转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 70 / 123 下载 TSV

上一页 70 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004691 Chr01 NC_080387.1:64968202-64968216promoter 内 3106-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 64965598-64967321(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCCAC
SmilChr04G002367 Chr04 NC_080390.1:38159542-38159556promoter 内 2956-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 38160587-38162325(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCAACGGCGGTGGT
SmilChr03G004535 Chr03 NC_080389.1:63388929-63388943promoter 内 2953-2967 bp - 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 63378561-63387895(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGGTGTCGGTAGT
SmilChr01G005546 Chr01 NC_080387.1:72270185-72270199promoter 内 2859-2873 bp - 1128 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 72265015-72269057(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACGTCCGTCGGTGGG
SmilChr01G003014 Chr01 NC_080387.1:49170801-49170815promoter 内 2038-2052 bp - 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 49172764-49176736(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGTCACC
SmilChr04G001704 Chr04 NC_080390.1:28171203-28171217promoter 内 1864-1878 bp + 2123 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 28173340-28173861(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGACGGCGGTGGT
SmilChr08G002621 Chr08 NC_080394.1:25555905-25555919promoter 内 1314-1328 bp - 2673 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 25558592-25565883(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCTCGC
SmilChr04G002366 Chr04 NC_080390.1:38159542-38159556promoter 内 1143-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 38152966-38156698(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGTTGCC
SmilChr08G004193 Chr08 NC_080394.1:51323840-51323854promoter 内 903-917 bp - 3084 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 51326938-51329955(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGTCTCC
SmilChr02G003688 Chr02 NC_080388.1:58284198-58284212promoter 内 736-750 bp + 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 58274625-58280947(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACGGCGAT
SmilChr01G000795 Chr01 NC_080387.1:17228021-17228035promoter 内 3953-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17225327-17227987(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTGATGTCGGTGAT
SmilChr03G001667 Chr03 NC_080389.1:21680263-21680277promoter 内 3919-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21680345-21684580(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGACGT
SmilChr07G003983 Chr07 NC_080393.1:50821323-50821337promoter 内 3869-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50818134-50821205(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACATCTTA
SmilChr04G002713 Chr04 NC_080390.1:42743173-42743187promoter 内 3858-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42743316-42745112(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGTCGCGTCGGTGCT
SmilChr01G003274 Chr01 NC_080387.1:51458756-51458770promoter 内 3857-3871 bp - 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51453792-51458626(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTTTTGTCGGTGCG
SmilChr01G003275 Chr01 NC_080387.1:51458756-51458770promoter 内 3792-3806 bp - 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51458965-51463055(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGCACCGACAAAAAA
SmilChr06G003108 Chr06 NC_080392.1:43924960-43924974promoter 内 3778-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 43925183-43927272(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCACGTGT
SmilChr05G001589 Chr05 NC_080391.1:14590743-14590757promoter 内 3773-3787 bp - 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14585567-14590529(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGACGGCGGTGGT
SmilChr05G001228 Chr05 NC_080391.1:10360953-10360967promoter 内 3709-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10361245-10361646(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGTCTCC
SmilChr03G002692 Chr03 NC_080389.1:42870077-42870091promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42868532-42869694(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGACGGCGGTGGT
SmilChr02G003855 Chr02 NC_080388.1:60314865-60314879promoter 内 3598-3612 bp + 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60305438-60314476(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCACCGACATTGTA
SmilChr03G002691 Chr03 NC_080389.1:42811152-42811166promoter 内 3593-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42803618-42810758(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGACGGCGGTGGT
SmilChr04G000309 Chr04 NC_080390.1:2853574-2853588promoter 内 3489-3503 bp + 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2854086-2855614(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGACGCGTCGGTGCT
SmilChr07G001882 Chr07 NC_080393.1:16271765-16271779promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16268827-16271257(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCCACCGACTCCACT
SmilChr06G000732 Chr06 NC_080392.1:6752842-6752856promoter 内 3447-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6753396-6755476(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CAGTCTGTCGGTGAA
SmilChr08G004120 Chr08 NC_080394.1:50041590-50041604promoter 内 3400-3414 bp + 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50042191-50044165(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGACGGCGGTGGT
SmilChr06G001828 Chr06 NC_080392.1:21460373-21460387promoter 内 3375-3389 bp - 612 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21460999-21464057(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGTCACC
SmilChr03G001268 Chr03 NC_080389.1:14717659-14717673promoter 内 3324-3338 bp + 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 14718336-14720534(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATATTGTCGGTGTC
SmilChr01G002275 Chr01 NC_080387.1:39521607-39521621promoter 内 3267-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39522341-39524619(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGACGTGTCGGTGTT
SmilChr01G005359 Chr01 NC_080387.1:70811664-70811678promoter 内 3258-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70809376-70810935(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCGCCGACAAAATC
SmilChr07G000430 Chr07 NC_080393.1:3002444-3002458promoter 内 3175-3189 bp - 812 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 2997062-3001632(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAGACGTCGGTGAT
SmilChr07G003962 Chr07 NC_080393.1:50317733-50317747promoter 内 3174-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50313285-50316920(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCACCGACCTCGTC
SmilChr05G001227 Chr05 NC_080391.1:10360953-10360967promoter 内 2998-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 10358360-10359964(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGAGACGGCGGTGGT
SmilChr03G002278 Chr03 NC_080389.1:35963129-35963143promoter 内 2973-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35964157-35965836(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGGTGTGTCGGTGTG
SmilChr03G004753 Chr03 NC_080389.1:64605450-64605464promoter 内 2969-2983 bp - 1018 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64606482-64623780(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCGCCTCT
SmilChr08G000746 Chr08 NC_080394.1:5519339-5519353promoter 内 2930-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5515904-5518282(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGTCACC
SmilChr03G003355 Chr03 NC_080389.1:51865661-51865675promoter 内 2882-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 51866780-51873414(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAGGCCGTCGGTGAA
SmilChr02G003303 Chr02 NC_080388.1:54304771-54304785promoter 内 2837-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54300201-54303621(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCATCCAC
SmilChr06G000977 Chr06 NC_080392.1:9535265-9535279promoter 内 2754-2768 bp + 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9532933-9534032(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCTCGC
SmilChr08G003371 Chr08 NC_080394.1:35333475-35333489promoter 内 2729-2743 bp + 1258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35332135-35332217(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACAAAAGT
SmilChr04G003966 Chr04 NC_080390.1:55147147-55147161promoter 内 2722-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55143242-55145882(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACAATATT
SmilChr08G001543 Chr08 NC_080394.1:12637416-12637430promoter 内 2708-2722 bp - 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 12630918-12636137(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAAGTCGGCGGTGGT
SmilChr08G003388 Chr08 NC_080394.1:35630454-35630468promoter 内 2708-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35629093-35629175(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACAAAAGT
SmilChr06G003001 Chr06 NC_080392.1:42881551-42881565promoter 内 2662-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42882890-42884234(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATATTGTCGGTGTC
SmilChr02G000697 Chr02 NC_080388.1:11091827-11091841promoter 内 2660-2674 bp + 1327 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11093168-11094617(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATATTGTCGGTGTC
SmilChr03G001612 Chr03 NC_080389.1:20525877-20525891promoter 内 2648-2662 bp - 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20523231-20524538(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATATTGTCGGTGTC
SmilChr01G001931 Chr01 NC_080387.1:34471558-34471572promoter 内 2646-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34472913-34474261(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATATTGTCGGTGTC
SmilChr01G005352 Chr01 NC_080387.1:70764222-70764236promoter 内 2631-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 70761623-70762866(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGACCCTCTC
SmilChr04G001919 Chr04 NC_080390.1:31291210-31291224promoter 内 2598-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31289125-31289821(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATATTGTCGGTGTC
SmilChr08G003398 Chr08 NC_080394.1:35833034-35833048promoter 内 2554-2568 bp - 1433 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35830252-35831601(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AATATTGTCGGTGTC