转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 74 / 128 下载 TSV

上一页 74 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003034 Chr01 NC_080387.1:49363489-49363497promoter 内 705-713 bp - 3288 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49366785-49371200(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001856 Chr02 NC_080388.1:33772141-33772149promoter 内 693-701 bp + 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 33768403-33768841(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001434 Chr02 NC_080388.1:27034958-27034966promoter 内 692-700 bp + 3301 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 27038267-27040377(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G003188 Chr02 NC_080388.1:53040614-53040622promoter 内 688-696 bp + 3305 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 53043927-53044668(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G003370 Chr01 NC_080387.1:52424681-52424689promoter 内 681-689 bp + 3312 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 52428001-52432420(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr02G004599 Chr02 NC_080388.1:68518959-68518967promoter 内 626-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 68511315-68515592(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr01G003356 Chr01 NC_080387.1:52300458-52300466promoter 内 617-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 52303842-52304849(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G000612 Chr01 NC_080387.1:13519292-13519300promoter 内 590-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 13514420-13515889(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G003322 Chr01 NC_080387.1:51926526-51926534promoter 内 543-551 bp + 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 51920813-51923076(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G000672 Chr02 NC_080388.1:10359898-10359906promoter 内 541-549 bp + 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 10363358-10368799(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G002235 Chr01 NC_080387.1:38875716-38875724promoter 内 535-543 bp + 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 38879182-38881841(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr02G003607 Chr02 NC_080388.1:57317102-57317110promoter 内 533-541 bp + 3460 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 57311917-57313642(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67111790-67111798promoter 内 530-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 67115261-67119955(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G000267 Chr02 NC_080388.1:3465680-3465688promoter 内 527-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 3469154-3470115(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G001750 Chr01 NC_080387.1:32228774-32228782promoter 内 512-520 bp - 3481 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 32232263-32234791(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001848 Chr02 NC_080388.1:33703464-33703472promoter 内 471-479 bp + 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 33706994-33708251(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G004678 Chr01 NC_080387.1:64875429-64875437promoter 内 433-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 64867873-64871869(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G001442 Chr02 NC_080388.1:27114999-27115007promoter 内 414-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 27109718-27111420(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G003808 Chr01 NC_080387.1:56450186-56450194promoter 内 396-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 56453791-56457790(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr01G000791 Chr01 NC_080387.1:17214240-17214248promoter 内 390-398 bp - 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 17205651-17210637(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G002930 Chr02 NC_080388.1:49799082-49799090promoter 内 366-374 bp + 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49793183-49795455(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G002322 Chr02 NC_080388.1:40881402-40881410promoter 内 353-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 40885050-40888334(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G000222 Chr01 NC_080387.1:3931024-3931032promoter 内 286-294 bp + 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 3924057-3927317(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G003023 Chr01 NC_080387.1:49284922-49284930promoter 内 285-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 49276093-49281214(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr02G001067 Chr02 NC_080388.1:19000899-19000907promoter 内 285-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 18990958-18997191(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G001321 Chr01 NC_080387.1:26228139-26228147promoter 内 267-275 bp - 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 26231873-26232954(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001027 Chr02 NC_080388.1:18194838-18194846promoter 内 250-258 bp - 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 18190439-18191095(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G003178 Chr01 NC_080387.1:50570359-50570367promoter 内 248-256 bp + 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 50563449-50566614(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr01G001895 Chr01 NC_080387.1:34057278-34057286promoter 内 236-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 34061043-34062788(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr01G001229 Chr01 NC_080387.1:24578422-24578430promoter 内 221-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 24569064-24574650(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr01G004024 Chr01 NC_080387.1:58652688-58652696promoter 内 162-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 58648182-58648857(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G005752 Chr01 NC_080387.1:73599648-73599656promoter 内 153-161 bp - 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 73593282-73595808(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr01G005232 Chr01 NC_080387.1:69899860-69899868promoter 内 151-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 69903710-69910234(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58602316-58602324promoter 内 141-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 58606176-58610147(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001570 Chr02 NC_080388.1:29119636-29119644promoter 内 138-146 bp - 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 29123499-29124937(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr02G004594 Chr02 NC_080388.1:68437972-68437980promoter 内 99-107 bp - 3894 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 68441874-68453109(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G001630 Chr02 NC_080388.1:30256459-30256467promoter 内 89-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 30260371-30268091(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61392727-61392735promoter 内 88-96 bp + 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 61396640-61402054(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr02G005152 Chr02 NC_080388.1:72883414-72883422promoter 内 59-67 bp + 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 72887356-72893574(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr02G002048 Chr02 NC_080388.1:36874295-36874303promoter 内 38-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 36878258-36879733(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G000304 Chr01 NC_080387.1:5946666-5946674promoter 内 18-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 5942008-5942691(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr02G002552 Chr02 NC_080388.1:44418538-44418546promoter 内 3-11 bp - 3990 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 2 44412869-44414548(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr02G002503 Chr02 NC_080388.1:43530020-43530028promoter 内 3979-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 43528547-43530006(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G000956 Chr02 NC_080388.1:16605221-16605229promoter 内 3978-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 16605244-16608137(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 AAACCTAAA
SmilChr02G005170 Chr02 NC_080388.1:73017284-73017292promoter 内 3973-3981 bp + 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 73017312-73021128(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G003617 Chr02 NC_080388.1:57445167-57445175promoter 内 3971-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 57441488-57445145(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr02G000634 Chr02 NC_080388.1:9601656-9601664promoter 内 3968-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 9601689-9604337(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 TTTAGGTTT
SmilChr01G001273 Chr01 NC_080387.1:25424807-25424815promoter 内 3965-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 25418890-25424779(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 ATTAGGTTC
SmilChr01G005425 Chr01 NC_080387.1:71436420-71436428promoter 内 3960-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 71431908-71436387(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT
SmilChr02G003552 Chr02 NC_080388.1:56699496-56699504promoter 内 3960-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56694510-56699463(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GAACCTAAT