转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 8 / 134 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004666 Chr01 NC_080387.1:64783433-64783447promoter 内 1929-1943 bp + 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 64779154-64781375(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr03G000611 Chr03 NC_080389.1:6788478-6788492promoter 内 1928-1942 bp + 2059 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 6785116-6786419(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr02G002581 Chr02 NC_080388.1:44866226-44866240promoter 内 1479-1493 bp - 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 44859629-44863718(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATGAT
SmilChr01G003618 Chr01 NC_080387.1:54712208-54712222promoter 内 1461-1475 bp - 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54714748-54718095(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr02G002988 Chr02 NC_080388.1:50549543-50549557promoter 内 1426-1440 bp + 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50544261-50546982(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr01G003839 Chr01 NC_080387.1:56736133-56736147promoter 内 1397-1411 bp - 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56738737-56743534(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr01G003838 Chr01 NC_080387.1:56736133-56736147promoter 内 1293-1307 bp - 2694 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56729916-56733439(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATGAT
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62807691-62807705promoter 内 1072-1086 bp + 2915 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 62801628-62804776(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACCCTT
SmilChr01G000949 Chr01 NC_080387.1:20118691-20118705promoter 内 942-956 bp + 3045 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 20107984-20115646(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACCCTT
SmilChr01G004342 Chr01 NC_080387.1:61585246-61585260promoter 内 913-927 bp - 3074 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 61588334-61597467(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTT
SmilChr03G001284 Chr03 NC_080389.1:15022840-15022854promoter 内 892-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 15017006-15019745(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATGAT
SmilChr02G001364 Chr02 NC_080388.1:25624415-25624429promoter 内 698-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 25615077-25621126(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr02G002875 Chr02 NC_080388.1:48991490-48991504promoter 内 459-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 48995032-48996916(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CATTGTAATGATGAT
SmilChr01G002975 Chr01 NC_080387.1:48685853-48685867promoter 内 368-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 48689486-48691261(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATAATGATTGC
SmilChr03G003195 Chr03 NC_080389.1:49450787-49450801promoter 内 355-369 bp - 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 49447084-49447155(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATGAT
SmilChr02G003367 Chr02 NC_080388.1:54799436-54799450promoter 内 305-319 bp + 3682 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54788150-54795754(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTT
SmilChr01G001707 Chr01 NC_080387.1:31506179-31506193promoter 内 241-255 bp - 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 31496041-31502433(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGGGTAATGATTAA
SmilChr01G005194 Chr01 NC_080387.1:69635705-69635719promoter 内 234-248 bp + 3753 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 69627145-69631952(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACGACT
SmilChr02G000792 Chr02 NC_080388.1:13063098-13063112promoter 内 3-17 bp + 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 13058344-13059114(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTATT
SmilChr02G003006 Chr02 NC_080388.1:50696432-50696446promoter 内 3632-3646 bp + 355 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 50696801-50700421(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTTGTAATGATGAA
SmilChr02G000358 Chr02 NC_080388.1:4615297-4615311promoter 内 3416-3430 bp - 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 4615882-4618242(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTACAAAC
SmilChr01G005095 Chr01 NC_080387.1:68792721-68792735promoter 内 1935-1949 bp - 2052 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 68790592-68790669(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAAGTAATGATGAC
SmilChr02G003005 Chr02 NC_080388.1:50696432-50696446promoter 内 1095-1109 bp + 2892 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 50690724-50693540(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTACAACC
SmilChr01G005094 Chr01 NC_080387.1:68792721-68792735promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 68786704-68788891(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAAGTAATGATGAC
SmilChr01G005096 Chr01 NC_080387.1:68792721-68792735promoter 内 3307-3321 bp - 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 68793415-68797220(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTACTTGA
SmilChr02G004038 Chr02 NC_080388.1:62704917-62704931promoter 内 2540-2554 bp - 1447 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 62698756-62703470(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AACGATAATGATTAC
SmilChr01G000414 Chr01 NC_080387.1:8386760-8386774promoter 内 1981-1995 bp - 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 8382448-8384754(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTCTAATGATTAC
SmilChr01G005793 Chr01 NC_080387.1:74019950-74019964promoter 内 1657-1671 bp - 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 74022294-74025132(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTCATCATTAGGTTT
SmilChr02G001023 Chr02 NC_080388.1:18134212-18134226promoter 内 616-630 bp + 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 18128186-18130841(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTACGTTA
SmilChr01G002699 Chr01 NC_080387.1:45257338-45257352promoter 内 75-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 45261264-45263971(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCACTATC
SmilChr02G002512 Chr02 NC_080388.1:43573984-43573998promoter 内 3959-3973 bp + 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 43572007-43573956(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTACGATC
SmilChr02G004245 Chr02 NC_080388.1:64645778-64645792promoter 内 3838-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 64645941-64648038(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AGTAGTAATGATTAG
SmilChr02G003037 Chr02 NC_080388.1:51078952-51078966promoter 内 3684-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 51079269-51080318(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACGGTAATGATTAG
SmilChr01G003598 Chr01 NC_080387.1:54543932-54543946promoter 内 3631-3645 bp - 356 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 54539759-54543576(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GGTTGTAATGATGAA
SmilChr02G003248 Chr02 NC_080388.1:53745187-53745201promoter 内 3565-3579 bp + 422 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 53743126-53744765(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCACCATT
SmilChr01G003500 Chr01 NC_080387.1:53601599-53601613promoter 内 2846-2860 bp - 1141 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 53596876-53600458(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATGATAATGATTAG
SmilChr01G000355 Chr01 NC_080387.1:7354959-7354973promoter 内 1933-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 7344787-7352905(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTACGATT
SmilChr01G003434 Chr01 NC_080387.1:52971823-52971837promoter 内 1138-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52965291-52968974(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATGATAATGATTAG
SmilChr03G001245 Chr03 NC_080389.1:14355461-14355475promoter 内 1096-1110 bp - 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 14350085-14352570(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATGAC
SmilChr02G002511 Chr02 NC_080388.1:43573984-43573998promoter 内 948-962 bp + 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 43567218-43570945(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTACGATC
SmilChr01G003435 Chr01 NC_080387.1:52971823-52971837promoter 内 521-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52975303-52976891(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTAATCATTATCATC
SmilChr02G002893 Chr02 NC_080388.1:49222201-49222215promoter 内 197-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 6 49216985-49218411(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTTGCAATGATTAC
SmilChr01G001142 Chr01 NC_080387.1:23367318-23367332promoter 内 2974-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 5 23363977-23366305(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGCAAAT
SmilChr02G003097 Chr02 NC_080388.1:51844474-51844488promoter 内 1224-1238 bp + 2763 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 5 51832350-51841711(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATATTC
SmilChr03G002392 Chr03 NC_080389.1:37868645-37868659promoter 内 3425-3439 bp - 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 37867241-37868083(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATGATAATGATGAA
SmilChr02G005241 Chr02 NC_080388.1:73582072-73582086promoter 内 2780-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 73577522-73580865(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAATCATTACAATT
SmilChr01G003090 Chr01 NC_080387.1:49720755-49720769promoter 内 3495-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 49717894-49720263(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAAGTAATGATGAT
SmilChr02G002895 Chr02 NC_080388.1:49222201-49222215promoter 内 2434-2448 bp - 1553 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 49223768-49231532(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGCAAAT
SmilChr01G003091 Chr01 NC_080387.1:49720755-49720769promoter 内 84-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 49724672-49735047(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTACTTGC
SmilChr03G000641 Chr03 NC_080389.1:7048821-7048835promoter 内 3807-3821 bp - 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 7049015-7051076(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGCAAAT