转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 8 / 134 下载 TSV

上一页 8 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001704 Chr08 NC_080394.1:14260852-14260866promoter 内 2656-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 14262197-14266992(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCGCCGA
SmilChr02G003835 Chr02 NC_080388.1:60043020-60043034promoter 内 2465-2479 bp + 1522 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 60033926-60041498(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATATGTCGGCGGGGC
SmilChr03G004233 Chr03 NC_080389.1:60860447-60860461promoter 内 1838-1852 bp + 2149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 60855138-60858298(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCCACGC
SmilChr02G004332 Chr02 NC_080388.1:65587608-65587622promoter 内 820-834 bp + 3167 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 65590789-65592409(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CATCCACCGACATCA
SmilChr02G002766 Chr02 NC_080388.1:47715560-47715574promoter 内 3773-3787 bp + 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 47715788-47725114(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATCACCGACATCG
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25197322-25197336promoter 内 3662-3676 bp + 325 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 25197661-25197732(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGTCGCCGACATAT
SmilChr01G006058 Chr01 NC_080387.1:76043041-76043055promoter 内 3586-3600 bp + 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 76039776-76042640(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGTGGATG
SmilChr01G003399 Chr01 NC_080387.1:52701324-52701338promoter 内 2894-2908 bp + 1093 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 52698126-52700231(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGTGTCGGCGGAGC
SmilChr03G003023 Chr03 NC_080389.1:47143141-47143155promoter 内 2501-2515 bp + 1486 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 47138749-47141655(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTGAGAC
SmilChr02G005570 Chr02 NC_080388.1:75599060-75599074promoter 内 2106-2120 bp - 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 75592284-75597179(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCACCACCGACATCC
SmilChr05G001130 Chr05 NC_080391.1:9440846-9440860promoter 内 1981-1995 bp + 2006 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9442866-9444479(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGCTGCCGACATGG
SmilChr07G000411 Chr07 NC_080393.1:2835150-2835164promoter 内 1941-1955 bp - 2046 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 2837210-2848285(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGTCGA
SmilChr01G003001 Chr01 NC_080387.1:48984204-48984218promoter 内 1772-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 48986433-48988887(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCCACCT
SmilChr03G003024 Chr03 NC_080389.1:47143141-47143155promoter 内 1331-1345 bp + 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 47145811-47146548(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCTCACCGACATCG
SmilChr01G003000 Chr01 NC_080387.1:48984204-48984218promoter 内 1285-1299 bp - 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 48980029-48981502(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGGTGGCCGACATCG
SmilChr01G001033 Chr01 NC_080387.1:21491184-21491198promoter 内 954-968 bp - 3033 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21482513-21488151(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AACCCGCCGACATCC
SmilChr05G002532 Chr05 NC_080391.1:28159953-28159967promoter 内 804-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 28163150-28165359(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGTGGAGC
SmilChr01G001034 Chr01 NC_080387.1:21491184-21491198promoter 内 802-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 21494383-21495550(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGGGTT
SmilChr05G004099 Chr05 NC_080391.1:54843897-54843911promoter 内 562-576 bp + 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 54847336-54849783(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCTTACCGACATGA
SmilChr02G002765 Chr02 NC_080388.1:47715560-47715574promoter 内 538-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 47711545-47712111(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTGATTG
SmilChr07G003365 Chr07 NC_080393.1:36224842-36224856promoter 内 358-372 bp - 3629 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 36228485-36233012(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCATCGG
SmilChr01G001517 Chr01 NC_080387.1:29047265-29047279promoter 内 2272-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 29048994-29051927(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCAGATG
SmilChr03G000169 Chr03 NC_080389.1:1862767-1862781promoter 内 1869-1883 bp - 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 1864899-1867457(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCCACGA
SmilChr01G001185 Chr01 NC_080387.1:23965143-23965157promoter 内 1718-1732 bp - 2269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 23967426-23968862(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGCCGACC
SmilChr01G005093 Chr01 NC_080387.1:68788241-68788255promoter 内 1703-1717 bp - 2284 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 68783775-68785957(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCCTCGCCGACACCG
SmilChr06G001347 Chr06 NC_080392.1:14034948-14034962promoter 内 1516-1530 bp - 2471 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 14029161-14032477(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTCGGCCGACATCG
SmilChr06G001386 Chr06 NC_080392.1:14510874-14510888promoter 内 1076-1090 bp - 2911 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 14504566-14507963(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTCGGCCGACATCG
SmilChr08G002418 Chr08 NC_080394.1:22979448-22979462promoter 内 795-809 bp + 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 22974539-22976256(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCAAAGT
SmilChr04G000315 Chr04 NC_080390.1:2889848-2889862promoter 内 36-50 bp - 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 2893813-2896935(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTGACTC
SmilChr04G000322 Chr04 NC_080390.1:2934535-2934549promoter 内 3937-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 2931990-2934485(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGGTAA
SmilChr07G003795 Chr07 NC_080393.1:46733621-46733635promoter 内 3177-3191 bp + 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 46734445-46740308(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGTCGGCCGACATCG
SmilChr06G000774 Chr06 NC_080392.1:7262363-7262377promoter 内 3141-3155 bp + 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 7263223-7265863(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGTCGCCGACATGC
SmilChr07G000971 Chr07 NC_080393.1:7036433-7036447promoter 内 2957-2971 bp + 1030 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 7031517-7035403(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCCGATG
SmilChr08G001313 Chr08 NC_080394.1:10463058-10463072promoter 内 2940-2954 bp - 1047 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 10464119-10464904(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCGGTGA
SmilChr04G003574 Chr04 NC_080390.1:52161189-52161203promoter 内 2896-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 52157094-52160098(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCAGCGA
SmilChr01G002027 Chr01 NC_080387.1:35818541-35818555promoter 内 2650-2664 bp + 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 35819892-35822581(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTCGCCGACATGC
SmilChr06G002477 Chr06 NC_080392.1:35605631-35605645promoter 内 2561-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 35600335-35604205(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCTCCACCGACATCT
SmilChr04G002514 Chr04 NC_080390.1:40154406-40154420promoter 内 2495-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 40155912-40157755(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCGCCGACAACA
SmilChr06G003287 Chr06 NC_080392.1:45439140-45439154promoter 内 2122-2136 bp - 1865 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 45429592-45437275(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCGCCGACACCT
SmilChr05G002903 Chr05 NC_080391.1:34883641-34883655promoter 内 2058-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 34885584-34886411(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCACCGCCGACATTG
SmilChr06G003294 Chr06 NC_080392.1:45478144-45478158promoter 内 2016-2030 bp + 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 45480129-45487773(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCGCCGACACCT
SmilChr05G001408 Chr05 NC_080391.1:12694010-12694024promoter 内 1721-1735 bp - 2266 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 12696290-12698729(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TAATGTCGGCCGCGG
SmilChr02G002520 Chr02 NC_080388.1:43781358-43781372promoter 内 1450-1464 bp + 2537 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 43776311-43778821(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCCAAAG
SmilChr02G002959 Chr02 NC_080388.1:50119399-50119413promoter 内 1400-1414 bp - 2587 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 50122000-50122728(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTATGTCGGCCGACG
SmilChr02G005469 Chr02 NC_080388.1:74967105-74967119promoter 内 1113-1127 bp + 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 74969993-74970778(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTGCTGCCGACATCA
SmilChr04G003108 Chr04 NC_080390.1:47637014-47637028promoter 内 809-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 47640206-47642840(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTATGTCGGCAGCGT
SmilChr08G002279 Chr08 NC_080394.1:21190846-21190860promoter 内 795-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 21184472-21187654(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCGGGCCGACATCC
SmilChr03G003703 Chr03 NC_080389.1:55976515-55976529promoter 内 574-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 55979942-55982925(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGACGCCGACATAG
SmilChr02G001293 Chr02 NC_080388.1:23821166-23821180promoter 内 557-571 bp - 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 23815193-23817736(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGCCGCCGACACCT
SmilChr03G003423 Chr03 NC_080389.1:52551974-52551988promoter 内 174-188 bp - 3813 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 52555801-52557613(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCGGTAA