转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 66 / 123 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003502 Chr05 NC_080391.1:46678517-46678531promoter 内 2653-2667 bp - 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 4 46679865-46686703(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCCAAC
SmilChr07G003089 Chr07 NC_080393.1:32623739-32623753promoter 内 2006-2020 bp - 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 32615688-32621758(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCGTCGTCGGTGAT
SmilChr03G002123 Chr03 NC_080389.1:33009322-33009336promoter 内 3928-3942 bp + 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 33009395-33015750(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCAGCGACGGTGGT
SmilChr02G002726 Chr02 NC_080388.1:47169513-47169527promoter 内 3718-3732 bp - 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 47166173-47169244(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTGTGTCGGTGTG
SmilChr05G003763 Chr05 NC_080391.1:50918923-50918937promoter 内 3028-3042 bp + 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 50919896-50920611(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTGTGTCGGTGTG
SmilChr05G003773 Chr05 NC_080391.1:51096907-51096921promoter 内 2959-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 51097949-51098654(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTGTGTCGGTGTG
SmilChr03G002137 Chr03 NC_080389.1:33280245-33280259promoter 内 2706-2720 bp + 1281 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 33276009-33278964(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCGTGTC
SmilChr03G003215 Chr03 NC_080389.1:49795708-49795722promoter 内 2705-2719 bp + 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 49791093-49794426(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCGTGTC
SmilChr08G002009 Chr08 NC_080394.1:17852313-17852327promoter 内 1973-1987 bp + 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 17854341-17855799(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACGACGTCGGTGAG
SmilChr01G001346 Chr01 NC_080387.1:26720162-26720176promoter 内 1853-1867 bp + 2134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 26722310-26731562(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCAGCGTCGGTGAT
SmilChr04G002279 Chr04 NC_080390.1:37032963-37032977promoter 内 1603-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 37035361-37036575(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTTCTTGTCGGCGGC
SmilChr02G002442 Chr02 NC_080388.1:42663336-42663350promoter 内 1429-1443 bp - 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 42658474-42660778(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGCGACGGTGGT
SmilChr07G000498 Chr07 NC_080393.1:3476746-3476760promoter 内 1346-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 3479401-3481943(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGCGACGGTGGT
SmilChr03G003216 Chr03 NC_080389.1:49795708-49795722promoter 内 1338-1352 bp + 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 49798371-49799583(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACGGTCGGTGGC
SmilChr05G003764 Chr05 NC_080391.1:50918923-50918937promoter 内 575-589 bp + 3412 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 50922349-50925121(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTGTGTCGGTGTG
SmilChr01G004377 Chr01 NC_080387.1:61967538-61967552promoter 内 382-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 61971157-61977289(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTTGGAGTCGGTGGA
SmilChr05G003765 Chr05 NC_080391.1:50918923-50918937promoter 内 359-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 50922565-50922673(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTGTGTCGGTGTG
SmilChr06G001555 Chr06 NC_080392.1:16937001-16937015promoter 内 306-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 16940696-16941259(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCACCTC
SmilChr07G003300 Chr07 NC_080393.1:34872799-34872813promoter 内 268-282 bp - 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 34865948-34869080(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACGGTCGGTGGC
SmilChr02G002379 Chr02 NC_080388.1:41703229-41703243promoter 内 211-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 41698427-41699453(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGTGTGTCGGTGTG
SmilChr08G003337 Chr08 NC_080394.1:34669708-34669722promoter 内 3971-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34669738-34672777(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATTATGTCGGTGAA
SmilChr08G002008 Chr08 NC_080394.1:17852313-17852327promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17850233-17852178(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACGTCGTC
SmilChr02G000638 Chr02 NC_080388.1:9669299-9669313promoter 内 3811-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9664075-9669123(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTATTGTCGGCGGT
SmilChr01G005261 Chr01 NC_080387.1:70089240-70089254promoter 内 3688-3702 bp - 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70089553-70092093(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAACTAT
SmilChr04G002795 Chr04 NC_080390.1:43810048-43810062promoter 内 3688-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43810361-43814888(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGGCGTGGCGGTGGT
SmilChr01G005277 Chr01 NC_080387.1:70185057-70185071promoter 内 3686-3700 bp - 301 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 70185372-70187985(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCAACTAT
SmilChr04G002391 Chr04 NC_080390.1:38426898-38426912promoter 内 3682-3696 bp + 305 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38423665-38426593(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCGTGTC
SmilChr04G000246 Chr04 NC_080390.1:2224387-2224401promoter 内 3602-3616 bp - 385 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 2224786-2231203(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CACACCGACACACAC
SmilChr01G002912 Chr01 NC_080387.1:47845483-47845497promoter 内 3547-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47841294-47845043(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCGCCGACAAAAAC
SmilChr02G003842 Chr02 NC_080388.1:60154443-60154457promoter 内 3448-3462 bp - 539 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 60149380-60153904(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTTCTTGTCGGCGGC
SmilChr08G002929 Chr08 NC_080394.1:29338013-29338027promoter 内 3184-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 29338830-29340604(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCGCCGACAACCTC
SmilChr03G004353 Chr03 NC_080389.1:61763995-61764009promoter 内 3065-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61764931-61771322(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTTCTTGTCGGCGGC
SmilChr01G001944 Chr01 NC_080387.1:34630132-34630146promoter 内 3004-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34622560-34629149(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCCAAC
SmilChr04G002730 Chr04 NC_080390.1:42928126-42928140promoter 内 2984-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 42929143-42938404(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCGAACGTCGGTGAC
SmilChr01G005418 Chr01 NC_080387.1:71388036-71388050promoter 内 2929-2943 bp - 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 71389108-71390183(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAGTGAA
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