转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 78 / 123 下载 TSV

上一页 78 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000397 Chr02 NC_080388.1:4912956-4912970promoter 内 1593-1607 bp - 2394 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4915364-4916889(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACTCTGCC
SmilChr01G003611 Chr01 NC_080387.1:54657856-54657870promoter 内 1590-1604 bp + 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 54660267-54661448(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGTGGTCGGTGGG
SmilChr08G004166 Chr08 NC_080394.1:50966745-50966759promoter 内 1578-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 50969168-50969625(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACGATCAC
SmilChr03G000151 Chr03 NC_080389.1:1632970-1632984promoter 内 1423-1437 bp - 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 1635548-1637076(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGTCAAAGAT
SmilChr07G000666 Chr07 NC_080393.1:4506207-4506221promoter 内 1259-1273 bp + 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 4508949-4511449(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGATCGTCGGTGCA
SmilChr01G005238 Chr01 NC_080387.1:69946724-69946738promoter 内 1220-1234 bp - 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 69941803-69943957(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGGCTTGTCGGCGGT
SmilChr02G002035 Chr02 NC_080388.1:36635107-36635121promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36631646-36632296(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCTAAGTCGGTGGT
SmilChr04G002233 Chr04 NC_080390.1:36043773-36043787promoter 内 1114-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 36046660-36053627(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGTCGACGGTGGT
SmilChr02G003654 Chr02 NC_080388.1:57939611-57939625promoter 内 1032-1046 bp - 2955 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57933954-57936656(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATTATGTCGGTGTT
SmilChr05G003008 Chr05 NC_080391.1:37316222-37316236promoter 内 935-949 bp + 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 37319288-37320454(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAACCTGTCGGTGAA
SmilChr03G001177 Chr03 NC_080389.1:13522000-13522014promoter 内 932-946 bp - 3055 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 13525069-13537051(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACACCGACGGCGGC
SmilChr08G002439 Chr08 NC_080394.1:23227441-23227455promoter 内 801-815 bp - 3186 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 23221433-23224255(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGATCGTCGGTGCA
SmilChr02G004654 Chr02 NC_080388.1:68960977-68960991promoter 内 745-759 bp + 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 68964233-68967733(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGGGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G002654 Chr05 NC_080391.1:30045661-30045675promoter 内 743-757 bp + 3244 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30039136-30042417(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGCGCTA
SmilChr07G001099 Chr07 NC_080393.1:8119317-8119331promoter 内 710-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8114418-8116040(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACAGTTGTCGGTGTT
SmilChr02G004392 Chr02 NC_080388.1:66269433-66269447promoter 内 624-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 66261374-66266070(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATACTTGTCGGTGCA
SmilChr04G001887 Chr04 NC_080390.1:30812662-30812676promoter 内 566-580 bp - 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30816097-30817013(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACACCGACAAGTTC
SmilChr08G001252 Chr08 NC_080394.1:9942963-9942977promoter 内 561-575 bp + 3426 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 9936875-9939537(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCGCCGACAACGTA
SmilChr05G002701 Chr05 NC_080391.1:30988500-30988514promoter 内 535-549 bp - 3452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 30983100-30985048(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTATGGTCGGTGGA
SmilChr08G004861 Chr08 NC_080394.1:57795560-57795574promoter 内 452-466 bp + 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57786211-57792025(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACACCGACAGCCAC
SmilChr08G004896 Chr08 NC_080394.1:58006714-58006728promoter 内 391-405 bp + 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 57996952-58003118(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACACCGACAGCCAC
SmilChr02G004121 Chr02 NC_080388.1:63479836-63479850promoter 内 387-401 bp + 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 63483450-63491767(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCAGATGTCGGTGCG
SmilChr07G001091 Chr07 NC_080393.1:8023483-8023497promoter 内 291-305 bp - 3696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8027193-8030686(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCGCCGACAACTTT
SmilChr02G000318 Chr02 NC_080388.1:3998037-3998051promoter 内 236-250 bp - 3751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3993468-3994286(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGATCGTCGGTGCA
SmilChr07G001121 Chr07 NC_080393.1:8343492-8343506promoter 内 154-168 bp - 3833 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 8336819-8339659(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AACGGCGGCGGTGGT
SmilChr05G000452 Chr05 NC_080391.1:3440382-3440396promoter 内 138-152 bp + 3849 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 3434519-3436533(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCGCCGACAACGGT
SmilChr01G000630 Chr01 NC_080387.1:14080229-14080243promoter 内 124-138 bp + 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 14084106-14086762(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GAACTTGTCGGTGTT
SmilChr01G002380 Chr01 NC_080387.1:40998566-40998580promoter 内 108-122 bp + 3879 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 41002459-41005081(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTGTTGGCGGTGGT
SmilChr01G000381 Chr01 NC_080387.1:7831281-7831295promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 7822624-7827346(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTGATCGTCGGTGCA
SmilChr02G003709 Chr02 NC_080388.1:58644554-58644568promoter 内 14-28 bp + 3973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.9/ 100 1 58648541-58658191(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGATCGACGGTGGT
SmilChr02G001323 Chr02 NC_080388.1:24573141-24573155promoter 内 3279-3293 bp - 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 24573863-24575193(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGACAG
SmilChr05G004303 Chr05 NC_080391.1:56726336-56726350promoter 内 2278-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 56728059-56731931(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGACAG
SmilChr08G001225 Chr08 NC_080394.1:9896522-9896536promoter 内 1110-1124 bp + 2877 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 9892300-9893645(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACGGACAG
SmilChr07G004657 Chr07 NC_080393.1:59499132-59499146promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 3 59493645-59495217(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTGTCCGTCGGTGGG
SmilChr05G000449 Chr05 NC_080391.1:3410227-3410241promoter 内 3230-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 3405595-3409470(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTGATTGTCGGCGGT
SmilChr05G002165 Chr05 NC_080391.1:22911985-22911999promoter 内 3135-3149 bp - 852 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 22905228-22911133(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTCGCCGTCGGTGAC
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SmilChr05G001661 Chr05 NC_080391.1:15725716-15725730promoter 内 2937-2951 bp + 1050 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 15722574-15724666(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATCACCGACAAGAAA
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SmilChr05G001662 Chr05 NC_080391.1:15725716-15725730promoter 内 1910-1924 bp + 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 2 15727807-15729588(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TTTCTTGTCGGTGAT
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SmilChr01G005680 Chr01 NC_080387.1:73073849-73073863promoter 内 3864-3878 bp - 123 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 73072286-73073726(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GACTTTGTCGGTCGC
SmilChr04G001120 Chr04 NC_080390.1:16254104-16254118promoter 内 3852-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.8/ 100 1 16252777-16253969(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGCACCGACATAAGA
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