转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002885; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022980-RA_Salv SmilChr01G002885 ERF XP_057767601.1 MP00151 ATGGACGGTGGAGG

可能结合的靶基因

9976 个结合位点 6907 个候选靶基因 第 87 / 139 下载 TSV

上一页 87 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001485 Chr04 NC_080390.1:24290749-24290762promoter 内 3518-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24289586-24290279(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GACGACGGTGGTGG
SmilChr02G003693 Chr02 NC_080388.1:58378142-58378155promoter 内 3434-3447 bp - 554 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 58373232-58377588(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGTAG
SmilChr03G001351 Chr03 NC_080389.1:15759781-15759794promoter 内 3352-3365 bp - 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 15760430-15763036(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
SmilChr02G000309 Chr02 NC_080388.1:3893219-3893232promoter 内 3325-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3893895-3896873(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGCCCTT
SmilChr01G004543 Chr01 NC_080387.1:63575226-63575239promoter 内 3277-3290 bp - 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63575950-63580746(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
SmilChr03G000293 Chr03 NC_080389.1:3359820-3359833promoter 内 3224-3237 bp + 764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3357796-3359056(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
SmilChr05G002027 Chr05 NC_080391.1:21033523-21033536promoter 内 3197-3210 bp - 791 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 21027861-21032732(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GACGACGGTGGTGG
SmilChr06G001262 Chr06 NC_080392.1:13155311-13155324promoter 内 3122-3135 bp - 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13156190-13162570(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGCCCTT
SmilChr02G001934 Chr02 NC_080388.1:34759584-34759597promoter 内 3110-3123 bp - 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 34757596-34758706(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GACGACGGTGGTGG
SmilChr04G001444 Chr04 NC_080390.1:23735949-23735962promoter 内 3063-3076 bp + 925 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 23731533-23735024(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGTCGCC
SmilChr04G001642 Chr04 NC_080390.1:27349048-27349061promoter 内 3029-3042 bp - 959 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 27341801-27348089(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGGCGGTGGAGG
SmilChr01G000354 Chr01 NC_080387.1:7340117-7340130promoter 内 3016-3029 bp + 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 7338112-7339145(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCACC
SmilChr02G002357 Chr02 NC_080388.1:41360935-41360948promoter 内 3013-3026 bp + 975 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 41361923-41365429(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGGCGGTGGAAG
SmilChr02G001853 Chr02 NC_080388.1:33749642-33749655promoter 内 2948-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 33750695-33751658(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GACGACGGTGGTGG
SmilChr04G001498 Chr04 NC_080390.1:24521529-24521542promoter 内 2942-2955 bp + 1046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24519500-24520483(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
SmilChr06G003136 Chr06 NC_080392.1:44267777-44267790promoter 内 2850-2863 bp + 1138 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44268928-44271557(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGTAG
SmilChr01G005664 Chr01 NC_080387.1:72961566-72961579promoter 内 2840-2853 bp - 1148 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72962727-72962800(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCCTCACCGTCCTA
SmilChr02G003186 Chr02 NC_080388.1:53004113-53004126promoter 内 2795-2808 bp - 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 53001275-53002920(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGGCGGTGGAAG
SmilChr02G003286 Chr02 NC_080388.1:54153017-54153030promoter 内 2753-2766 bp - 1235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 54149753-54151782(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTGGACGGCGCTCA
SmilChr06G003137 Chr06 NC_080392.1:44282697-44282710promoter 内 2638-2651 bp + 1350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44284060-44286222(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGTAG
SmilChr03G000172 Chr03 NC_080389.1:1888343-1888356promoter 内 2619-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1883212-1886974(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGGCGGTGGAAG
SmilChr04G000349 Chr04 NC_080390.1:3273646-3273659promoter 内 2549-2562 bp + 1439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 3270501-3272207(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CAGCAACCGTCCAC
SmilChr03G002460 Chr03 NC_080389.1:38960505-38960518promoter 内 2338-2351 bp - 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 38962168-38977155(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCACCACCGTCGTC
SmilChr05G001130 Chr05 NC_080391.1:9441187-9441200promoter 内 2322-2335 bp - 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 9442866-9444479(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TTCTCACCGTCCAT
SmilChr02G004789 Chr02 NC_080388.1:70055083-70055096promoter 内 2320-2333 bp + 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 70041536-70053415(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
SmilChr01G006011 Chr01 NC_080387.1:75668118-75668131promoter 内 2279-2292 bp - 1709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 75669840-75713567(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGGCTAA
SmilChr01G005665 Chr01 NC_080387.1:72961566-72961579promoter 内 2217-2230 bp - 1771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 72963350-72964618(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCCTCACCGTCCTA
SmilChr05G000066 Chr05 NC_080391.1:326571-326584promoter 内 2046-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 323560-324629(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGTAG
SmilChr05G000234 Chr05 NC_080391.1:1812697-1812710promoter 内 2014-2027 bp - 1974 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1807807-1810723(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GTTGACGGTGCCGT
SmilChr01G002644 Chr01 NC_080387.1:44706285-44706298promoter 内 1879-1892 bp - 2109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 44703531-44704176(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 GGTGGCGGTGGAGG
SmilChr02G003162 Chr02 NC_080388.1:52661074-52661087promoter 内 1878-1891 bp + 2110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 52663197-52666161(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AATGACGGTGGAGA
SmilChr02G000683 Chr02 NC_080388.1:10783929-10783942promoter 内 1844-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10780977-10781785(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGGCGGTGGAAG
SmilChr06G001307 Chr06 NC_080392.1:13580641-13580654promoter 内 1783-1796 bp - 2205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 13582859-13586115(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CCTCCACCGCCACC
SmilChr02G003766 Chr02 NC_080388.1:59362650-59362663promoter 内 1754-1767 bp + 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 59364897-59366076(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AGCGACGGTGGCGG
SmilChr02G000662 Chr02 NC_080388.1:10118996-10119009promoter 内 1702-1715 bp + 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 10121295-10122434(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTGACGGTGGGGC
SmilChr03G001498 Chr03 NC_080389.1:18318783-18318796promoter 内 1672-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18313625-18316467(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 AAGGGCGGTGGAAG
SmilChr03G000173 Chr03 NC_080389.1:1897600-1897613promoter 内 1645-1658 bp - 2343 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 1899956-1900505(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTTCCACCGCCCTT
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18505518-18505531promoter 内 1620-1633 bp - 2368 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 TCTCCACCGTCATT
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SmilChr04G001497 Chr04 NC_080390.1:24521529-24521542promoter 内 1508-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 24517348-24519049(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 CTACCTCCGTCCAT
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SmilChr02G000340 Chr02 NC_080388.1:4384808-4384821promoter 内 1278-1291 bp + 2710 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 4387531-4388307(+) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ACGGCCGGTGGAAG
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SmilChr02G004083 Chr02 NC_080388.1:63106008-63106021promoter 内 1171-1184 bp - 2817 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 1 63102560-63103191(-) SMil_00022980-RA_Salv MP00151 ATGGACGGAGGGGT