转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 78 / 137 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005584 Chr02 NC_080388.1:75659638-75659652promoter 内 3963-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75651935-75659614(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCACATGC
SmilChr01G006004 Chr01 NC_080387.1:75614309-75614323promoter 内 3957-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 75614353-75617198(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTCATGACGTGGCG
SmilChr05G000464 Chr05 NC_080391.1:3511960-3511974promoter 内 3908-3922 bp + 79 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3509127-3511881(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTTTAACACGTGGCA
SmilChr01G004300 Chr01 NC_080387.1:61179895-61179909promoter 内 3850-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 61176901-61179758(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGTACACGTGGCG
SmilChr02G004278 Chr02 NC_080388.1:64976090-64976104promoter 内 3828-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 64976263-64976652(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGGATGACGTGTCC
SmilChr03G003555 Chr03 NC_080389.1:54201712-54201726promoter 内 3815-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 54197475-54201540(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCAGTAAA
SmilChr07G000015 Chr07 NC_080393.1:76589-76603promoter 内 3789-3803 bp - 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 76801-77461(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TATGCTGATGTGGCA
SmilChr05G001795 Chr05 NC_080391.1:17696816-17696830promoter 内 3651-3665 bp + 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17697166-17700138(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGATAT
SmilChr01G002632 Chr01 NC_080387.1:44614901-44614915promoter 内 3584-3598 bp + 403 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 44615318-44617660(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGATAT
SmilChr06G000163 Chr06 NC_080392.1:1137511-1137525promoter 内 3563-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 1137949-1142389(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGTATT
SmilChr07G001070 Chr07 NC_080393.1:7871724-7871738promoter 内 3560-3574 bp + 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7872165-7873950(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAACCACG
SmilChr05G000279 Chr05 NC_080391.1:2172432-2172446promoter 内 3551-3565 bp - 436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2169076-2171996(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGACGTAT
SmilChr07G002499 Chr07 NC_080393.1:23715310-23715324promoter 内 3533-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 23715778-23719307(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCCTCACACGTGGCA
SmilChr07G004677 Chr07 NC_080393.1:59716556-59716570promoter 内 3494-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 59712701-59716063(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCCTCACACGTGGCA
SmilChr04G003455 Chr04 NC_080390.1:51038520-51038534promoter 内 3485-3499 bp - 502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 51036600-51038018(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGATAAAG
SmilChr07G003108 Chr07 NC_080393.1:32933930-32933944promoter 内 3440-3454 bp - 547 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 32934491-32934570(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTCTGACGTGGAC
SmilChr01G003973 Chr01 NC_080387.1:58167353-58167367promoter 内 3349-3363 bp - 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 58164188-58166715(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGAAACT
SmilChr02G004301 Chr02 NC_080388.1:65382078-65382092promoter 内 3330-3344 bp + 657 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 65382749-65386575(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGACGTAT
SmilChr05G000583 Chr05 NC_080391.1:4398780-4398794promoter 内 3282-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4399499-4401407(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTCGACGTGGAG
SmilChr01G006076 Chr01 NC_080387.1:76210900-76210914promoter 内 3238-3252 bp - 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 76211663-76212899(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACTTCCACGTGGCA
SmilChr02G000274 Chr02 NC_080388.1:3525476-3525490promoter 内 3137-3151 bp - 850 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 3518093-3524626(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGATAT
SmilChr01G002939 Chr01 NC_080387.1:48173876-48173890promoter 内 3111-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 48165428-48173000(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGATAT
SmilChr05G001748 Chr05 NC_080391.1:17022029-17022043promoter 内 3084-3098 bp - 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 17022946-17025027(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCAGAATACGTGGCA
SmilChr04G000979 Chr04 NC_080390.1:13181607-13181621promoter 内 3070-3084 bp - 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 13182538-13187262(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAGTGTGACGTGGAA
SmilChr08G000747 Chr08 NC_080394.1:5523570-5523584promoter 内 3053-3067 bp - 934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 5520412-5522636(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGATGATG
SmilChr03G000017 Chr03 NC_080389.1:179028-179042promoter 内 3047-3061 bp - 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 179982-182569(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAATGACACGTGGCC
SmilChr06G000569 Chr06 NC_080392.1:4843634-4843648promoter 内 2982-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 4841559-4842629(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGATAT
SmilChr01G005570 Chr01 NC_080387.1:72474161-72474175promoter 内 2970-2984 bp + 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 72475192-72477490(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGACCT
SmilChr05G000348 Chr05 NC_080391.1:2613975-2613989promoter 内 2970-2984 bp - 1017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 2615006-2617026(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAACTGACGTGGAA
SmilChr01G004189 Chr01 NC_080387.1:60342176-60342190promoter 内 2953-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60343224-60344979(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCACTTTC
SmilChr07G001069 Chr07 NC_080393.1:7871724-7871738promoter 内 2930-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 7868246-7870667(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGTGGTTACGTGGCT
SmilChr01G000023 Chr01 NC_080387.1:435595-435609promoter 内 2924-2938 bp + 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 436672-447883(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGATAT
SmilChr05G000790 Chr05 NC_080391.1:6178451-6178465promoter 内 2919-2933 bp + 1068 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 6176468-6177383(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATGTGCGACGTGGAA
SmilChr08G002131 Chr08 NC_080394.1:19187844-19187858promoter 内 2876-2890 bp + 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 19188969-19192358(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGACGTAT
SmilChr06G001173 Chr06 NC_080392.1:11948549-11948563promoter 内 2830-2844 bp + 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 11949720-11951513(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGATAT
SmilChr07G004729 Chr07 NC_080393.1:60169627-60169641promoter 内 2816-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.5/ 100 1 60166129-60168456(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGATAT
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