转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 68 / 128 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004707 Chr02 NC_080388.1:69356495-69356509promoter 内 3405-3419 bp - 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 69353201-69355913(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr02G001715 Chr02 NC_080388.1:31589831-31589845promoter 内 2852-2866 bp - 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 31590980-31592222(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr03G004101 Chr03 NC_080389.1:59903595-59903609promoter 内 2442-2456 bp - 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 59905154-59908956(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAGAGG
SmilChr03G004107 Chr03 NC_080389.1:59966898-59966912promoter 内 2381-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 59968518-59972315(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAGAGG
SmilChr07G001279 Chr07 NC_080393.1:9839649-9839663promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 9841367-9842270(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGTGGCCG
SmilChr08G000549 Chr08 NC_080394.1:3996844-3996858promoter 内 1518-1532 bp + 2469 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 3992801-3994375(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAACTGG
SmilChr01G004770 Chr01 NC_080387.1:65883102-65883116promoter 内 1428-1442 bp + 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 65876097-65880543(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAGAGA
SmilChr01G005846 Chr01 NC_080387.1:74427320-74427334promoter 内 1424-1438 bp + 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 74429897-74432449(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGATTCCACCGCCA
SmilChr02G004694 Chr02 NC_080388.1:69285225-69285239promoter 内 1417-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 69287809-69295931(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGGGAAGG
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52509354-52509368promoter 内 1295-1309 bp - 2692 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 52505069-52506662(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGCCCCACCGCCA
SmilChr02G005160 Chr02 NC_080388.1:72943722-72943736promoter 内 771-785 bp + 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 72946952-72949072(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCTACGCCACCGCCA
SmilChr02G004706 Chr02 NC_080388.1:69356495-69356509promoter 内 634-648 bp - 3353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 69351219-69353142(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13077184-13077198promoter 内 485-499 bp + 3502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 13071779-13073682(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGATGA
SmilChr05G001704 Chr05 NC_080391.1:16267269-16267283promoter 内 352-366 bp + 3635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 16270918-16272794(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCGCCCCACCGCCA
SmilChr03G003172 Chr03 NC_080389.1:49098288-49098302promoter 内 274-288 bp + 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 49092602-49094575(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGAGGC
SmilChr03G001557 Chr03 NC_080389.1:19646822-19646836promoter 内 217-231 bp - 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 19640688-19643052(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCCCCACCGCCA
SmilChr02G001476 Chr02 NC_080388.1:27620410-27620424promoter 内 3986-4000 bp - 1 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 27618339-27620409(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TATCCTCCACCGCCA
SmilChr01G005800 Chr01 NC_080387.1:74073918-74073932promoter 内 3880-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 74074039-74077240(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTAGCAG
SmilChr08G003857 Chr08 NC_080394.1:45234803-45234817promoter 内 3790-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45225697-45234606(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGACGGCGA
SmilChr07G004704 Chr07 NC_080393.1:59920283-59920297promoter 内 3505-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 59920779-59923438(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGTCGGCGGAGGTGA
SmilChr06G000094 Chr06 NC_080392.1:665534-665548promoter 内 3451-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 666084-670549(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTAGCTG
SmilChr01G005252 Chr01 NC_080387.1:70033582-70033596promoter 内 3447-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 70034136-70036176(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGGCG
SmilChr01G002694 Chr01 NC_080387.1:45195799-45195813promoter 内 3343-3357 bp - 644 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45196457-45199085(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGGGGTGC
SmilChr08G001579 Chr08 NC_080394.1:13025550-13025564promoter 内 3222-3236 bp + 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 13024250-13024785(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGGCG
SmilChr01G000783 Chr01 NC_080387.1:17048027-17048041promoter 内 3078-3092 bp - 909 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 17046258-17047118(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCCAGCCACCGCCA
SmilChr02G002829 Chr02 NC_080388.1:48385468-48385482promoter 内 3030-3044 bp + 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 48386439-48389938(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCTACCACCGCCA
SmilChr03G000195 Chr03 NC_080389.1:2182214-2182228promoter 内 2859-2873 bp + 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2178065-2181086(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGTGGTGG
SmilChr03G001670 Chr03 NC_080389.1:21756209-21756223promoter 内 2841-2855 bp + 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21751607-21755063(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCCGATG
SmilChr01G003292 Chr01 NC_080387.1:51609373-51609387promoter 内 2763-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51610611-51610717(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTCCACCACCT
SmilChr03G003730 Chr03 NC_080389.1:56330482-56330496promoter 内 2742-2756 bp - 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 56331741-56336354(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAAGAGG
SmilChr01G003359 Chr01 NC_080387.1:52334710-52334724promoter 内 2708-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 52325564-52333431(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr01G001055 Chr01 NC_080387.1:21892441-21892455promoter 内 2696-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 21887929-21891150(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCGGTGGTGGTGG
SmilChr04G003378 Chr04 NC_080390.1:50331427-50331441promoter 内 2653-2667 bp - 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 50330022-50330093(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCTTCCACCGCCC
SmilChr07G000470 Chr07 NC_080393.1:3290701-3290715promoter 内 2642-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3292060-3293664(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGGAGG
SmilChr03G002705 Chr03 NC_080389.1:42998626-42998640promoter 内 2625-2639 bp + 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43000002-43017483(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCCCCACCGCCA
SmilChr07G002449 Chr07 NC_080393.1:23033351-23033365promoter 内 2589-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 23030925-23031953(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCTGGCG
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