转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 69 / 167 下载 TSV

上一页 69 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001379 Chr02 NC_080388.1:26100400-26100420promoter 内 3307-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26097113-26099726(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACATAATTATCCACACATAT
SmilChr06G000068 Chr06 NC_080392.1:532793-532813promoter 内 3289-3309 bp - 692 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 533505-537233(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGCAGTTTATCCATTTTTTT
SmilChr02G003576 Chr02 NC_080388.1:56936004-56936024promoter 内 3279-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56936726-56938115(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATGTGGATAATAAGATA
SmilChr05G001884 Chr05 NC_080391.1:19118854-19118874promoter 内 3276-3296 bp + 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19114101-19118149(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTCTATTTATCCATTTCATA
SmilChr07G000085 Chr07 NC_080393.1:446075-446095promoter 内 3263-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 440032-445357(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTTGTTATCCATTCTTTT
SmilChr02G003526 Chr02 NC_080388.1:56414735-56414755promoter 内 3208-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56415528-56416856(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAGATGTGGATAATAAGATA
SmilChr07G001120 Chr07 NC_080393.1:8330830-8330850promoter 内 3205-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8329205-8330054(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTTTTTTATCCACTATCTC
SmilChr06G002461 Chr06 NC_080392.1:35427422-35427442promoter 内 3183-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 35428240-35431177(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTTGTTATCCATTCTTTT
SmilChr07G001576 Chr07 NC_080393.1:12997582-12997602promoter 内 3162-3182 bp + 819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12991271-12996763(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTTCATTATCCATTTTTTA
SmilChr05G000756 Chr05 NC_080391.1:5845001-5845021promoter 内 3077-3097 bp - 904 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5845925-5857231(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATTATCTTATCCAAAATTTA
SmilChr07G001221 Chr07 NC_080393.1:9348913-9348933promoter 内 3058-3078 bp + 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9349856-9352848(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGACAATGGATAAGCTTCTA
SmilChr04G003851 Chr04 NC_080390.1:54491250-54491270promoter 内 3052-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54492199-54495611(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAATATTTGATAAGGACGTG
SmilChr05G000755 Chr05 NC_080391.1:5845001-5845021promoter 内 3052-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 5842219-5844072(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAATTTTGGATAAGATAATG
SmilChr06G002293 Chr06 NC_080392.1:33039496-33039516promoter 内 3026-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 33040471-33040577(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACTTTGTTATCCAAAATCTT
SmilChr01G002832 Chr01 NC_080387.1:46932576-46932596promoter 内 2994-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 46933583-46934074(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTATTGGATAAAATGAAG
SmilChr01G002448 Chr01 NC_080387.1:42069862-42069882promoter 内 2980-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42070883-42073649(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGTTACTTATCCAATTTTAC
SmilChr05G003566 Chr05 NC_080391.1:47604075-47604095promoter 内 2915-2935 bp - 1066 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47605161-47608309(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCCCCTTATCCGGACCGAC
SmilChr02G003795 Chr02 NC_080388.1:59598162-59598182promoter 内 2839-2859 bp + 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 59592143-59597020(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTGACCTTATCCAAATAGAG
SmilChr06G003014 Chr06 NC_080392.1:43003847-43003867promoter 内 2760-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 43001484-43002626(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATGTTGTGGATAATGTCGTG
SmilChr01G002649 Chr01 NC_080387.1:44814190-44814210promoter 内 2720-2740 bp + 1261 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44812550-44812929(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATATTTTTATCCACATAGCT
SmilChr05G003918 Chr05 NC_080391.1:52935228-52935248promoter 内 2672-2692 bp + 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 52936557-52937205(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACATAAGCGGATAAGCCTGTT
SmilChr05G003955 Chr05 NC_080391.1:53294153-53294173promoter 内 2659-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53290835-53292831(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGATTCTTATCCTATCAAAA
SmilChr05G000307 Chr05 NC_080391.1:2327606-2327626promoter 内 2638-2658 bp - 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2325271-2326263(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAGTGTGGATAAATATACT
SmilChr08G001062 Chr08 NC_080394.1:8210738-8210758promoter 内 2634-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8207357-8209391(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AACAACCTTATCCTCAGACGT
SmilChr02G002332 Chr02 NC_080388.1:41018824-41018844promoter 内 2612-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41016474-41017455(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTATACTTATCCTTTTAAAG
SmilChr02G002533 Chr02 NC_080388.1:44036775-44036795promoter 内 2580-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44038196-44039191(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTCTCGTTATCCAAAATAGG
SmilChr07G002007 Chr07 NC_080393.1:17810998-17811018promoter 内 2570-2590 bp + 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 17808860-17809587(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTTTTCTTATCCTTATTTTA
SmilChr06G001465 Chr06 NC_080392.1:15503166-15503186promoter 内 2477-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 15504690-15511861(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGAAAATTGGAGAAGAAGGGA
SmilChr04G003850 Chr04 NC_080390.1:54491250-54491270promoter 内 2402-2422 bp + 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54487394-54489671(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACGTCCTTATCAAATATTTT
SmilChr05G001280 Chr05 NC_080391.1:10957802-10957822promoter 内 2314-2334 bp - 1667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10959489-10962672(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTACCCTTATCTTTATATTC
SmilChr07G003510 Chr07 NC_080393.1:40017967-40017987promoter 内 2300-2320 bp + 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 40014531-40016286(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGCACTTTATCCAATTCAGT
SmilChr02G004895 Chr02 NC_080388.1:70969764-70969784promoter 内 2273-2293 bp + 1708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 70971492-70973380(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAAAAGTGGATAAATATATT
SmilChr03G004118 Chr03 NC_080389.1:60064196-60064216promoter 内 2263-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 60061823-60062478(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACATAATTATCCACACATAT
SmilChr07G003849 Chr07 NC_080393.1:47738558-47738578promoter 内 2254-2274 bp + 1727 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47733886-47736831(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAATGCCTTATCCTCATCCTT
SmilChr03G003477 Chr03 NC_080389.1:53309101-53309121promoter 内 2248-2268 bp - 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53310854-53316655(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCTTCCTTATCTGAAGTCTG
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SmilChr07G000045 Chr07 NC_080393.1:194656-194676promoter 内 2104-2124 bp + 1877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 190454-192779(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTATTTATCCACATCGTG
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SmilChr04G001240 Chr04 NC_080390.1:19501627-19501647promoter 内 1899-1919 bp + 2082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 19503729-19504793(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTTTTCTAGATAAGGTGGAG
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