转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 90 / 146 下载 TSV

上一页 90 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004831 Chr02 NC_080388.1:70429780-70429793promoter 内 213-226 bp - 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 70416876-70426005(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTCGTTGACATTAG
SmilChr04G001574 Chr04 NC_080390.1:26143696-26143709promoter 内 212-225 bp - 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 26130137-26139920(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGGTTTGACTTGGG
SmilChr01G001804 Chr01 NC_080387.1:32972992-32973005promoter 内 203-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 32967597-32969207(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAAGTTGACTCTTT
SmilChr02G005123 Chr02 NC_080388.1:72700656-72700669promoter 内 203-216 bp + 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 72704454-72705792(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGAATTGACTTTTG
SmilChr04G002079 Chr04 NC_080390.1:33574375-33574388promoter 内 196-209 bp + 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 33561589-33570583(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCCAAGTCAAAGGG
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32077912-32077925promoter 内 85-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 32072280-32074009(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCATTGACTTTTA
SmilChr03G004094 Chr03 NC_080389.1:59825072-59825085promoter 内 25-38 bp - 3963 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 59818187-59821109(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ATCTTTGACTTGGT
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76396925-76396938promoter 内 3800-3813 bp - 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 76397126-76481394(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAATGAA
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33569989-33570002promoter 内 3711-3724 bp + 277 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 33570279-33572198(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCGTTGACCTCCC
SmilChr01G002628 Chr01 NC_080387.1:44569287-44569300promoter 内 2159-2172 bp + 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 44571129-44591817(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACATTTGACTTTCT
SmilChr03G001886 Chr03 NC_080389.1:26263899-26263912promoter 内 1533-1546 bp + 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 26266367-26267052(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTCGTTGACTGTAT
SmilChr04G002401 Chr04 NC_080390.1:38558174-38558187promoter 内 291-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 38553610-38554477(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACAAAGTCAAATAT
SmilChr04G003573 Chr04 NC_080390.1:52153774-52153787promoter 内 172-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 3 52149441-52149958(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTGAAGTCAACACA
SmilChr02G003340 Chr02 NC_080388.1:54615676-54615689promoter 内 3873-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 54613186-54615561(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCATTGACTTTTT
SmilChr04G000167 Chr04 NC_080390.1:1502441-1502454promoter 内 3814-3827 bp + 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 1501725-1502267(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAATAA
SmilChr05G000047 Chr05 NC_080391.1:222266-222279promoter 内 3736-3749 bp - 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 222531-225167(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCAAGTCAAAGTC
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34137846-34137859promoter 内 3708-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 34138139-34140145(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTCGTTGACCTCCC
SmilChr04G003541 Chr04 NC_080390.1:51763280-51763293promoter 内 3602-3615 bp - 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 51763679-51768482(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCAAGTCAACAAT
SmilChr01G003792 Chr01 NC_080387.1:56324070-56324083promoter 内 3495-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 56324576-56332760(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATTTGACTTTTA
SmilChr04G003184 Chr04 NC_080390.1:48549193-48549206promoter 内 3452-3465 bp - 536 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 48548265-48548657(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAGTTGACTATTA
SmilChr04G004031 Chr04 NC_080390.1:55567919-55567932promoter 内 3446-3459 bp - 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 55563115-55567377(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CGTTTTGACTTTTT
SmilChr01G000443 Chr01 NC_080387.1:9000674-9000687promoter 内 3325-3338 bp - 663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 8995181-9000011(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACATTTGACTTTCT
SmilChr05G000046 Chr05 NC_080391.1:222137-222150promoter 内 3235-3248 bp - 753 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 220170-221384(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GACTTTGACTTGGA
SmilChr01G006076 Chr01 NC_080387.1:76210870-76210883promoter 内 3208-3221 bp - 780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 76211663-76212899(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAAAGTCAAATTT
SmilChr04G002377 Chr04 NC_080390.1:38292550-38292563promoter 内 3131-3144 bp - 857 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 38281427-38291693(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCTGTTGACTTATT
SmilChr01G003519 Chr01 NC_080387.1:53838871-53838884promoter 内 3096-3109 bp + 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 53836766-53837979(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAAAGTCAAATTT
SmilChr01G000019 Chr01 NC_080387.1:376133-376146promoter 内 3049-3062 bp - 939 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 373434-375194(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACATTGACTTTTT
SmilChr03G004252 Chr03 NC_080389.1:60994317-60994330promoter 内 2983-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 60995335-61000124(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGAAAGTCAAATGT
SmilChr04G002865 Chr04 NC_080390.1:44763537-44763550promoter 内 2975-2988 bp + 1013 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 44760625-44762524(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCAAGTCAAAGTT
SmilChr02G000351 Chr02 NC_080388.1:4529770-4529783promoter 内 2766-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 4526416-4528548(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAAAGTCAAACTA
SmilChr02G000288 Chr02 NC_080388.1:3672406-3672419promoter 内 2728-2741 bp - 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 3673679-3675762(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAAAGTCAAACTA
SmilChr03G002859 Chr03 NC_080389.1:45193884-45193897promoter 内 2572-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 45195313-45197354(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGGGTTGACTGCTG
SmilChr02G003456 Chr02 NC_080388.1:55837237-55837250promoter 内 2518-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 55832703-55835767(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACAAGTCAAAGGG
SmilChr04G000881 Chr04 NC_080390.1:11216379-11216392promoter 内 2514-2527 bp + 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 11217866-11221934(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACATTGACTTTTT
SmilChr02G000352 Chr02 NC_080388.1:4529770-4529783promoter 内 2513-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 4531258-4532840(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAGTTTGACTTTGG
SmilChr02G000287 Chr02 NC_080388.1:3672406-3672419promoter 内 2494-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 3669304-3670912(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAGTTTGACTTTGG
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