转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 88 / 133 下载 TSV

上一页 88 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000435 Chr02 NC_080388.1:5673265-5673274promoter 内 3642-3651 bp + 350 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 5673624-5676683(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCGTGGCA
SmilChr02G004990 Chr02 NC_080388.1:71775484-71775493promoter 内 3286-3295 bp + 706 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 71767723-71774778(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr02G003646 Chr02 NC_080388.1:57841629-57841638promoter 内 2957-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 57829536-57840594(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22980857-22980866promoter 内 2595-2604 bp + 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 22978984-22979460(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr02G005191 Chr02 NC_080388.1:73197610-73197619promoter 内 2195-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 73199416-73201412(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr02G001507 Chr02 NC_080388.1:28095791-28095800promoter 内 1456-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 28091874-28093255(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG
SmilChr02G004992 Chr02 NC_080388.1:71775484-71775493promoter 内 1398-1407 bp + 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 71778087-71779277(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr01G003834 Chr01 NC_080387.1:56671919-56671928promoter 内 952-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 56663262-56668879(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr01G004241 Chr01 NC_080387.1:60715889-60715898promoter 内 860-869 bp + 3132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 60719030-60723206(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCC
SmilChr02G000612 Chr02 NC_080388.1:8933630-8933639promoter 内 814-823 bp - 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 8936817-8943434(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr02G000481 Chr02 NC_080388.1:6592531-6592540promoter 内 483-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 6587847-6589022(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr03G001683 Chr03 NC_080389.1:22215704-22215713promoter 内 228-237 bp - 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 22208652-22211940(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr03G004670 Chr03 NC_080389.1:64166335-64166344promoter 内 3936-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64163545-64166279(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr01G002745 Chr01 NC_080387.1:45777332-45777341promoter 内 3888-3897 bp + 104 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 45769517-45777228(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr01G000075 Chr01 NC_080387.1:1323960-1323969promoter 内 3882-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 1320766-1323850(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCGTGGCA
SmilChr03G004671 Chr03 NC_080389.1:64166335-64166344promoter 内 3777-3786 bp - 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 64166559-64168856(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr04G000978 Chr04 NC_080390.1:13176693-13176702promoter 内 3614-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13177080-13178379(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCGTGGCA
SmilChr03G001592 Chr03 NC_080389.1:20181868-20181877promoter 内 3566-3575 bp + 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20182303-20184509(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr02G002231 Chr02 NC_080388.1:39676895-39676904promoter 内 3540-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39662614-39676443(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCC
SmilChr01G003514 Chr01 NC_080387.1:53751430-53751439promoter 内 3498-3507 bp - 494 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53751933-53757502(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG
SmilChr01G001799 Chr01 NC_080387.1:32866244-32866253promoter 内 3479-3488 bp - 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32866766-32868592(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr01G006015 Chr01 NC_080387.1:75741827-75741836promoter 内 3415-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 75742413-75743410(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCC
SmilChr01G002239 Chr01 NC_080387.1:38938945-38938954promoter 内 3386-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 38935535-38938339(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCGTGGCA
SmilChr02G002234 Chr02 NC_080388.1:39676895-39676904promoter 内 3344-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39677552-39681626(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCACGTCA
SmilChr03G003241 Chr03 NC_080389.1:50313007-50313016promoter 内 3287-3296 bp - 705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 50306234-50312302(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr02G004979 Chr02 NC_080388.1:71666487-71666496promoter 内 3055-3064 bp - 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71667433-71676247(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr01G005708 Chr01 NC_080387.1:73314384-73314393promoter 内 2847-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 73315538-73316278(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCC
SmilChr02G002262 Chr02 NC_080388.1:40077467-40077476promoter 内 2819-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 40078649-40081433(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr02G002336 Chr02 NC_080388.1:41062772-41062781promoter 内 2772-2781 bp + 1220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 41064001-41065238(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCGTGGCA
SmilChr03G004322 Chr03 NC_080389.1:61583141-61583150promoter 内 2754-2763 bp - 1238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 61584388-61587551(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr01G000648 Chr01 NC_080387.1:14469575-14469584promoter 内 2697-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 14465091-14468280(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG
SmilChr03G002087 Chr03 NC_080389.1:32160878-32160887promoter 内 2604-2613 bp + 1388 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 32156574-32159490(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG
SmilChr03G004452 Chr03 NC_080389.1:62641619-62641628promoter 内 2501-2510 bp + 1491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62643119-62645997(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCGTGGCA
SmilChr01G000804 Chr01 NC_080387.1:17344785-17344794promoter 内 2446-2455 bp + 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17339192-17343239(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG
SmilChr04G001126 Chr04 NC_080390.1:16318424-16318433promoter 内 2441-2450 bp + 1551 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 16314342-16316873(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG
SmilChr02G002233 Chr02 NC_080388.1:39676895-39676904promoter 内 2424-2433 bp - 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39672671-39675327(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCC
SmilChr03G002646 Chr03 NC_080389.1:42101407-42101416promoter 内 2344-2353 bp + 1648 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42095707-42099759(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr01G005406 Chr01 NC_080387.1:71314383-71314392promoter 内 2167-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71311053-71312558(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr01G005345 Chr01 NC_080387.1:70678804-70678813promoter 内 2155-2164 bp - 1837 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 70672390-70676967(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr01G001335 Chr01 NC_080387.1:26535865-26535874promoter 内 2038-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 26537828-26539671(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG
SmilChr03G004504 Chr03 NC_080389.1:63155058-63155067promoter 内 2010-2019 bp - 1982 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 63150076-63153076(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCT
SmilChr01G000981 Chr01 NC_080387.1:20787599-20787608promoter 内 1887-1896 bp - 2105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 20789713-20791896(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG
SmilChr02G004468 Chr02 NC_080388.1:67088160-67088169promoter 内 1876-1885 bp - 2116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 67090285-67092071(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 GGGCACGTCA
SmilChr01G001437 Chr01 NC_080387.1:28034115-28034124promoter 内 1842-1851 bp + 2150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 28031849-28031965(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr02G000752 Chr02 NC_080388.1:12268669-12268678promoter 内 1769-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 12265035-12266446(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr02G005142 Chr02 NC_080388.1:72834583-72834592promoter 内 1699-1708 bp + 2293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 72830020-72832290(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 AGCCACGTAA
SmilChr04G000816 Chr04 NC_080390.1:10242925-10242934promoter 内 1558-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 10245368-10255591(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCGTGGCA
SmilChr03G001950 Chr03 NC_080389.1:27818924-27818933promoter 内 1540-1549 bp + 2452 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 27821385-27823583(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGACGTGCCC
SmilChr01G005494 Chr01 NC_080387.1:71859943-71859952promoter 内 1486-1495 bp - 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 71853840-71857437(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGCCGTGGCA
SmilChr04G001016 Chr04 NC_080390.1:14142147-14142156promoter 内 1396-1405 bp - 2596 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 14144752-14146774(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGGCG