转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 80 / 129 下载 TSV

上一页 80 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002096 Chr01 NC_080387.1:36981447-36981457promoter 内 543-553 bp - 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 36984905-36986030(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTAAG
SmilChr01G000292 Chr01 NC_080387.1:5712199-5712209promoter 内 504-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5706918-5708712(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G001302 Chr02 NC_080388.1:24165235-24165245promoter 内 503-513 bp - 3488 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24159815-24161747(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G000977 Chr01 NC_080387.1:20667574-20667584promoter 内 488-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20662598-20664071(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTAC
SmilChr02G005208 Chr02 NC_080388.1:73314634-73314644promoter 内 488-498 bp - 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73318147-73322357(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGTAG
SmilChr01G002882 Chr01 NC_080387.1:47435287-47435297promoter 内 448-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 47438840-47442897(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G000425 Chr01 NC_080387.1:8525886-8525896promoter 内 415-425 bp + 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8514196-8522310(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTGTA
SmilChr02G005450 Chr02 NC_080388.1:74855022-74855032promoter 内 358-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74848273-74851389(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TACAGTCAACT
SmilChr02G000643 Chr02 NC_080388.1:9728004-9728014promoter 内 269-279 bp - 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 9721651-9724282(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTTAGTCAACT
SmilChr01G000547 Chr01 NC_080387.1:11303436-11303446promoter 内 261-271 bp + 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 11307176-11308469(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAAAG
SmilChr02G000444 Chr02 NC_080388.1:5820862-5820872promoter 内 248-258 bp - 3743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 5816373-5817119(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTAAGTCAAAG
SmilChr01G003225 Chr01 NC_080387.1:51023141-51023151promoter 内 245-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51018253-51019395(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTGTA
SmilChr02G003221 Chr02 NC_080388.1:53437502-53437512promoter 内 173-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 53426847-53433684(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACGTAG
SmilChr02G001624 Chr02 NC_080388.1:30166034-30166044promoter 内 84-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 30169951-30171198(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTAC
SmilChr02G002999 Chr02 NC_080388.1:50666172-50666182promoter 内 2958-2968 bp + 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 4 50667215-50669990(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GACAGTCAACA
SmilChr01G003606 Chr01 NC_080387.1:54594041-54594051promoter 内 3017-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 54590250-54593067(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GACAGTCAACA
SmilChr01G004801 Chr01 NC_080387.1:66226935-66226945promoter 内 1986-1996 bp + 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 66228950-66232834(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GCTAGTCAACT
SmilChr02G003424 Chr02 NC_080388.1:55442014-55442024promoter 内 543-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 3 55445472-55451947(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTAGTCAACC
SmilChr01G001178 Chr01 NC_080387.1:23830239-23830249promoter 内 3266-3276 bp - 725 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 23827198-23829514(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGCAGTCAACT
SmilChr02G001804 Chr02 NC_080388.1:32893262-32893272promoter 内 2937-2947 bp + 1054 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 32888362-32892208(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTGC
SmilChr02G002616 Chr02 NC_080388.1:45392594-45392604promoter 内 2845-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 45393750-45408835(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTGC
SmilChr01G005920 Chr01 NC_080387.1:75033416-75033426promoter 内 2493-2503 bp - 1498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 75030558-75031918(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G004677 Chr01 NC_080387.1:64864930-64864940promoter 内 2460-2470 bp + 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 64860208-64863399(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTGTC
SmilChr02G005495 Chr02 NC_080388.1:75107528-75107538promoter 内 2386-2396 bp - 1605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 75104660-75105923(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GACAGTCAACA
SmilChr01G005382 Chr01 NC_080387.1:71064463-71064473promoter 内 2329-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 71056389-71062801(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACAATG
SmilChr02G005344 Chr02 NC_080388.1:74265361-74265371promoter 内 2289-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 74257641-74263659(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACAATT
SmilChr02G002103 Chr02 NC_080388.1:37718061-37718071promoter 内 2271-2281 bp + 1720 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 37713921-37716341(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTGCG
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63628271-63628281promoter 内 1912-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 63623874-63626192(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATTGTCAACG
SmilChr01G003061 Chr01 NC_080387.1:49497891-49497901promoter 内 1846-1856 bp + 2145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49493012-49495746(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTGC
SmilChr02G003214 Chr02 NC_080388.1:53330377-53330387promoter 内 1783-1793 bp - 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 53332595-53333152(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTGC
SmilChr02G003423 Chr02 NC_080388.1:55442014-55442024promoter 内 1583-1593 bp + 2408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 55436345-55439606(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTACA
SmilChr01G005013 Chr01 NC_080387.1:68147237-68147247promoter 内 1529-1539 bp + 2462 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 68141937-68144775(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACAATT
SmilChr01G003063 Chr01 NC_080387.1:49497891-49497901promoter 内 1429-1439 bp + 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49500463-49501685(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GCAAGTCAAAG
SmilChr01G000116 Chr01 NC_080387.1:1983469-1983479promoter 内 1224-1234 bp - 2767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 1986246-1987674(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTAGC
SmilChr02G001045 Chr02 NC_080388.1:18511816-18511826promoter 内 1147-1157 bp + 2844 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 18507736-18508972(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTAGC
SmilChr01G003064 Chr01 NC_080387.1:49497891-49497901promoter 内 918-928 bp + 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49500974-49501057(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GCAAGTCAAAG
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SmilChr01G003065 Chr01 NC_080387.1:49497891-49497901promoter 内 446-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 49501446-49501588(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GCAAGTCAAAG
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