转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 85 / 167 下载 TSV

上一页 85 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003602 Chr05 NC_080391.1:48107693-48107704promoter 内 700-711 bp + 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 48098269-48104403(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTTGCGTGTTG
SmilChr07G002690 Chr07 NC_080393.1:26253097-26253108promoter 内 700-711 bp - 3290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26256398-26257794(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGGCT
SmilChr07G002769 Chr07 NC_080393.1:27554295-27554306promoter 内 633-644 bp - 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 27557663-27560015(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTTGCGTGTTA
SmilChr04G002921 Chr04 NC_080390.1:45475964-45475975promoter 内 598-609 bp - 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45467096-45472572(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TTACACGCCATA
SmilChr04G003244 Chr04 NC_080390.1:49224507-49224518promoter 内 588-599 bp + 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49215126-49221105(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTTGCGTGTTG
SmilChr05G004346 Chr05 NC_080391.1:57086948-57086959promoter 内 551-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 57090398-57092113(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGCCACGCCAAC
SmilChr02G001396 Chr02 NC_080388.1:26485986-26485997promoter 内 540-551 bp - 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26489447-26491321(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TATGGCGTGTAA
SmilChr04G003617 Chr04 NC_080390.1:52674798-52674809promoter 内 539-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 52669016-52671347(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTTGCGTGTTC
SmilChr08G001900 Chr08 NC_080394.1:16505112-16505123promoter 内 536-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16508577-16508650(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTTGCGTGTTC
SmilChr05G004195 Chr05 NC_080391.1:55824142-55824153promoter 内 529-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 55827614-55830005(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAG
SmilChr01G004308 Chr01 NC_080387.1:61271580-61271591promoter 内 506-517 bp - 3484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61261478-61268096(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGCCACGCCAAC
SmilChr07G003202 Chr07 NC_080393.1:34225972-34225983promoter 内 475-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34217680-34222457(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTCACGCCAAG
SmilChr08G002258 Chr08 NC_080394.1:20833748-20833759promoter 内 418-429 bp + 3572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 20837331-20842176(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATA
SmilChr05G003830 Chr05 NC_080391.1:51717588-51717599promoter 内 401-412 bp + 3589 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51712378-51713999(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTTGCGTGTTC
SmilChr02G005020 Chr02 NC_080388.1:71962886-71962897promoter 内 397-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 71966490-71968279(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCAAAC
SmilChr07G002684 Chr07 NC_080393.1:26253097-26253108promoter 内 396-407 bp - 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 26248437-26249503(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGCCACGCCAAG
SmilChr07G003289 Chr07 NC_080393.1:34650957-34650968promoter 内 394-405 bp + 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34654564-34655346(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCAAAG
SmilChr04G000208 Chr04 NC_080390.1:1855229-1855240promoter 内 382-393 bp - 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 1850725-1851621(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAG
SmilChr03G003860 Chr03 NC_080389.1:57690889-57690900promoter 内 373-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 57682363-57687272(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCAACA
SmilChr07G002061 Chr07 NC_080393.1:18745020-18745031promoter 内 373-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 18748648-18749553(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTTGGCGTGACC
SmilChr06G003003 Chr06 NC_080392.1:42897034-42897045promoter 内 354-365 bp - 3636 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42900681-42902063(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTTGCGTGTTC
SmilChr06G001516 Chr06 NC_080392.1:16285100-16285111promoter 内 330-341 bp - 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16288771-16288877(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGGGT
SmilChr01G003649 Chr01 NC_080387.1:54963402-54963413promoter 内 297-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54957857-54959709(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGGAC
SmilChr01G002140 Chr01 NC_080387.1:37392420-37392431promoter 内 267-278 bp + 3723 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 37385728-37388697(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGGCT
SmilChr04G001146 Chr04 NC_080390.1:16883606-16883617promoter 内 257-268 bp + 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 16887350-16894075(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CAACACGCAAAG
SmilChr04G001758 Chr04 NC_080390.1:28902265-28902276promoter 内 234-245 bp - 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28895038-28898509(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAC
SmilChr08G001278 Chr08 NC_080394.1:10176449-10176460promoter 内 211-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 10180239-10182158(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGGCT
SmilChr05G002262 Chr05 NC_080391.1:24338974-24338985promoter 内 156-167 bp + 3834 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24331720-24335140(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGGCT
SmilChr03G002563 Chr03 NC_080389.1:40838774-40838785promoter 内 152-163 bp - 3838 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 40832043-40834936(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATA
SmilChr05G000486 Chr05 NC_080391.1:3803508-3803519promoter 内 148-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3807361-3811638(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GAACACGCAAAG
SmilChr08G002122 Chr08 NC_080394.1:19092196-19092207promoter 内 113-124 bp - 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 19096084-19096746(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGGCT
SmilChr01G001509 Chr01 NC_080387.1:28921866-28921877promoter 内 84-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 28925783-28929363(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGAGG
SmilChr04G001105 Chr04 NC_080390.1:15829311-15829322promoter 内 48-59 bp + 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 15833264-15834025(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCCCACGCCAAT
SmilChr02G005536 Chr02 NC_080388.1:75396702-75396713promoter 内 38-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 75400665-75404228(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AAACACGCCATA
SmilChr03G000731 Chr03 NC_080389.1:8221064-8221075promoter 内 10-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8215976-8217084(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GTTGGCGTGACC
SmilChr07G003255 Chr07 NC_080393.1:34416841-34416852promoter 内 7-18 bp - 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 34407576-34412858(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCTCACGCCAAG
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