转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000157; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006890-RA_Salv SmilChr04G000157 bHLH XP_057807462.1 MP00081 AGCCACGTGA

可能结合的靶基因

9942 个结合位点 6729 个候选靶基因 第 83 / 135 下载 TSV

上一页 83 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002263 Chr04 NC_080390.1:36620285-36620294promoter 内 2796-2805 bp + 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36616235-36619089(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCTC
SmilChr02G004938 Chr02 NC_080388.1:71341293-71341302promoter 内 2738-2747 bp - 1254 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 71342556-71350335(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr04G001383 Chr04 NC_080390.1:22488475-22488484promoter 内 2687-2696 bp + 1305 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 22484790-22487170(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr01G005585 Chr01 NC_080387.1:72536338-72536347promoter 内 2648-2657 bp + 1344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72537691-72539146(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TTCCACGTGC
SmilChr02G003841 Chr02 NC_080388.1:60134062-60134071promoter 内 2591-2600 bp - 1401 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60135472-60136046(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr03G000672 Chr03 NC_080389.1:7525244-7525253promoter 内 2581-2590 bp + 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 7520940-7523833(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr02G003618 Chr02 NC_080388.1:57482740-57482749promoter 内 2576-2585 bp - 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 57479981-57481324(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TTCCACGTGC
SmilChr02G002012 Chr02 NC_080388.1:36263666-36263675promoter 内 2566-2575 bp + 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36259333-36262240(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr02G001758 Chr02 NC_080388.1:32324138-32324147promoter 内 2560-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32325579-32328119(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr04G001428 Chr04 NC_080390.1:23231961-23231970promoter 内 2553-2562 bp - 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 23233409-23235945(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr03G000312 Chr03 NC_080389.1:3553886-3553895promoter 内 2546-2555 bp - 1446 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 3555341-3558022(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4575266-4575275promoter 内 2530-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCTC
SmilChr01G003454 Chr01 NC_080387.1:53117874-53117883promoter 内 2519-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53119356-53121561(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr01G003515 Chr01 NC_080387.1:53764620-53764629promoter 内 2519-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53766102-53768332(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr05G001774 Chr05 NC_080391.1:17448247-17448256promoter 内 2493-2502 bp + 1499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 17443923-17446748(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr01G000658 Chr01 NC_080387.1:14685644-14685653promoter 内 2475-2484 bp - 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14687170-14689566(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCTC
SmilChr03G002612 Chr03 NC_080389.1:41522606-41522615promoter 内 2437-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41524170-41524241(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TTCCACGTGC
SmilChr03G001244 Chr03 NC_080389.1:14346390-14346399promoter 内 2410-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 14342323-14344808(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr03G003390 Chr03 NC_080389.1:52297627-52297636promoter 内 2343-2352 bp - 1649 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 52294179-52295978(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GAGCACGTGA
SmilChr03G002610 Chr03 NC_080389.1:41522606-41522615promoter 内 2258-2267 bp + 1734 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 41520767-41520872(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr01G000293 Chr01 NC_080387.1:5736849-5736858promoter 内 2257-2266 bp - 1735 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 5738593-5739517(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCTC
SmilChr04G002221 Chr04 NC_080390.1:35899351-35899360promoter 内 2243-2252 bp + 1749 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 35894991-35897602(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr02G001517 Chr02 NC_080388.1:28280551-28280560promoter 内 2239-2248 bp - 1753 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 28277010-28278798(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TTCCACGTGC
SmilChr01G001772 Chr01 NC_080387.1:32637329-32637338promoter 内 2207-2216 bp + 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32630790-32635544(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCTC
SmilChr04G002220 Chr04 NC_080390.1:35888750-35888759promoter 内 2188-2197 bp + 1804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 35884281-35886946(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr02G000353 Chr02 NC_080388.1:4575266-4575275promoter 内 2170-2179 bp - 1822 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4558223-4573444(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GAGCACGTGA
SmilChr02G000329 Chr02 NC_080388.1:4204505-4204514promoter 内 2157-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4201138-4202670(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GAGCACGTGA
SmilChr02G000332 Chr02 NC_080388.1:4212493-4212502promoter 内 2157-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 4209441-4210658(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GAGCACGTGA
SmilChr01G005347 Chr01 NC_080387.1:70721769-70721778promoter 内 2124-2133 bp - 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 70715872-70719901(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GAGCACGTGA
SmilChr02G001984 Chr02 NC_080388.1:35783490-35783499promoter 内 2119-2128 bp + 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 35779820-35781617(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GCACGTGGAA
SmilChr03G001495 Chr03 NC_080389.1:18244278-18244287promoter 内 2119-2128 bp - 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 18238920-18242405(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TTCCACGTGC
SmilChr03G001770 Chr03 NC_080389.1:24170236-24170245promoter 内 2117-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 24172120-24172928(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCTC
SmilChr01G002579 Chr01 NC_080387.1:43922203-43922212promoter 内 2029-2038 bp + 1963 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 43924175-43927226(+) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GAGCACGTGA
SmilChr01G001405 Chr01 NC_080387.1:27670090-27670099promoter 内 1967-1976 bp - 2025 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 27662126-27668065(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 GAGCACGTGA
SmilChr01G002137 Chr01 NC_080387.1:37353498-37353507promoter 内 1947-1956 bp + 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 37346822-37351453(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCTC
SmilChr02G000673 Chr02 NC_080388.1:10403990-10403999promoter 内 1938-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 10399954-10401936(-) SMil_00006890-RA_Salv MP00081 TCACGTGCTC
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