转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 73 / 161 下载 TSV

上一页 73 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000790 Chr02 NC_080388.1:12990922-12990935promoter 内 3570-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 12991353-12997293(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAACAAA
SmilChr05G001459 Chr05 NC_080391.1:13332218-13332231promoter 内 2292-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 13326718-13330522(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAACAAA
SmilChr02G001959 Chr02 NC_080388.1:35374494-35374507promoter 内 1018-1031 bp - 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 35377477-35377821(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAGAGTCAACGAT
SmilChr05G001461 Chr05 NC_080391.1:13332218-13332231promoter 内 589-602 bp + 3399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 13335630-13340101(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTCA
SmilChr07G000338 Chr07 NC_080393.1:2288769-2288782promoter 内 3521-3534 bp + 467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 2284445-2288302(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAACAAA
SmilChr07G002952 Chr07 NC_080393.1:29937101-29937114promoter 内 3514-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 29928157-29936627(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACGTTGACCTTCC
SmilChr04G002072 Chr04 NC_080390.1:33473278-33473291promoter 内 3496-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 33467828-33472786(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTCA
SmilChr01G001594 Chr01 NC_080387.1:30008207-30008220promoter 内 3241-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 30008967-30010165(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTCA
SmilChr06G002721 Chr06 NC_080392.1:39300481-39300494promoter 内 3105-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 39301377-39307397(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCATTTGACTTTTT
SmilChr07G003918 Chr07 NC_080393.1:49464644-49464657promoter 内 2844-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49460715-49463500(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTGGTTGACTTCGT
SmilChr05G001038 Chr05 NC_080391.1:8510125-8510138promoter 内 1942-1955 bp + 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 8507386-8508079(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAAAGTT
SmilChr02G004746 Chr02 NC_080388.1:69674559-69674572promoter 内 1915-1928 bp + 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 69666491-69672486(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAACAGA
SmilChr08G000388 Chr08 NC_080394.1:2726615-2726628promoter 内 1681-1694 bp + 2307 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 2720012-2724308(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACCCT
SmilChr02G000342 Chr02 NC_080388.1:4452171-4452184promoter 内 1138-1151 bp + 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 4447221-4449321(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGAAGTCAACTCA
SmilChr06G003185 Chr06 NC_080392.1:44749202-44749215promoter 内 1047-1060 bp + 2941 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 44752156-44753533(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTTATG
SmilChr07G001517 Chr07 NC_080393.1:12123886-12123899promoter 内 1003-1016 bp - 2985 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 12126884-12132306(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGAAGTCAACCAC
SmilChr05G003962 Chr05 NC_080391.1:53357222-53357235promoter 内 932-945 bp + 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 53360291-53363977(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGTGTTGACTTCTC
SmilChr01G002813 Chr01 NC_080387.1:46688326-46688339promoter 内 565-578 bp - 3423 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 46680753-46684903(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACATTCT
SmilChr02G001676 Chr02 NC_080388.1:30999032-30999045promoter 内 368-381 bp + 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 31002665-31011168(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGGTTGACTTGTT
SmilChr04G001959 Chr04 NC_080390.1:31792549-31792562promoter 内 3972-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31792578-31795541(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTCGTTGACTTGGG
SmilChr02G003938 Chr02 NC_080388.1:61486131-61486144promoter 内 3966-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 61486166-61488919(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATGA
SmilChr07G003638 Chr07 NC_080393.1:43094046-43094059promoter 内 3942-3955 bp + 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43094105-43096880(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCATTTGACTTTTT
SmilChr01G001778 Chr01 NC_080387.1:32666581-32666594promoter 内 3910-3923 bp - 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 32666672-32668220(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAATGCG
SmilChr05G003438 Chr05 NC_080391.1:45706364-45706377promoter 内 3657-3670 bp + 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45706708-45713531(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTCA
SmilChr03G004420 Chr03 NC_080389.1:62376555-62376568promoter 内 3651-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62376905-62381174(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAACAAA
SmilChr05G001460 Chr05 NC_080391.1:13332218-13332231promoter 内 3618-3631 bp + 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13332601-13334116(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTCA
SmilChr04G003141 Chr04 NC_080390.1:47986606-47986619promoter 内 3564-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47987043-47988215(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTTCA
SmilChr07G002970 Chr07 NC_080393.1:30222144-30222157promoter 内 3515-3528 bp - 473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30209884-30221671(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACGTTGACCTTCC
SmilChr04G001577 Chr04 NC_080390.1:26204206-26204219promoter 内 3505-3518 bp - 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 26204702-26205620(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACCGC
SmilChr07G003180 Chr07 NC_080393.1:33871886-33871899promoter 内 3442-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33872445-33876152(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTATTTGACTTTTC
SmilChr04G003874 Chr04 NC_080390.1:54625448-54625461promoter 内 3265-3278 bp + 723 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54626184-54626269(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTTG
SmilChr05G004289 Chr05 NC_080391.1:56665465-56665478promoter 内 3218-3231 bp - 770 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 56666248-56666994(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATGA
SmilChr02G001674 Chr02 NC_080388.1:30999032-30999045promoter 内 3101-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 30995524-30998145(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACAAGTCAACCGC
SmilChr02G003641 Chr02 NC_080388.1:57769573-57769586promoter 内 3044-3057 bp + 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 57764398-57768629(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAAATGG
SmilChr02G004614 Chr02 NC_080388.1:68661108-68661121promoter 内 3041-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68658631-68660161(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTGTTGACTTCTG
SmilChr02G000080 Chr02 NC_080388.1:1042321-1042334promoter 内 2982-2995 bp + 1006 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1043340-1053146(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAGTTGACTTATC
SmilChr02G001043 Chr02 NC_080388.1:18500171-18500184promoter 内 2919-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 18499017-18499102(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTTG
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SmilChr03G004014 Chr03 NC_080389.1:59127384-59127397promoter 内 2623-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59128762-59132202(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGGTTTGACTTTTC
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SmilChr02G000861 Chr02 NC_080388.1:14783728-14783741promoter 内 2314-2327 bp + 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14785415-14786777(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTGGTTGACTTCCC