转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 8 / 142 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002616 Chr03 NC_080389.1:41569709-41569723promoter 内 1626-1640 bp + 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 41563902-41567348(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGAGGGTAGGTGGA
SmilChr05G000091 Chr05 NC_080391.1:504372-504386promoter 内 1603-1617 bp - 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 506770-507988(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G002932 Chr02 NC_080388.1:49805292-49805306promoter 内 1598-1612 bp - 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 49807695-49808444(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGTGGTAGGTGGC
SmilChr08G002491 Chr08 NC_080394.1:23835200-23835214promoter 内 1573-1587 bp + 2414 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 23837628-23841261(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr05G000399 Chr05 NC_080391.1:2996777-2996791promoter 内 1498-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 2999280-3007173(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCTCC
SmilChr01G002752 Chr01 NC_080387.1:45838358-45838372promoter 内 1337-1351 bp + 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45841022-45846134(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr06G001957 Chr06 NC_080392.1:24313096-24313110promoter 内 1213-1227 bp + 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 24315884-24318737(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCAACCACCAC
SmilChr08G001056 Chr08 NC_080394.1:8112027-8112041promoter 内 990-1004 bp - 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 8105688-8109030(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACGCCGC
SmilChr02G004162 Chr02 NC_080388.1:63954839-63954853promoter 内 659-673 bp - 3328 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 63947914-63951511(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCACTC
SmilChr02G001794 Chr02 NC_080388.1:32721176-32721190promoter 内 562-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 32714814-32717751(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCAACCACCAC
SmilChr05G003438 Chr05 NC_080391.1:45703127-45703141promoter 内 420-434 bp + 3567 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 45706708-45713531(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAGC
SmilChr08G002078 Chr08 NC_080394.1:18686592-18686606promoter 内 398-412 bp - 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 18678957-18683003(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCGCCCT
SmilChr04G001322 Chr04 NC_080390.1:21301238-21301252promoter 内 308-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21304931-21306094(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGGTAAG
SmilChr06G002239 Chr06 NC_080392.1:31706009-31706023promoter 内 303-317 bp + 3684 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 31698820-31702325(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTTGGTAAG
SmilChr06G001798 Chr06 NC_080392.1:21085331-21085345promoter 内 226-240 bp + 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21089106-21089585(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCAACCACCAC
SmilChr06G002610 Chr06 NC_080392.1:37535740-37535754promoter 内 205-219 bp + 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 37539536-37540015(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTTACCAACCACCAC
SmilChr02G005140 Chr02 NC_080388.1:72821509-72821523promoter 内 1662-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 72823848-72828130(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCTACCTACCGCTAC
SmilChr04G003921 Chr04 NC_080390.1:54897379-54897393promoter 内 696-710 bp - 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 54889238-54894088(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCACTTT
SmilChr08G003701 Chr08 NC_080394.1:41453823-41453837promoter 内 357-371 bp + 3630 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 41457467-41460905(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCACAAC
SmilChr04G002482 Chr04 NC_080390.1:39662710-39662724promoter 内 3829-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39660962-39662552(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr04G002508 Chr04 NC_080390.1:40070542-40070556promoter 内 3755-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40069828-40070310(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr04G002439 Chr04 NC_080390.1:39079011-39079025promoter 内 3418-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39076091-39078442(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr03G001723 Chr03 NC_080389.1:23135180-23135194promoter 内 3376-3390 bp + 611 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 23133489-23134569(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGAGCGGTAGGTGGA
SmilChr01G001615 Chr01 NC_080387.1:30275380-30275394promoter 内 3271-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 30276110-30278142(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr02G000082 Chr02 NC_080388.1:1079658-1079672promoter 内 2719-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1080940-1082744(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr05G000185 Chr05 NC_080391.1:1492580-1492594promoter 内 2461-2475 bp + 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1490659-1491054(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATGGTGGTGGTTGGG
SmilChr07G001186 Chr07 NC_080393.1:9016128-9016142promoter 内 2461-2475 bp - 1526 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 9017668-9018883(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTTGGTAGGTAGA
SmilChr07G000237 Chr07 NC_080393.1:1529492-1529506promoter 内 2334-2348 bp + 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1531159-1531499(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCACCTT
SmilChr04G002481 Chr04 NC_080390.1:39662710-39662724promoter 内 2235-2249 bp - 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39659148-39660958(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCGGCGC
SmilChr03G000170 Chr03 NC_080389.1:1867842-1867856promoter 内 1929-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1869914-1872256(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTGGGGTAGGTGGG
SmilChr01G004521 Chr01 NC_080387.1:63323195-63323209promoter 内 1801-1815 bp - 2186 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 63319523-63321009(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCCCCAG
SmilChr05G000099 Chr05 NC_080391.1:613515-613529promoter 内 1064-1078 bp - 2923 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 607207-610592(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTACCTCCGC
SmilChr04G002509 Chr04 NC_080390.1:40070542-40070556promoter 内 601-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 40073942-40076409(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGCCGGTAGGTGAG
SmilChr07G002975 Chr07 NC_080393.1:30315977-30315991promoter 内 493-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 30319485-30320972(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGGTGGTAGTTGGC
SmilChr05G001966 Chr05 NC_080391.1:20230021-20230035promoter 内 466-480 bp + 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 20224348-20226500(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGTGGTAGGTGGC
SmilChr02G000132 Chr02 NC_080388.1:1807176-1807190promoter 内 446-460 bp - 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1810731-1822372(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCGCCGGTAGGTGAG
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SmilChr05G004371 Chr05 NC_080391.1:57241533-57241547promoter 内 3766-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 57236968-57241312(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGCGGTAGGTGGC
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SmilChr01G002112 Chr01 NC_080387.1:37166514-37166528promoter 内 3444-3458 bp + 543 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 37163586-37165971(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCTGCGGTAGGTGGC
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SmilChr04G004185 Chr04 NC_080390.1:56409253-56409267promoter 内 2178-2192 bp - 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 56404228-56407444(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCTCTCC