转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003685; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013928-RA_Salv SmilChr03G003685 ERF XP_057798538.1 MP00558 TTTTGTCGGCAAAGG

可能结合的靶基因

9762 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 79 / 161 下载 TSV

上一页 79 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003209 Chr08 NC_080394.1:32918379-32918393promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32919266-32923250(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGGCAGCCGACATTG
SmilChr01G000384 Chr01 NC_080387.1:7935941-7935955promoter 内 3112-3126 bp + 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7928976-7935066(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGGGGCCGACAAAG
SmilChr02G002004 Chr02 NC_080388.1:36186580-36186594promoter 内 3050-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 36187531-36187691(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AACTGTCGGCGCCTT
SmilChr05G001171 Chr05 NC_080391.1:9805133-9805147promoter 内 3040-3054 bp - 947 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 9806094-9809339(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAGCAGCCGACATTT
SmilChr02G003381 Chr02 NC_080388.1:54926618-54926632promoter 内 2932-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54927687-54930592(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAGGTGCCGACAACA
SmilChr01G004448 Chr01 NC_080387.1:62579513-62579527promoter 内 2849-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62580665-62584244(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATTGTCGGCCAATG
SmilChr03G001022 Chr03 NC_080389.1:11851341-11851355promoter 内 2832-2846 bp + 1155 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11852510-11854008(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CGCCGTCGGCACCAA
SmilChr08G001775 Chr08 NC_080394.1:14975285-14975299promoter 内 2816-2830 bp + 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14972100-14974114(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACACAGCCGACAGTA
SmilChr06G002130 Chr06 NC_080392.1:28682295-28682309promoter 内 2695-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28683601-28693402(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATTTGTCGGTAGATG
SmilChr06G002666 Chr06 NC_080392.1:38576667-38576681promoter 内 2668-2682 bp - 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 38578000-38580035(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCACAGCCGACATAG
SmilChr02G000338 Chr02 NC_080388.1:4337411-4337425promoter 内 2640-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4338772-4339104(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTGGAGCCGACACAC
SmilChr06G002254 Chr06 NC_080392.1:31971701-31971715promoter 内 2640-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 31973062-31976338(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCCCCGT
SmilChr01G004243 Chr01 NC_080387.1:60742005-60742019promoter 内 2615-2629 bp + 1372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 60739316-60740633(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTACTGCCGACGACT
SmilChr03G003510 Chr03 NC_080389.1:53711279-53711293promoter 内 2606-2620 bp - 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53712674-53716261(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ATGTCACCGACAACA
SmilChr06G002529 Chr06 NC_080392.1:36296722-36296736promoter 内 2511-2525 bp - 1476 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 36298212-36299611(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GTCTCACCGACAACG
SmilChr03G003263 Chr03 NC_080389.1:50544990-50545004promoter 内 2450-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50546541-50558684(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CATCTACCGACAAAC
SmilChr03G003293 Chr03 NC_080389.1:51039855-51039869promoter 内 2411-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 51041445-51043056(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGCGTCGGCAATCG
SmilChr01G003096 Chr01 NC_080387.1:49785737-49785751promoter 内 2394-2408 bp - 1593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49780127-49784144(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCCCCGT
SmilChr03G000291 Chr03 NC_080389.1:3331363-3331377promoter 内 2360-2374 bp + 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 3328708-3329736(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGGGGCCGACAAAG
SmilChr02G001753 Chr02 NC_080388.1:32245078-32245092promoter 内 2233-2247 bp + 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32242239-32243324(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCACGGCCGACATAG
SmilChr07G002881 Chr07 NC_080393.1:29001370-29001384promoter 内 2158-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28994023-28999541(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TGATGTCGGCGCAAA
SmilChr06G002253 Chr06 NC_080392.1:31971701-31971715promoter 内 2144-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 31968864-31969858(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 ACGGGGCCGACAAAG
SmilChr03G002817 Chr03 NC_080389.1:44654534-44654548promoter 内 2138-2152 bp + 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 44650403-44652685(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TCAGCGCCGACATAA
SmilChr07G000265 Chr07 NC_080393.1:1711942-1711956promoter 内 2028-2042 bp - 1959 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 1713915-1717093(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCTGGGCCGACACTG
SmilChr03G001475 Chr03 NC_080389.1:17717990-17718004promoter 内 2018-2032 bp - 1969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 17712300-17716021(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CAATGTCGGCTGCAC
SmilChr05G002820 Chr05 NC_080391.1:33324369-33324383promoter 内 1964-1978 bp - 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33326406-33327029(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GAGATGCCGACACGG
SmilChr03G001083 Chr03 NC_080389.1:12539074-12539088promoter 内 1936-1950 bp + 2051 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 12541139-12542739(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 CTTTGTCGGCCCCGT
SmilChr03G002818 Chr03 NC_080389.1:44654534-44654548promoter 内 1887-1901 bp + 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 44656648-44657969(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTATGTCGGCGCTGA
SmilChr06G002829 Chr06 NC_080392.1:41064868-41064882promoter 内 1877-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 41066992-41069493(+) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GATCGTCGGCACCGT
SmilChr07G004636 Chr07 NC_080393.1:59221729-59221743promoter 内 1873-1887 bp + 2114 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59210852-59219615(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TAGATGCCGACAACA
SmilChr01G001499 Chr01 NC_080387.1:28852564-28852578promoter 内 1863-1877 bp - 2124 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28848155-28850440(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 TTCCGTCGGCATCCG
SmilChr02G002945 Chr02 NC_080388.1:49969177-49969191promoter 内 1860-1874 bp + 2127 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 49966577-49967050(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 GCGATGCCGACGGCC
SmilChr05G001557 Chr05 NC_080391.1:14290539-14290553promoter 内 1759-1773 bp + 2228 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14286013-14288311(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAATCGCCGACATTG
SmilChr08G002473 Chr08 NC_080394.1:23635996-23636010promoter 内 1689-1703 bp + 2298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 23631820-23633698(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AGGCGGCCGACATCG
SmilChr01G001562 Chr01 NC_080387.1:29640405-29640419promoter 内 1629-1643 bp - 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 29635032-29638047(-) SMil_00013928-RA_Salv MP00558 AAATGTCGGCGCCAA
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