转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 70 / 167 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G000672 Chr08 NC_080394.1:4990937-4990957promoter 内 1780-1800 bp + 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4984837-4988736(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATAACCTTATCTTCTCCAAC
SmilChr01G005794 Chr01 NC_080387.1:74027507-74027527promoter 内 1776-1796 bp + 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 74029732-74031621(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAGAATGGATAACAAAAAT
SmilChr01G002233 Chr01 NC_080387.1:38810510-38810530promoter 内 1765-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 38807842-38808294(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGATATTTGGATAAGAACAAT
SmilChr02G002299 Chr02 NC_080388.1:40578577-40578597promoter 内 1745-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 40580833-40588306(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTGTCCTTATCTATATCTCA
SmilChr02G003959 Chr02 NC_080388.1:61766808-61766828promoter 内 1678-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 61769131-61770352(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCAACTTATCCTTTACCAT
SmilChr04G001791 Chr04 NC_080390.1:29355343-29355363promoter 内 1643-1663 bp - 2338 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29352493-29353005(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACATGAGTGGATAAATTTAGT
SmilChr07G003850 Chr07 NC_080393.1:47738558-47738578promoter 内 1613-1633 bp + 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 47736126-47736190(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAATGCCTTATCCTCATCCTT
SmilChr06G001514 Chr06 NC_080392.1:16198059-16198079promoter 内 1597-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16191720-16195675(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTATCTTATCCACTATCCA
SmilChr05G001380 Chr05 NC_080391.1:12311315-12311335promoter 内 1586-1606 bp - 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 12307303-12308920(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAAAAATAAGATAAGAAAATA
SmilChr04G003305 Chr04 NC_080390.1:49778462-49778482promoter 内 1572-1592 bp + 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 49780891-49785434(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTGAAAGGATAAGAATATA
SmilChr05G000337 Chr05 NC_080391.1:2515140-2515160promoter 内 1527-1547 bp + 2454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2509793-2512686(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGAGATTTATCCACTATTTG
SmilChr04G001353 Chr04 NC_080390.1:21989774-21989794promoter 内 1402-1422 bp - 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 21992373-21995259(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCGTTTCTTATCCTTTGTCGC
SmilChr03G003476 Chr03 NC_080389.1:53309101-53309121promoter 内 1380-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53300558-53306500(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGACTTCAGATAAGGAAGGT
SmilChr05G000078 Chr05 NC_080391.1:400570-400590promoter 内 1353-1373 bp - 2628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 397211-397942(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGGATTCGGATAAGAGGGTG
SmilChr06G001028 Chr06 NC_080392.1:10208493-10208513promoter 内 1245-1265 bp + 2736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 10202881-10205757(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCCACATTTATCCAAAATTGA
SmilChr05G002315 Chr05 NC_080391.1:24993713-24993733promoter 内 1240-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 24985066-24990972(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTTGTTATCCATTCTTTT
SmilChr03G000681 Chr03 NC_080389.1:7598828-7598848promoter 内 1217-1237 bp + 2764 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7601612-7614503(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AGTGTAGTGGATAAAATTCGT
SmilChr07G000641 Chr07 NC_080393.1:4321692-4321712promoter 内 1206-1226 bp - 2775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4316350-4318917(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAATTATAGGATAAGCGAGAA
SmilChr04G001577 Chr04 NC_080390.1:26201894-26201914promoter 内 1193-1213 bp - 2788 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 26204702-26205620(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAAACCTTATCCATTCAATT
SmilChr02G001513 Chr02 NC_080388.1:28216335-28216355promoter 内 1190-1210 bp - 2791 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 28219146-28222828(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCTTCGTTATCCACTTTGAG
SmilChr06G003013 Chr06 NC_080392.1:43003847-43003867promoter 内 1162-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 42999291-43001028(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATGTTGTGGATAATGTCGTG
SmilChr01G003934 Chr01 NC_080387.1:57638733-57638753promoter 内 1138-1158 bp + 2843 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57631456-57635890(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGATTCTTATCCTATCAAAA
SmilChr02G001742 Chr02 NC_080388.1:32021256-32021276promoter 内 1065-1085 bp - 2916 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 32017537-32018340(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAAATTGGATAAAAGTTGG
SmilChr02G000045 Chr02 NC_080388.1:617013-617033promoter 内 1023-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 611725-614055(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTTTTGTTATCCATTCTTTT
SmilChr02G002237 Chr02 NC_080388.1:39723696-39723716promoter 内 988-1008 bp - 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 39715606-39720703(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCAGACTGGATAATCATTAG
SmilChr06G000427 Chr06 NC_080392.1:3502320-3502340promoter 内 958-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3505363-3508551(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATGTATTGATAAGGATATG
SmilChr05G000602 Chr05 NC_080391.1:4536967-4536987promoter 内 930-950 bp + 3051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4531464-4533916(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGTATACTTATCCATATATAT
SmilChr01G003593 Chr01 NC_080387.1:54470795-54470815promoter 内 904-924 bp - 3077 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54466042-54467718(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAATAGAGGATAAGATGCTA
SmilChr01G003590 Chr01 NC_080387.1:54442299-54442319promoter 内 902-922 bp - 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54437545-54439220(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACAATAGAGGATAAGATGCTA
SmilChr08G000154 Chr08 NC_080394.1:1016668-1016688promoter 内 899-919 bp + 3082 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1019770-1021761(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GACCAATTGGATAAGAAAGAA
SmilChr08G000161 Chr08 NC_080394.1:1078617-1078637promoter 内 857-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1081761-1083686(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GACCAATTGGATAAGAAAGAA
SmilChr06G002772 Chr06 NC_080392.1:40322298-40322318promoter 内 843-863 bp - 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 40307238-40319160(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTAGGTCTGGATAAGAGAAAG
SmilChr06G000918 Chr06 NC_080392.1:8721954-8721974promoter 内 787-807 bp + 3194 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8725168-8726943(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATGTTTTGGATAAATATTGA
SmilChr03G004485 Chr03 NC_080389.1:62979277-62979297promoter 内 766-786 bp - 3215 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 62971886-62976062(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACATGTTTGGATAAAAATATT
SmilChr01G000953 Chr01 NC_080387.1:20168663-20168683promoter 内 748-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 20171916-20171987(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGCGTCTTATCCGTTTTGTT
SmilChr01G004008 Chr01 NC_080387.1:58463668-58463688promoter 内 708-728 bp - 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 58453702-58460395(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAAAGTGGATAAACAAGAA
SmilChr04G001195 Chr04 NC_080390.1:18306050-18306070promoter 内 695-715 bp - 3286 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 18300691-18302764(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAATTTCTGGATAAGCTGCAA
SmilChr08G000904 Chr08 NC_080394.1:6694058-6694078promoter 内 682-702 bp - 3299 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 6690069-6690759(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCACATTAGATAAGGATGTA
SmilChr03G002768 Chr03 NC_080389.1:44040329-44040349promoter 内 634-654 bp - 3347 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 44035273-44036982(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATGTGTGGATAATTATGTG
SmilChr01G003196 Chr01 NC_080387.1:50733503-50733523promoter 内 613-633 bp - 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50723368-50730135(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATATGTGTGGATAATTATGTG
SmilChr07G002919 Chr07 NC_080393.1:29572115-29572135promoter 内 474-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 29565595-29568608(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GATAGTGAGGATAAGACGACA
SmilChr07G000380 Chr07 NC_080393.1:2569229-2569249promoter 内 442-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2564461-2565690(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTCTTCTTATCCAATTTAAA
SmilChr01G000772 Chr01 NC_080387.1:16850223-16850243promoter 内 412-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 16853812-16854899(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GATGAAATGGATAATGAGATA
SmilChr08G001064 Chr08 NC_080394.1:8210738-8210758promoter 内 272-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8214467-8215411(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACGTCTGAGGATAAGGTTGTT
SmilChr02G003960 Chr02 NC_080388.1:61766808-61766828promoter 内 260-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 61770549-61774436(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTCAACTTATCCTTTACCAT
SmilChr01G005164 Chr01 NC_080387.1:69417821-69417841promoter 内 247-267 bp + 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 69421575-69426516(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GGATGTGTGGATAAGTTTATT
SmilChr05G004278 Chr05 NC_080391.1:56569042-56569062promoter 内 209-229 bp + 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 56572834-56575389(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTATTTGGATAAGTCTGAA
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SmilChr05G003967 Chr05 NC_080391.1:53422098-53422118promoter 内 184-204 bp - 3797 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 53411086-53418301(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCTAGCAAGGATAAGGCTGAA
SmilChr08G000388 Chr08 NC_080394.1:2728107-2728127promoter 内 182-202 bp + 3799 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 2720012-2724308(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTCGCGTTATCCACTTCTAT