转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 83 / 139 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000996 Chr06 NC_080392.1:9834868-9834881promoter 内 2789-2802 bp - 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9831437-9833669(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTTGACGGTGGATG
SmilChr04G001692 Chr04 NC_080390.1:27966475-27966488promoter 内 2781-2794 bp + 1207 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 27958312-27965268(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr05G001001 Chr05 NC_080391.1:8167817-8167830promoter 内 2747-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8169071-8171663(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CATGCACCGTCCCC
SmilChr07G000741 Chr07 NC_080393.1:5235225-5235238promoter 内 2746-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5161433-5233983(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr05G001802 Chr05 NC_080391.1:17800555-17800568promoter 内 2739-2752 bp - 1249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 17798471-17799306(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr03G000165 Chr03 NC_080389.1:1816614-1816627promoter 内 2733-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1813038-1815359(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr05G002305 Chr05 NC_080391.1:24907045-24907058promoter 内 2711-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 24908335-24909760(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr04G002791 Chr04 NC_080390.1:43796207-43796220promoter 内 2698-2711 bp + 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43793632-43794917(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCCCACCGTCCAG
SmilChr04G001289 Chr04 NC_080390.1:20565125-20565138promoter 内 2650-2663 bp + 1338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 20566476-20567639(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GCGGACGGTGATGC
SmilChr07G001222 Chr07 NC_080393.1:9355577-9355590promoter 内 2633-2646 bp - 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 9356945-9361169(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr01G000353 Chr01 NC_080387.1:7324987-7325000promoter 内 2631-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 7326357-7332629(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr04G003485 Chr04 NC_080390.1:51303125-51303138promoter 内 2628-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 51304498-51308761(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTGACGGTGGCGT
SmilChr03G000222 Chr03 NC_080389.1:2595438-2595451promoter 内 2605-2618 bp + 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2596834-2607793(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr03G000753 Chr03 NC_080389.1:8605222-8605235promoter 内 2584-2597 bp + 1404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 8606639-8621644(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr06G002477 Chr06 NC_080392.1:35605632-35605645promoter 内 2561-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35600335-35604205(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGACATC
SmilChr01G004371 Chr01 NC_080387.1:61924763-61924776promoter 内 2556-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 61922627-61923331(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr06G001453 Chr06 NC_080392.1:15377763-15377776promoter 内 2545-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 15372935-15376320(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr01G004454 Chr01 NC_080387.1:62666963-62666976promoter 内 2537-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 62661573-62665512(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr02G001101 Chr02 NC_080388.1:19844446-19844459promoter 内 2537-2550 bp - 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 19836284-19842995(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr05G000810 Chr05 NC_080391.1:6322750-6322763promoter 内 2525-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 6317022-6321287(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr01G004534 Chr01 NC_080387.1:63506450-63506463promoter 内 2515-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63507936-63510819(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr03G000678 Chr03 NC_080389.1:7560906-7560919promoter 内 2505-2518 bp - 1483 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 7562402-7566253(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr05G000315 Chr05 NC_080391.1:2367096-2367109promoter 内 2501-2514 bp + 1487 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2368596-2372204(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGTTGCAG
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34136621-34136634promoter 内 2483-2496 bp + 1505 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 34138139-34140145(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr07G000535 Chr07 NC_080393.1:3716578-3716591promoter 内 2477-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 3714267-3715067(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGGGACGGTGGTCC
SmilChr04G003034 Chr04 NC_080390.1:46820153-46820166promoter 内 2443-2456 bp - 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 46821711-46828346(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr02G002465 Chr02 NC_080388.1:43007857-43007870promoter 内 2429-2442 bp + 1559 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 43009429-43013088(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGAG
SmilChr06G002479 Chr06 NC_080392.1:35615399-35615412promoter 内 2408-2421 bp + 1580 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 35609604-35613819(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TGCCCACCGTCCAG
SmilChr03G002560 Chr03 NC_080389.1:40783209-40783222promoter 内 2398-2411 bp + 1590 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 40776711-40781619(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr05G003976 Chr05 NC_080391.1:53560085-53560098promoter 内 2394-2407 bp + 1594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 53554992-53558491(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr07G000794 Chr07 NC_080393.1:5615008-5615021promoter 内 2364-2377 bp + 1624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 5608328-5613384(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr06G002863 Chr06 NC_080392.1:41473363-41473376promoter 内 2314-2327 bp + 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 41461069-41471689(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr04G002496 Chr04 NC_080390.1:39885521-39885534promoter 内 2312-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 39880469-39883845(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACCACCGTCTCC
SmilChr01G002147 Chr01 NC_080387.1:37464387-37464400promoter 内 2282-2295 bp + 1706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 37456800-37462681(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
SmilChr01G005140 Chr01 NC_080387.1:69172504-69172517promoter 内 2278-2291 bp - 1710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 69174227-69175474(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTCCCTCCGTCCAT
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