转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 9 / 161 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000884 Chr07 NC_080393.1:6328059-6328072promoter 内 564-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 2 6320689-6324635(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAACTCC
SmilChr01G003172 Chr01 NC_080387.1:50527990-50528003promoter 内 3978-3991 bp + 10 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 50522332-50527980(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAACTAC
SmilChr01G005416 Chr01 NC_080387.1:71376253-71376266promoter 内 3935-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 71373066-71376200(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAGTTGACTTTTT
SmilChr04G002046 Chr04 NC_080390.1:33197556-33197569promoter 内 3899-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 33190550-33197467(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGGGTTGACTTTTT
SmilChr01G002082 Chr01 NC_080387.1:36762613-36762626promoter 内 3630-3643 bp + 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 36761057-36762255(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAAAGTCAACGGA
SmilChr05G000122 Chr05 NC_080391.1:949864-949877promoter 内 3545-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 950320-959083(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCGTTGACTTTCA
SmilChr05G001119 Chr05 NC_080391.1:9337414-9337427promoter 内 2712-2725 bp - 1276 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9333670-9336138(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAGTTGACTTTGT
SmilChr05G000322 Chr05 NC_080391.1:2416254-2416267promoter 内 2678-2691 bp - 1310 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 2417577-2421707(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACGGC
SmilChr05G004058 Chr05 NC_080391.1:54537355-54537368promoter 内 2516-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 54538840-54543137(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTGGTTGACTTTTG
SmilChr05G000121 Chr05 NC_080391.1:949864-949877promoter 内 1118-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 946289-946994(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAAAGTCAACGAT
SmilChr02G002446 Chr02 NC_080388.1:42692259-42692272promoter 内 1059-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 42688073-42689330(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACGGC
SmilChr02G000654 Chr02 NC_080388.1:9892231-9892244promoter 内 690-703 bp - 3298 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 9883552-9888933(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTGGTTGACTTTTG
SmilChr02G002213 Chr02 NC_080388.1:39371427-39371440promoter 内 647-660 bp + 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 39374781-39375809(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACGGTTGACTTTTT
SmilChr01G000327 Chr01 NC_080387.1:6616890-6616903promoter 内 420-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 1 6620471-6623501(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTAGTTGACTTTTG
SmilChr04G001215 Chr04 NC_080390.1:18929018-18929031promoter 内 3333-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 3 18925717-18928363(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACTCT
SmilChr01G005702 Chr01 NC_080387.1:73265506-73265519promoter 内 3964-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 73262006-73265482(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACCCT
SmilChr02G002600 Chr02 NC_080388.1:45123519-45123532promoter 内 3872-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 45123648-45124607(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTCGTTGACTTTCC
SmilChr06G002109 Chr06 NC_080392.1:28176055-28176068promoter 内 3158-3171 bp + 830 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 28176898-28177869(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTTTC
SmilChr05G001283 Chr05 NC_080391.1:10977108-10977121promoter 内 835-848 bp - 3153 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 10969983-10973955(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGAGTTGACTTTTG
SmilChr06G000747 Chr06 NC_080392.1:6950405-6950418promoter 内 434-447 bp - 3554 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 6943986-6946851(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTTTC
SmilChr03G001609 Chr03 NC_080389.1:20474950-20474963promoter 内 3935-3948 bp + 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 20473082-20474897(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACCCC
SmilChr05G000244 Chr05 NC_080391.1:1869320-1869333promoter 内 3557-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 1869764-1871498(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACTCC
SmilChr08G000043 Chr08 NC_080394.1:288414-288427promoter 内 2974-2987 bp + 1014 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 285804-287400(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAACTCT
SmilChr03G001175 Chr03 NC_080389.1:13507594-13507607promoter 内 2933-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 13505637-13506539(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTTTC
SmilChr02G001852 Chr02 NC_080388.1:33739906-33739919promoter 内 2375-2388 bp + 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 33741532-33744438(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACTTCTG
SmilChr03G004045 Chr03 NC_080389.1:59438748-59438761promoter 内 1471-1484 bp + 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 59432094-59436231(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACCCC
SmilChr03G001503 Chr03 NC_080389.1:18389984-18389997promoter 内 1320-1333 bp - 2668 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 18383325-18387316(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTTTC
SmilChr07G004174 Chr07 NC_080393.1:53686564-53686577promoter 内 1194-1207 bp - 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 53689371-53693666(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAAAGTCAACTCA
SmilChr08G000073 Chr08 NC_080394.1:428647-428660promoter 内 803-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 431845-432454(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACTTCTG
SmilChr01G005145 Chr01 NC_080387.1:69240911-69240924promoter 内 577-590 bp - 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 69236880-69237500(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCAGTTGACTTTTC
SmilChr05G001085 Chr05 NC_080391.1:9021889-9021902promoter 内 224-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 9025666-9036993(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGAGTTGACTTTTC
SmilChr04G002544 Chr04 NC_080390.1:40743747-40743760promoter 内 2054-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 40741741-40741813(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGGTTGACTTTCT
SmilChr04G002543 Chr04 NC_080390.1:40743747-40743760promoter 内 1815-1828 bp - 2173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 40739975-40741574(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGGGTTGACTTTCT
SmilChr04G000125 Chr04 NC_080390.1:1067063-1067076promoter 内 3652-3665 bp - 336 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 1063140-1066727(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACGTTGACTTTCC
SmilChr03G003915 Chr03 NC_080389.1:58245731-58245744promoter 内 1686-1699 bp + 2302 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 58248046-58251686(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACTTTAA
SmilChr02G001393 Chr02 NC_080388.1:26466756-26466769promoter 内 3940-3953 bp - 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 26466817-26470187(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAACGAG
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