCTCCACCGCTT
SmilChr08G000066 Chr08 NC_080394.1:378955-378969promoter 内 2948-2962 bp - 1039 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 375894-377916(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACCCCCACCGCCA
SmilChr05G003359 Chr05 NC_080391.1:44388326-44388340promoter 内 2857-2871 bp + 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 44377286-44387196(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr02G002189 Chr02 NC_080388.1:39082127-39082141promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 39083388-39087574(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr05G001100 Chr05 NC_080391.1:9155162-9155176promoter 内 2616-2630 bp + 1371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 9156547-9156885(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCTG
SmilChr01G004266 Chr01 NC_080387.1:60917320-60917334promoter 内 2505-2519 bp - 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 60918816-60919703(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATAG
SmilChr07G001387 Chr07 NC_080393.1:10763569-10763583promoter 内 2403-2417 bp - 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 10765167-10767301(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGAAAG
SmilChr05G000803 Chr05 NC_080391.1:6281128-6281142promoter 内 2323-2337 bp - 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6282806-6285049(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGTGA
SmilChr08G003032 Chr08 NC_080394.1:30484015-30484029promoter 内 2322-2336 bp + 1665 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 30481635-30482350(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGATAG
SmilChr08G000979 Chr08 NC_080394.1:7350395-7350409promoter 内 2276-2290 bp + 1711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7345181-7348684(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCTGC
SmilChr01G004952 Chr01 NC_080387.1:67597899-67597913promoter 内 2030-2044 bp - 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 67594530-67595942(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr01G006197 Chr01 NC_080387.1:77650088-77650102promoter 内 2004-2018 bp + 1983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 77645546-77648105(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGAGGAAG
SmilChr05G003326 Chr05 NC_080391.1:43624108-43624122promoter 内 1762-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 43626347-43628769(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGGAAG
SmilChr02G005263 Chr02 NC_080388.1:73725298-73725312promoter 内 1685-1699 bp - 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73718345-73722996(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCACCACCACCGCCC
SmilChr03G003723 Chr03 NC_080389.1:56253249-56253263promoter 内 1633-1647 bp + 2354 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56248694-56250895(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGTGGTGGTGG