转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 75 / 135 下载 TSV

上一页 75 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004829 Chr01 NC_080387.1:66439617-66439631promoter 内 239-253 bp - 3748 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 66434750-66435869(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATGGTCTTATCCTA
SmilChr02G003363 Chr02 NC_080388.1:54759235-54759249promoter 内 226-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54753719-54755474(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGACTCTTATCCTT
SmilChr03G000772 Chr03 NC_080389.1:8816247-8816261promoter 内 216-230 bp - 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 8810690-8812476(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTAATATTATCCTA
SmilChr02G003952 Chr02 NC_080388.1:61686298-61686312promoter 内 209-223 bp - 3778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 61681594-61682520(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTAATATTATCCTA
SmilChr01G004704 Chr01 NC_080387.1:65141962-65141976promoter 内 159-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 65145804-65147888(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCTAGCG
SmilChr02G004002 Chr02 NC_080388.1:62347625-62347639promoter 内 128-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 62351498-62356060(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGAGCCTTATCTTA
SmilChr01G003601 Chr01 NC_080387.1:54567165-54567179promoter 内 2358-2372 bp + 1629 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 13 54568808-54571642(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTATTGTTATCCTT
SmilChr02G004609 Chr02 NC_080388.1:68590397-68590411promoter 内 3627-3641 bp + 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 10 68585615-68590037(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAATAAC
SmilChr02G003737 Chr02 NC_080388.1:59013507-59013521promoter 内 3183-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 8 59014325-59019945(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAATAAC
SmilChr03G002954 Chr03 NC_080389.1:46291217-46291231promoter 内 976-990 bp + 3011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 8 46294242-46303329(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATCTCCTTATCTCT
SmilChr02G002078 Chr02 NC_080388.1:37368398-37368412promoter 内 433-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 7 37361705-37364844(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTATTGTTATCCTT
SmilChr02G003323 Chr02 NC_080388.1:54488551-54488565promoter 内 925-939 bp + 3062 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 54484798-54485489(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAATAAC
SmilChr01G002098 Chr01 NC_080387.1:37023408-37023422promoter 内 3180-3194 bp + 807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 37024229-37028094(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTATTGTTATCCTT
SmilChr02G000688 Chr02 NC_080388.1:10970171-10970185promoter 内 3167-3181 bp - 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 10971005-10973024(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAAGGA
SmilChr01G005765 Chr01 NC_080387.1:73751339-73751353promoter 内 427-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 73746735-73747779(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAACATGTAT
SmilChr01G002499 Chr01 NC_080387.1:42825477-42825491promoter 内 3849-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 42825629-42827924(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAAAGGA
SmilChr03G001630 Chr03 NC_080389.1:20998106-20998120promoter 内 3381-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 20995491-20997500(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCACCCTTATCTCC
SmilChr01G002295 Chr01 NC_080387.1:39775764-39775778promoter 内 1051-1065 bp - 2936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 39778714-39782298(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGATAGCT
SmilChr01G003962 Chr01 NC_080387.1:58015782-58015796promoter 内 3076-3090 bp - 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 58013013-58014871(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCTGCCTTATCTTT
SmilChr03G001778 Chr03 NC_080389.1:24288459-24288473promoter 内 3055-3069 bp + 932 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 24285567-24287527(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACAATAAC
SmilChr02G002844 Chr02 NC_080388.1:48577078-48577092promoter 内 2997-3011 bp + 990 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 48578082-48580292(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCTGCCTTATCTTA
SmilChr01G001543 Chr01 NC_080387.1:29441732-29441746promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 29442930-29445692(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGCACAAG
SmilChr03G001471 Chr03 NC_080389.1:17555830-17555844promoter 内 2727-2741 bp - 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 17557104-17560495(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGACTTC
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63627460-63627474promoter 内 2719-2733 bp - 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 63623874-63626192(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACGTCTTATCCTC
SmilChr02G000779 Chr02 NC_080388.1:12766636-12766650promoter 内 2627-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 12764242-12765276(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGAGCTT
SmilChr03G002135 Chr03 NC_080389.1:33234755-33234769promoter 内 2573-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 33231916-33233341(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGATATTT
SmilChr01G002532 Chr01 NC_080387.1:43325355-43325369promoter 内 2012-2026 bp - 1975 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 43327344-43329010(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAGTGTT
SmilChr01G001205 Chr01 NC_080387.1:24262083-24262097promoter 内 1904-1918 bp + 2083 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 24264180-24277907(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAACCTTATCAAG
SmilChr01G000974 Chr01 NC_080387.1:20602953-20602967promoter 内 1883-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 20596198-20600849(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGCTATCTTATCCCA
SmilChr02G002417 Chr02 NC_080388.1:42172815-42172829promoter 内 1867-1881 bp + 2120 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 42158821-42170695(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGCTTCAG
SmilChr02G004980 Chr02 NC_080388.1:71688723-71688737promoter 内 1786-1800 bp + 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 71690938-71693684(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACTACCTTATCAGA
SmilChr02G001142 Chr02 NC_080388.1:20672880-20672894promoter 内 1709-1723 bp + 2278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 20675172-20679004(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CGAAATGTTATCCTA
SmilChr01G002398 Chr01 NC_080387.1:41325647-41325661promoter 内 1355-1369 bp - 2632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 41328293-41328628(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGAGGAC
SmilChr02G002158 Chr02 NC_080388.1:38808173-38808187promoter 内 1193-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 38804041-38805379(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTGTGCTTATCCAT
SmilChr02G005605 Chr02 NC_080388.1:75745132-75745146promoter 内 757-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 75748376-75752116(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGGATAAGCATTTC
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