转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 81 / 139 下载 TSV

上一页 81 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004114 Chr01 NC_080387.1:59664776-59664789promoter 内 103-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 59668674-59671246(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr02G003526 Chr02 NC_080388.1:56411568-56411581promoter 内 41-54 bp + 3947 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 2 56415528-56416856(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr01G004190 Chr01 NC_080387.1:60364956-60364969promoter 内 3975-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60364982-60367666(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr02G001965 Chr02 NC_080388.1:35570022-35570035promoter 内 3974-3987 bp + 14 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35570049-35571466(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr01G004066 Chr01 NC_080387.1:59071964-59071977promoter 内 3963-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 59070817-59071939(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGCGGA
SmilChr01G003879 Chr01 NC_080387.1:57117517-57117530promoter 内 3961-3974 bp - 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 57111588-57117490(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr02G002317 Chr02 NC_080388.1:40781751-40781764promoter 内 3925-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40781827-40786616(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CGGGACGGTGGGAG
SmilChr04G003246 Chr04 NC_080390.1:49233480-49233493promoter 内 3888-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49233593-49235499(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr04G003780 Chr04 NC_080390.1:53990739-53990752promoter 内 3880-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53990559-53990631(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr05G001181 Chr05 NC_080391.1:9891204-9891217promoter 内 3864-3877 bp + 124 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9891341-9897344(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr05G000246 Chr05 NC_080391.1:1892441-1892454promoter 内 3827-3840 bp - 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1881277-1892280(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr02G001961 Chr02 NC_080388.1:35399679-35399692promoter 内 3814-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35399866-35402061(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr03G004204 Chr03 NC_080389.1:60649737-60649750promoter 内 3813-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60643505-60649562(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr02G004328 Chr02 NC_080388.1:65561775-65561788promoter 内 3802-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 65561974-65565788(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr02G004724 Chr02 NC_080388.1:69495306-69495319promoter 内 3800-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69495507-69496912(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr06G002868 Chr06 NC_080392.1:41526585-41526598promoter 内 3784-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41524485-41526381(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATCCACCGTCAAA
SmilChr06G003110 Chr06 NC_080392.1:43951003-43951016promoter 内 3758-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43951246-43952777(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr06G002252 Chr06 NC_080392.1:31966442-31966455promoter 内 3745-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 31955765-31966199(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACTCCACCGTCAAA
SmilChr06G003023 Chr06 NC_080392.1:43086670-43086683promoter 内 3740-3753 bp + 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43083482-43086422(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCACCGTCCCG
SmilChr03G000150 Chr03 NC_080389.1:1636534-1636547promoter 内 3739-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1635193-1636285(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGCGCCGTCCAA
SmilChr01G003629 Chr01 NC_080387.1:54824546-54824559promoter 内 3728-3741 bp - 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 54821593-54824286(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr01G003669 Chr01 NC_080387.1:55107200-55107213promoter 内 3706-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 55107495-55110325(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr01G004172 Chr01 NC_080387.1:60200657-60200670promoter 内 3706-3719 bp - 282 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60200952-60202141(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr05G000938 Chr05 NC_080391.1:7552768-7552781promoter 内 3700-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 7553069-7555748(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATGCACCGTCCCC
SmilChr04G002276 Chr04 NC_080390.1:36975070-36975083promoter 内 3694-3707 bp - 294 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 36973110-36974776(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr05G000628 Chr05 NC_080391.1:4738867-4738880promoter 内 3668-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 4735616-4738547(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr06G002536 Chr06 NC_080392.1:36391070-36391083promoter 内 3668-3681 bp + 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 36388679-36390750(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr06G000039 Chr06 NC_080392.1:328281-328294promoter 内 3649-3662 bp + 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 328633-334006(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr05G001743 Chr05 NC_080391.1:16891296-16891309promoter 内 3643-3656 bp + 345 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 16887824-16890951(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr05G002816 Chr05 NC_080391.1:33157064-33157077promoter 内 3617-3630 bp - 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33157448-33159506(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr04G003781 Chr04 NC_080390.1:53990739-53990752promoter 内 3612-3625 bp - 376 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53991128-53993662(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr07G000788 Chr07 NC_080393.1:5556406-5556419promoter 内 3564-3577 bp + 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5556843-5557667(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr03G002480 Chr03 NC_080389.1:39359879-39359892promoter 内 3551-3564 bp - 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 39360329-39362283(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr01G004362 Chr01 NC_080387.1:61806585-61806598promoter 内 3548-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 61807038-61813544(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr07G000536 Chr07 NC_080393.1:3716578-3716591promoter 内 3536-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3715181-3716126(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGTCC
SmilChr05G001345 Chr05 NC_080391.1:11885279-11885292promoter 内 3512-3525 bp - 476 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 11881977-11884803(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
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SmilChr07G000528 Chr07 NC_080393.1:3682020-3682033promoter 内 3420-3433 bp - 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3679464-3681452(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGTCC
SmilChr04G003347 Chr04 NC_080390.1:50107893-50107906promoter 内 3362-3375 bp - 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 50108532-50109456(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
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SmilChr04G001008 Chr04 NC_080390.1:14058084-14058097promoter 内 3353-3366 bp + 635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 14058732-14062216(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG