转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004009; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00018864-RA_Salv SmilChr05G004009 MYB XP_057810662.1 MP00216 AAAAAAGTTAGGTAG

可能结合的靶基因

9832 个结合位点 7342 个候选靶基因 第 82 / 147 下载 TSV

上一页 82 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G003334 Chr03 NC_080389.1:51609269-51609283promoter 内 3505-3519 bp - 482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51609765-51612494(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATTATTT
SmilChr04G000452 Chr04 NC_080390.1:4804525-4804539promoter 内 3496-3510 bp - 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 4800931-4804034(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCGAAATTTAGGTAA
SmilChr04G001438 Chr04 NC_080390.1:23459757-23459771promoter 内 3487-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23460271-23461244(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAAGTTGTTAGGTCG
SmilChr02G003753 Chr02 NC_080388.1:59171245-59171259promoter 内 3472-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 59167246-59170730(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATTATTT
SmilChr01G005888 Chr01 NC_080387.1:74798530-74798544promoter 内 3430-3444 bp - 557 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 74799101-74807566(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAGCCAAACTTTTAT
SmilChr02G004503 Chr02 NC_080388.1:67556996-67557010promoter 内 3406-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 67557591-67559294(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATTATTT
SmilChr01G000207 Chr01 NC_080387.1:3616049-3616063promoter 内 3361-3375 bp + 626 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 3611556-3615423(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATTATTT
SmilChr02G002072 Chr02 NC_080388.1:37305919-37305933promoter 内 3355-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 37306565-37312550(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATTATTT
SmilChr03G002829 Chr03 NC_080389.1:44764760-44764774promoter 内 3275-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 44763431-44764048(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGACCTAACAATTAT
SmilChr01G000782 Chr01 NC_080387.1:17030138-17030152promoter 内 3211-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 17030928-17036273(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATAATTTAGGTAC
SmilChr01G005984 Chr01 NC_080387.1:75483421-75483435promoter 内 3208-3222 bp + 779 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 75481605-75482642(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TAACCTAACCAACCT
SmilChr01G004605 Chr01 NC_080387.1:64036818-64036832promoter 内 3032-3046 bp - 955 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 64032425-64035863(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TATAAATTTAGGTAG
SmilChr02G003943 Chr02 NC_080388.1:61575803-61575817promoter 内 3031-3045 bp + 956 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 61576773-61582490(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TCATTTGTTAGGTAA
SmilChr01G001184 Chr01 NC_080387.1:23933973-23933987promoter 内 3024-3038 bp + 963 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 23932123-23933010(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGACCTAACTGTCGA
SmilChr03G002442 Chr03 NC_080389.1:38814058-38814072promoter 内 3014-3028 bp + 973 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38815045-38816656(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAGGCGGTTAGGTTG
SmilChr02G002467 Chr02 NC_080388.1:43050329-43050343promoter 内 2939-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 43051391-43054449(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CCAATTGTTAGGTTT
SmilChr04G000709 Chr04 NC_080390.1:8269595-8269609promoter 内 2692-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 8270904-8278229(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACAAGCCC
SmilChr03G003959 Chr03 NC_080389.1:58635684-58635698promoter 内 2639-2653 bp - 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58637046-58638175(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATCTTCT
SmilChr03G001776 Chr03 NC_080389.1:24218399-24218413promoter 内 2617-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 24214085-24217029(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAGTTGTAG
SmilChr02G003095 Chr02 NC_080388.1:51825266-51825280promoter 内 2563-2577 bp - 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 51826704-51829362(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATCATCTT
SmilChr03G004661 Chr03 NC_080389.1:64090573-64090587promoter 内 2556-2570 bp + 1431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 64092018-64096693(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TGGTAAATTAGGTAC
SmilChr03G002431 Chr03 NC_080389.1:38614401-38614415promoter 内 2477-2491 bp + 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 38615925-38619527(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AAATAATTTAGGTAC
SmilChr02G001044 Chr02 NC_080388.1:18507996-18508010promoter 内 2409-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 18501069-18506418(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CTACCTAACAGTGAC
SmilChr02G004197 Chr02 NC_080388.1:64307072-64307086promoter 内 2381-2395 bp + 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 64303365-64305466(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ACACCTAACAAGCCT
SmilChr01G005790 Chr01 NC_080387.1:73994184-73994198promoter 内 2329-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 73995856-73999624(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GGAGTTGTTAGGTTC
SmilChr03G004450 Chr03 NC_080389.1:62630935-62630949promoter 内 2161-2175 bp - 1826 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 62632775-62637431(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 ATACCTAATTAATTG
SmilChr04G001265 Chr04 NC_080390.1:20074878-20074892promoter 内 2108-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 20070177-20072999(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 TTACCTAACAAAACT
SmilChr03G002514 Chr03 NC_080389.1:40009591-40009605promoter 内 2091-2105 bp - 1896 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 40011501-40012238(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCTAACCCCAGT
SmilChr02G003000 Chr02 NC_080388.1:50675070-50675084promoter 内 1976-1990 bp + 2011 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 50677095-50677959(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GATTTGGTTAGGTGT
SmilChr03G003955 Chr03 NC_080389.1:58601010-58601024promoter 内 1966-1980 bp - 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 58598636-58598989(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AGGCAGATTAGGTAT
SmilChr04G001518 Chr04 NC_080390.1:25062307-25062321promoter 内 1945-1959 bp - 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 25053188-25060265(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 CAATTAATTAGGTAT
SmilChr03G001253 Chr03 NC_080389.1:14459038-14459052promoter 内 1899-1913 bp + 2088 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14450949-14456950(-) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GTACCTAAATTATTT
SmilChr01G001951 Chr01 NC_080387.1:34725191-34725205promoter 内 1844-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 34727348-34728983(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GCTAAATTTAGGTAT
SmilChr02G002397 Chr02 NC_080388.1:41862380-41862394promoter 内 1819-1833 bp - 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 41864562-41864632(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 GAACCAAACTTTTTC
SmilChr01G000659 Chr01 NC_080387.1:14694206-14694220promoter 内 1804-1818 bp + 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 1 14696403-14698547(+) SMil_00018864-RA_Salv MP00216 AACTCAGTTAGGTGA
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