转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 9 / 147 下载 TSV

上一页 9 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002454 Chr04 NC_080390.1:39275448-39275461promoter 内 893-906 bp + 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 39278556-39280745(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr01G001651 Chr01 NC_080387.1:30574754-30574767promoter 内 862-875 bp - 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 30577893-30583645(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AGAAAAGTCAACAC
SmilChr02G002419 Chr02 NC_080388.1:42172729-42172742promoter 内 579-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42176151-42180320(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTGAT
SmilChr02G000543 Chr02 NC_080388.1:7500160-7500173promoter 内 60-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 7493156-7496232(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TACATAGTCAACGG
SmilChr01G003969 Chr01 NC_080387.1:58138830-58138843promoter 内 3154-3167 bp + 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 58134832-58137996(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAAAAGTCAACAG
SmilChr01G003116 Chr01 NC_080387.1:49963614-49963627promoter 内 2764-2777 bp + 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 49959887-49962390(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CAAAAAGTCAACAG
SmilChr03G002036 Chr03 NC_080389.1:30718924-30718937promoter 内 1630-1643 bp + 2358 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 30721295-30721639(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTATAGG
SmilChr04G001168 Chr04 NC_080390.1:17399880-17399893promoter 内 1402-1415 bp - 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 2 17402479-17402584(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCTATAGTCAACGC
SmilChr02G005234 Chr02 NC_080388.1:73540660-73540673promoter 内 3950-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 73537900-73540622(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCACAAGTCAACGA
SmilChr02G003332 Chr02 NC_080388.1:54563571-54563584promoter 内 3719-3732 bp + 269 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 54563853-54572590(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTTTATA
SmilChr04G000037 Chr04 NC_080390.1:339981-339994promoter 内 3560-3573 bp + 428 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 337825-339553(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAATGGTCAACGC
SmilChr03G002416 Chr03 NC_080389.1:38384012-38384025promoter 内 3189-3202 bp - 799 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 38380985-38383213(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTACTC
SmilChr02G004756 Chr02 NC_080388.1:69742401-69742414promoter 内 2409-2422 bp - 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 69738659-69740822(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCATTAC
SmilChr02G002198 Chr02 NC_080388.1:39224046-39224059promoter 内 2252-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 39225795-39226538(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTATAGG
SmilChr03G004627 Chr03 NC_080389.1:63931545-63931558promoter 内 1967-1980 bp - 2021 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 63926182-63929524(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTATTAA
SmilChr02G002199 Chr02 NC_080388.1:39224046-39224059promoter 内 1459-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 39226588-39227571(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTATAGG
SmilChr03G004336 Chr03 NC_080389.1:61706449-61706462promoter 内 1425-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 61697804-61703886(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTGTGG
SmilChr04G000757 Chr04 NC_080390.1:9248438-9248451promoter 内 1095-1108 bp + 2893 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 9251344-9251850(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTACTT
SmilChr04G002571 Chr04 NC_080390.1:41029386-41029399promoter 内 1092-1105 bp - 2896 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 41025984-41026490(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTACTT
SmilChr04G002569 Chr04 NC_080390.1:41020373-41020386promoter 内 1061-1074 bp - 2927 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 41016942-41017446(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTACTT
SmilChr03G003746 Chr03 NC_080389.1:56519651-56519664promoter 内 883-896 bp + 3105 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 56513128-56516546(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGATGGTCAACGC
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38384012-38384025promoter 内 24-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACTTACTC
SmilChr01G000482 Chr01 NC_080387.1:9893010-9893023promoter 内 42-55 bp + 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 4 9896969-9897839(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACGTTGACTATTTA
SmilChr01G004042 Chr01 NC_080387.1:58832980-58832993promoter 内 2743-2756 bp - 1245 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 3 58828095-58831735(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTCTTCA
SmilChr01G005736 Chr01 NC_080387.1:73488822-73488835promoter 内 3598-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 73489225-73490124(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTCTCA
SmilChr02G001395 Chr02 NC_080388.1:26491645-26491658promoter 内 1819-1832 bp + 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 26487820-26489476(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CATTAAGTCAACGC
SmilChr03G003206 Chr03 NC_080389.1:49607461-49607474promoter 内 1234-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 49602347-49604707(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGAAGGTCAACGA
SmilChr02G000665 Chr02 NC_080388.1:10212998-10213011promoter 内 1139-1152 bp - 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 10208037-10210149(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACCATCTG
SmilChr02G001397 Chr02 NC_080388.1:26491645-26491658promoter 内 932-945 bp + 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 26494714-26497952(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTTAATG
SmilChr01G004659 Chr01 NC_080387.1:64682180-64682193promoter 内 578-591 bp + 3410 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 64676701-64678770(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCAAAAGTCAACAC
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54106494-54106507promoter 内 3636-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 54104430-54106142(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACCTTCAT
SmilChr01G004018 Chr01 NC_080387.1:58569119-58569132promoter 内 2569-2582 bp + 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 58570551-58571947(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCGTTGACCTTCAC
SmilChr03G000112 Chr03 NC_080389.1:1256221-1256234promoter 内 2407-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 1241646-1254640(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCGTTGACTCTTCA
SmilChr01G002443 Chr01 NC_080387.1:42008063-42008076promoter 内 1996-2009 bp - 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 42010068-42015034(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAAAGGGTCAACGC
SmilChr01G004229 Chr01 NC_080387.1:60671424-60671437promoter 内 1919-1932 bp - 2069 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 60673506-60674711(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGCAAGTCAACGG
SmilChr03G002533 Chr03 NC_080389.1:40395522-40395535promoter 内 1632-1645 bp - 2356 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 1 40387035-40393166(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CCGTTGACTTGCTC
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