转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 77 / 131 下载 TSV

上一页 77 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000246 Chr01 NC_080387.1:4585230-4585239promoter 内 2918-2927 bp - 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 4 4586313-4590263(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGA
SmilChr01G004889 Chr01 NC_080387.1:66941292-66941301promoter 内 3468-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 66941825-66945978(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr02G005136 Chr02 NC_080388.1:72799087-72799096promoter 内 3200-3209 bp - 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 72795106-72798295(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATT
SmilChr02G005519 Chr02 NC_080388.1:75293213-75293222promoter 内 2891-2900 bp - 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 75290995-75292112(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATT
SmilChr03G000404 Chr03 NC_080389.1:4401310-4401319promoter 内 2763-2772 bp + 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 4396603-4400081(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr02G005530 Chr02 NC_080388.1:75364512-75364521promoter 内 2693-2702 bp - 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 75359946-75363213(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATT
SmilChr02G003140 Chr02 NC_080388.1:52402572-52402581promoter 内 2351-2360 bp - 1641 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 52395274-52400931(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATT
SmilChr01G005748 Chr01 NC_080387.1:73558639-73558648promoter 内 1935-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 73560705-73564959(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATG
SmilChr02G005518 Chr02 NC_080388.1:75293213-75293222promoter 内 1760-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 75289006-75290981(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATT
SmilChr02G002698 Chr02 NC_080388.1:46749506-46749515promoter 内 760-769 bp - 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 3 46752747-46759935(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr01G005547 Chr01 NC_080387.1:72270132-72270141promoter 内 3866-3875 bp - 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 72270267-72274502(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr01G000359 Chr01 NC_080387.1:7397119-7397128promoter 内 3828-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 7397292-7399378(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr01G002016 Chr01 NC_080387.1:35733506-35733515promoter 内 3727-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 35732175-35733241(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATT
SmilChr02G000712 Chr02 NC_080388.1:11480480-11480489promoter 内 3573-3582 bp + 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 11478624-11480061(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGA
SmilChr02G000815 Chr02 NC_080388.1:13643098-13643107promoter 内 3467-3476 bp - 525 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 13643632-13649062(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGA
SmilChr01G000002 Chr01 NC_080387.1:63347-63356promoter 内 3195-3204 bp + 797 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 64153-66586(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATG
SmilChr02G000894 Chr02 NC_080388.1:15387823-15387832promoter 内 2794-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 15389030-15392007(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGA
SmilChr01G003413 Chr01 NC_080387.1:52783592-52783601promoter 内 2770-2779 bp - 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 52784823-52784893(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGA
SmilChr01G001126 Chr01 NC_080387.1:22864866-22864875promoter 内 2714-2723 bp + 1278 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 22861750-22863588(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr01G000489 Chr01 NC_080387.1:9957158-9957167promoter 内 2706-2715 bp + 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 9953698-9955872(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr01G000655 Chr01 NC_080387.1:14570705-14570714promoter 内 2705-2714 bp - 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 14572001-14574106(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr02G001388 Chr02 NC_080388.1:26364340-26364349promoter 内 2630-2639 bp + 1362 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 26365711-26367457(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATT
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26462578-26462587promoter 内 2493-2502 bp + 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 26464086-26473494(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATC
SmilChr01G001387 Chr01 NC_080387.1:27278708-27278717promoter 内 2463-2472 bp - 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 27272328-27277179(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATC
SmilChr02G005534 Chr02 NC_080388.1:75396190-75396199promoter 内 2268-2277 bp - 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 75392178-75394466(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATT
SmilChr03G000878 Chr03 NC_080389.1:9971117-9971126promoter 内 2204-2213 bp - 1788 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 9972914-9973365(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr02G001251 Chr02 NC_080388.1:22993261-22993270promoter 内 2180-2189 bp + 1812 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 22989090-22991449(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CATTGTCGGA
SmilChr02G005414 Chr02 NC_080388.1:74607357-74607366promoter 内 2173-2182 bp + 1819 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 74609185-74610719(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATG
SmilChr01G002338 Chr01 NC_080387.1:40553044-40553053promoter 内 2150-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 40549208-40551202(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATG
SmilChr01G004194 Chr01 NC_080387.1:60400455-60400464promoter 内 2094-2103 bp + 1898 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 60402362-60408120(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATG
SmilChr01G000358 Chr01 NC_080387.1:7397119-7397128promoter 内 2055-2064 bp - 1937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 7392108-7395182(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATG
SmilChr01G000690 Chr01 NC_080387.1:15434316-15434325promoter 内 1981-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 15426418-15432305(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGA
SmilChr01G000954 Chr01 NC_080387.1:20177634-20177643promoter 内 1977-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 20173060-20175619(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATG
SmilChr01G004340 Chr01 NC_080387.1:61575929-61575938promoter 内 1973-1982 bp + 2019 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 61577957-61579945(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 ACCGACAATC
SmilChr01G003414 Chr01 NC_080387.1:52783592-52783601promoter 内 1619-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 52785974-52788731(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AATTGTCGGA
SmilChr02G005403 Chr02 NC_080388.1:74571165-74571174promoter 内 1388-1397 bp + 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 2 74573778-74575362(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TCCGACAATG
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