转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004179; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00012156-RA_Salv SmilChr03G004179 WRKY XP_057799230.1 MP00464 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9864 个结合位点 7299 个候选靶基因 第 91 / 146 下载 TSV

上一页 91 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002750 Chr04 NC_080390.1:43174547-43174560promoter 内 537-550 bp + 3451 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 43178011-43179407(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CACGTTGACTAGGT
SmilChr03G002972 Chr03 NC_080389.1:46515978-46515991promoter 内 447-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 46519532-46525194(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGTTGACCCCTT
SmilChr01G001820 Chr01 NC_080387.1:33139674-33139687promoter 内 324-337 bp - 3664 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 33133079-33136010(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACCATTGACTTTCT
SmilChr03G001767 Chr03 NC_080389.1:24103331-24103344promoter 内 45-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 2 24098717-24099388(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGCGCTGACTTTTC
SmilChr01G003788 Chr01 NC_080387.1:56266671-56266684promoter 内 3952-3965 bp - 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56263367-56266635(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCCATTGACTTTTC
SmilChr02G002794 Chr02 NC_080388.1:48017509-48017522promoter 内 3938-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 48016542-48017459(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCGAAGTCAACAGT
SmilChr02G001420 Chr02 NC_080388.1:26819930-26819943promoter 内 3913-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26818107-26819855(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCTAAGTCAACTTT
SmilChr01G002580 Chr01 NC_080387.1:43940981-43940994promoter 内 3899-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 43928311-43940892(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTTTTGACTTTTT
SmilChr02G001478 Chr02 NC_080388.1:27642499-27642512promoter 内 3838-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27639069-27642349(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCTAAGTCAACTTT
SmilChr02G000616 Chr02 NC_080388.1:8977921-8977934promoter 内 3813-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8978109-8984463(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GATAAGTCAACAAT
SmilChr04G000386 Chr04 NC_080390.1:3917448-3917461promoter 内 3751-3764 bp - 237 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 3917698-3918165(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAATAA
SmilChr04G004184 Chr04 NC_080390.1:56401906-56401919promoter 内 3709-3722 bp - 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56399455-56401627(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GGAGTTGACTAGTA
SmilChr02G001481 Chr02 NC_080388.1:27721029-27721042promoter 内 3708-3721 bp + 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27717288-27720749(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCTAAGTCAACTTT
SmilChr01G004290 Chr01 NC_080387.1:61098310-61098323promoter 内 3647-3660 bp + 341 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61098664-61100306(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGTTTGACTTTTA
SmilChr03G000637 Chr03 NC_080389.1:7010709-7010722promoter 内 3630-3643 bp - 358 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 7011080-7014569(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAATGTG
SmilChr04G002354 Chr04 NC_080390.1:38044167-38044180promoter 内 3607-3620 bp + 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 38034536-38043786(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTGGAGTCAACGGC
SmilChr02G001426 Chr02 NC_080388.1:26937009-26937022promoter 内 3525-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26933246-26936546(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCTAAGTCAACTTT
SmilChr03G003073 Chr03 NC_080389.1:47754069-47754082promoter 内 3524-3537 bp + 464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 47754546-47768803(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CCAGTTGACTTGAT
SmilChr02G004424 Chr02 NC_080388.1:66574287-66574300promoter 内 3514-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 66570968-66573813(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CTATTTGACTTTTT
SmilChr02G000613 Chr02 NC_080388.1:8946264-8946277promoter 内 3481-3494 bp + 507 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8944679-8945757(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 CAGGAGTCAACCGT
SmilChr04G003871 Chr04 NC_080390.1:54603213-54603226promoter 内 3475-3488 bp - 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 54603739-54615388(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TACAAGTCAAACCC
SmilChr04G003036 Chr04 NC_080390.1:46845138-46845151promoter 内 3469-3482 bp + 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 46845670-46846062(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAGTTGACTATTA
SmilChr03G004431 Chr03 NC_080389.1:62460299-62460312promoter 内 3442-3455 bp + 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62460858-62462834(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACTGTTGACTATGT
SmilChr01G003461 Chr01 NC_080387.1:53193755-53193768promoter 内 3241-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53191905-53193008(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TAAAAGTCAAATTT
SmilChr02G005088 Chr02 NC_080388.1:72482624-72482637promoter 内 3237-3250 bp + 751 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 72483388-72484959(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TGTTTTGACTTTTT
SmilChr04G001593 Chr04 NC_080390.1:26545690-26545703promoter 内 3211-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 26520857-26544913(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATTTGACTTTTA
SmilChr01G004469 Chr01 NC_080387.1:62788414-62788427promoter 内 3204-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 62786523-62787630(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTAGTTGACTATTA
SmilChr04G000168 Chr04 NC_080390.1:1502441-1502454promoter 内 3128-3141 bp + 860 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1503314-1505191(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TTATTTGACTTTTT
SmilChr03G003458 Chr03 NC_080389.1:52962171-52962184promoter 内 3074-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52963098-52968142(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAATAA
SmilChr01G005480 Chr01 NC_080387.1:71779609-71779622promoter 内 3010-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 71775356-71778631(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAATTTGACTTTTA
SmilChr02G002225 Chr02 NC_080388.1:39570652-39570665promoter 内 3008-3021 bp + 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 39567398-39569672(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAAACG
SmilChr02G004401 Chr02 NC_080388.1:66351329-66351342promoter 内 2997-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 66348931-66350338(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AAAAAGTCAAATAA
SmilChr04G002356 Chr04 NC_080390.1:38044167-38044180promoter 内 2985-2998 bp + 1003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 38045183-38046468(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 GCCGTTGACTCCAA
SmilChr03G001957 Chr03 NC_080389.1:27980301-27980314promoter 内 2937-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 27977687-27979250(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 TCGAAGTCAACAGT
SmilChr03G003722 Chr03 NC_080389.1:56240492-56240505promoter 内 2927-2940 bp + 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 56241566-56245128(+) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 AGGTTTGACTTGTT
SmilChr02G000170 Chr02 NC_080388.1:2683866-2683879promoter 内 2909-2922 bp - 1079 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 2184253-2682787(-) SMil_00012156-RA_Salv MP00464 ACTGTTGACTTGCT
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